Борис Михайлович хотя и не рассматривал такое решение как оптимальное, не считал возможным отстаивать далее свое мнение. Он руководствовался правилом, которому учил и нас: начальник Генштаба располагает обширной информацией, но Верховный Главнокомандующий оценивает обстановку с более высоких, самых авторитетных позиций.
В конце марта Ставка рассматривала предложение командования Юго-Западного направления о проведении силами Брянского, Юго-Западного и Южного фронтов широкой наступательной операции с целью разгрома крупной группировки противника на южном крыле советско-германского фронта. Командование направления просило у Ставки дополнительно значительных сил и средств. Шапошников доложил Сталину, что Генштаб не согласен с этим предложением. Сталин одобрил наше решение, но в то же время дал Тимошенко согласие на разработку частной, более узкой, чем тот намечал, операции с целью разгрома харьковской группировки врага наличными силами и средствами Юго-Западного направления.
Этот переработанный план 10 апреля был направлен в Ставку.
Шапошников, учитывая рискованность наступления из оперативного мешка, каким являлся Барвенковский выступ для войск Юго-Западного фронта, предназначавшихся для этой операции, внес предложение воздержаться от ее проведения. Однако командование направления продолжало настаивать на своем предложении и заверило Сталина в полном успехе операции. Верховный дал разрешение на ее проведение и приказал Генштабу считать операцию внутренним делом направления и ни в какие вопросы по ней не вмешиваться.
12 мая, то есть в разгар неудачных для нас событий в Крыму, войска Юго-Западного фронта, упредив противника, перешли в наступление. Сначала оно развивалось успешно, и это дало Верховному Главнокомандующему повод бросить Генштабу резкий упрек в том, что по нашему настоянию он чуть было не отменил столь удачно развивающуюся операцию.
К сожалению, последовавшие вскоре события подтвердили опасения Шапошникова. Наступление нашего Юго-Западного фронта, как известно, оказалось неудачным. В результате и обстановка, и соотношение сил на юге резко изменились в пользу противника, причем изменились именно там, где враг наметил свое летнее наступление. Это и обеспечило ему успех прорыва к Сталинграду и на Кавказ.
Самого Бориса Михайловича в это время с нами в Генштабе уже не было. Напряженнейшая работа не могла не сказаться на его здоровье: весной 1942 года его болезнь обострилась. Врачи потребовали резко ограничить рабочее время. В конце первой декады мая я в связи с болезнью Бориса Михайловича вернулся по приказу Ставки в Москву из поездки на Северо-Западный фронт. Шапошников обратился в ГКО с просьбой перевести его на другой участок работы. 11 мая на меня было возложено временное исполнение обязанностей начальника Генерального штаба.
Государственный Комитет Обороны поручил Шапошникову, как заместителю народного комиссара обороны, в меру своих сил оказывать содействие коллективам профессоров и преподавателей военных академий Генерального штаба и имени М. В. Фрунзе, организовать пересмотр старых и руководить разработкой новых боевых уставов и наставлений, обобщив в них опыт войны, возглавить работу по составлению истории Великой Отечественной войны. ГКО обязывал Шапошникова посвящать работе не более пяти-шести часов в сутки.
И на этом посту Борис Михайлович оставался верен себе, работая сколько мог. В короткий срок комиссия, которую он возглавлял, рассмотрела проекты нового Боевого устава пехоты, Полевого устава, боевых уставов родов войск. По его предложению в 1942 году в Генштабе был создан специальный отдел, который обобщал опыт войны и заботился о том, чтобы он полнее использовался в войсках. Затем отдел был развернут в управление, совместно с Военно-историческим отделом Генерального штаба заложившее основу научной разработки истории Великой Отечественной войны.
Борис Михайлович рассмотрел подготовленные Военно-историческим отделом материалы, обобщавшие зимние наступательные операции, проведенные Красной Армией в 1941/42 году. Он сделал обстоятельные замечания и рекомендовал более глубоко исследовать боевые действия зимой, сделать более четкие выводы и выработать практические рекомендации для войск. Под редакцией Шапошникова в это время опубликован ряд сборников, освещавших важнейшие операции Отечественной войны. Под его же непосредственным руководством и при прямом участии был создан трехтомный труд о битве под Москвой. Это была, по существу, первая монография по истории Великой Отечественной войны. Успевал он просматривать, кроме того, различные статьи и предложения, которые ему присылали на консультацию партийные и правительственные органы. Знакомился с работой архивных учреждений, давал советы о сборе и порядке хранения документальных материалов.
Осенью 1942 года, несмотря на тяжелую обстановку на фронте, руководители Коммунистической партии и Советского государства сочли необходимым торжественно отметить 60-летие Бориса Михайловича. В приветствии Шапошникову, опубликованном всеми газетами, ЦК ВКП(б) и Советское правительство охарактеризовали его как активнейшего организатора и выдающегося полководца Красной Армии. Юбиляр был награжден вторым орденом Ленина (впервые Шапошников удостоен этой высокой награды в декабре 1939 года за успешную работу по руководству оперативной деятельностью Красной Армии). Имя маршала Шапошникова было присвоено Высшим стрелково-тактическим курсам "Выстрел" и Тамбовскому пехотному училищу.
С 25 июня 1943 года Шапошников являлся начальником Военной академии Генерального штаба (тогда она называлась Высшей военной академией имени К. Е. Ворошилова). Ни на минуту не прекращал он большой организационной и военно-теоретической работы, заботливо воспитывал офицеров и генералов, способных к оперативной работе в штабах и командованию крупными соединениями и объединениями войск. В короткие сроки академия подготовила не одну сотню высококвалифицированных генштабистов и военачальников, проявивших высокие боевые и моральные качества на фронтах Великой Отечественной войны. Его самоотверженную деятельность неутомимого труженика вновь и вновь отметили партия и правительство высокими наградами: в феврале 1944 года Шапошников был награжден орденом Суворова 1-й степени, в ноябре орденом Красного Знамени (вторично), в феврале 1945 года - третьим орденом Ленина. Ранее он был награжден также двумя орденами Красной Звезды, медалями "XX лет РККА" и "За оборону Москвы".