Шапошников постепенно начал ломать и так называемую "словесность" так именовалось на солдатском языке изучение устава внутренней службы в сочетании с обязанностью солдата знать свое начальство, различать чины и т. д. Премудростям "словесности" солдат обучали унтер-офицеры, и сводилась она к механической зубрежке. По вызову отделенного новобранцы вскакивали, ударяли себя ладонями по швам брюк и без ошибки должны были отчеканить ответ на вопрос унтер-офицера. Отвечали скороговоркой и даже какими-то белыми стихами. И стоило только чуть заикнуться, как следовало грозное внушение отделенного новобранцу. Подпоручик Шапошников стал добиваться, чтобы его солдаты не механически заучивали необходимый материал, а прежде всего думали и запоминали осознанно. Такая методика была встречена унтер-офицерами с явным неудовольствием. Но подпоручик настойчиво добивался своего.
Его требовательность по службе была правильно понята подчиненными, так как все они видели, что он строг, но справедлив и если не дает никому послаблений, то это же правило незыблемо распространяет и на самого себя, никогда не относясь безразлично к своим обязанностям. Они всегда видели его в батальоне аккуратно в 8.30 утра подтянутым, замечающим любую неточность в действиях солдат и обучающих их унтер-офицеров и умеющим ровно и спокойно поправить дело. После обеденного перерыва подпоручик ежедневно вновь приходил в свою роту и проводил предусмотренные занятия, контролировал унтер-офицеров. Вскоре полурота, которой командовал Шапошников, стала заметным в батальоне подразделением в выучке и дисциплине.
Летний лагерный период прошел для Шапошникова не менее успешно, чем зима 1903/04 года. В начале сентября Ташкентскому батальону делал смотр прибывший из Петербурга генерал. Экзамен предстоял очень важный, так как результаты смотра шли в приказ по военному ведомству. В день смотра роте, в которой служил Шапошников, досталось сложное упражнение: стрельба по 12-фигурной мишени в рост одиночным огнем из положения лежа с упора на дистанции 1400 шагов. Сложность стрельбы заключалась в том, что на такой большой дистанции нужно было точно учитывать силу ветра и соответственно выносить точку прицеливания, целясь не под мишень, а на две, даже четыре фигуры от нее в сторону, противоположную направлению ветра.
Борис Михайлович так рассказывает о ходе и результатах этой стрельбы: "Дошла очередь стрелять нашей роте. Запретив унтер-офицерам вмешиваться в дело, дабы не нервировать стрелков, я и ротный командир давали точки прицеливания и наблюдали за каждым выстрелом. Рота дала сверхотличный результат... Сверхотлично стрелял и весь батальон, заняв по стрельбе первое место в лагере".
На деловые качества Шапошникова обратило внимание начальство. В первый же год службы его прикомандировали к штабу округа, предложив наблюдать за печатанием нового мобилизационного расписания, которое было строго секретным документом, и работать с его корректурой, кроме последней, которую вел уже сам генерал-квартирмейстер округа. В роте Шапошникова на время почти двухмесячной командировки замещал другой полуротный командир, штабс-капитан. Подпоручик был благодарен ему за то, что тот не нарушал его методики обучения, и в подразделении все оставалось в порядке.
После лагерного сбора командир батальона предложил подпоручику Шапошникову отправиться в Самарканд в нештатную окружную школу фехтования при 2-м казачьем Уральском полку. После четырехмесячной подготовки офицеры, прошедшие курс, становились инструкторами по фехтованию на рапирах, эспадронах и штыках. Так как занятия в школе занимали всего четыре часа в день, офицеры, собранные в школу, а их было всего восемь человек, попросили расписать их по казачьим сотням, чтобы учиться верховой езде и конному строю. Так Борис Михайлович начал знакомиться с кавалерией, что пригодилось ему в последующей службе.
Я уже говорил об исключительной целеустремленности Бориса Михайловича, которую он вырабатывал в себе с юных лет. Вот и эта учеба в школе фехтования рассматривалась им как этап в разносторонней командирской подготовке, поэтому он охотно принял предложение пойти в нее, поэтому же дополнительно по программе стал учиться верховой езде и конному строю, а вечера, как ни уставал за день, отдавал чтению. Тем более что до города от школы было далеко и выбирался он туда лишь изредка.
К этому времени Борис Михайлович уже наметил для себя очередную задачу - закончить Академию Генерального штаба. Таким образом, все, что делал он теперь, рассматривалось им и с точки зрения достижения намеченной цели. В конце 1904 года в гарнизонном собрании в Ташкенте Шапошников встретил генерал-квартирмейстера округа, чье задание по печатанию мобилизационного расписания выполнял год назад. Тот, помня хорошую работу Шапошникова, предложил ему перейти на службу в штаб округа помощником старшего адъютанта мобилизационного отдела. Для подпоручика, всего лишь год назад окончившего военную школу, это было весьма лестное предложение. Оно означало, помимо оказываемого доверия, существенную прибавку к жалованью, получение красивой адъютантской формы, а это ведь тоже немаловажно для молодого офицера. Шапошников поблагодарил, попросил время, чтобы подумать, посоветоваться со старшими товарищами, и вскоре... отказался от этого предложения. По собственным словам Бориса Михайловича, оно имело один только минус: принять его означало уйти из строя, между тем для тех, кто не прослужил в строю трех лет, двери Академии Генерального штаба навсегда закрывались.
Кастовая замкнутость офицерства старой русской армии, всеми мерами воспитывавшаяся в его среде аполитичность, отдаленность Ташкента от центров России, казалось бы, глухой стеной должны были изолировать Ташкентский гарнизон, где служил Шапошников, от внутриполитической жизни страны. Однако грозное эхо событий нараставшей первой русской революции дошло и сюда. С января 1904 года шла русско-японская война. Вполне естественно, что Шапошников и его сослуживцы пристально следили за ее ходом. Многие стремились уехать на театр военных действий. Но удалось это сделать только некоторым офицерам Генерального штаба. Строевых же офицеров из войск в действующую армию, как правило, не брали. Туркестанский военный округ граничил с Афганистаном, и, поскольку Англия была в союзе с Японией, его войска не только не ослаблялись, но даже усиливались.