Впервые Макаров высказал идею ледокола в 1892 г. Пять лет готовил его научное обоснование. В 1897 г. подал первую записку морскому министру Тыртову, а затем великое множество писем и новых записок. Макаров говорил: «Чтобы оценить какие-нибудь предложения по заслугам, надо побороть в себе чувство нерасположения ко всему новому и мало испытанному, нужно идти навстречу требованию. Нет опасности принимать новое, если установлено правило без жалости испытывать его самым строгим образом».
При чтении резолюций возникает вопрос, где черпал Степан Осипович силы, чтобы провернуть это гигантское застоявшееся колесо рутинного мышления. Сам адмирал был убежден, что «уметь желать — это почти достигнуть желаемого». Однако иногда мало «уметь желать», если на пути желаний, какими возвышенными они бы ни были, стоит столь мощное препятствие, как российская бюрократическая машина.
Наверное, так и писал бы Макаров свои бесконечные записки, если бы не обратился к Д. И. Менделееву, который был известен бескорыстным служением Отечеству. Понадобился весь авторитет ученого и эксперта правительства по экономическим преобразованиям страны, чтобы убедить министра финансов Витте найти средства для постройки ледокола.
«У нас есть корабль, который дает возможность сделать то, что не под силу ни одной нации и к чему нас нравственно обязывают старые традиции, географическое положение и величие самой России»
Спуск на воду первого русского ледокола «Ермак» был произведен 17 октября 1898 г. на реке Тайн в Ньюкасле в Англии, а 21 февраля — 4 марта 1899 г. Макаров вышел на «Ермаке» в море, совершив на нем первое плавание из Ньюкасла в Кронштадт.
С 27 марта по 30 августа 1901 г. состоялась первая в мире антарктическая экспедиция русского ледокола, на котором С. О. Макаров отправился к Новой Земле и Земле Франца-Иосифа.
На ледоколе «Ермак»
Восторг, с которым встречали «Ермака» в России, был необычаен. С любовью и гордостью смотрели люди на корабль, который шел так, как будто никакого льда не было. Макаров стал народным героем, а ледокол в шутку называли «Ермак Степаныч». Всем казалось, что «Ермаку» не страшны никакие льды, хотя бы и Северного полюса. Макаров пытался унять этот газетный шквал восторгов, доказывал, что пути в Арктику неизвестны, льды не изучены, но его и слушать не стали. Когда же во время пробных плаваний «Ермак» не смог пробиться в тяжелых сплошных арктических льдах, овации смолкли, адмирала окатили презрением, забыв, что это были первые, самые первые шаги в неизвестность.
А ведь сам Макаров отнюдь не обольщался первоначальными успехами своего детища, — как и вообще мнимой легкостью и доступностью Арктики. «Все полярные экспедиции в смысле достижения цели были неудачны, но если мы что-нибудь знаем о Ледовитом океане, то благодаря этим неудачным экспедициям».
В 1901 г. Макарова навсегда отстранили от ледокола, чтобы положить конец его настойчивым попыткам пробиться в Арктику. «Надо было удивляться той силе воли и несокрушимой настойчивости, благодаря которым Макаров был способен составить текст, таблицы и чертежи сочинения в 507 печатных страниц при таких угнетающих условиях, где у обыкновенного человека пропадает всякая дееспособность и опускаются руки», — писал биограф адмирала полярный исследователь Ф. Ф. Врангель про труд С. О. Макарова «Ермак» во льдах».
6 декабря 1899 г. Макаров был назначен главным командиром Кронштадтского порта и военным губернатором города Кронштадта (6 декабря 1899 г. — 9 февраля 1904 г.). Обилие обязанностей не смогло отвлечь его от научных изысканий. Благодаря его поддержке на флоте началось внедрение изобретенного А. С. Поповым радио.
Главный командир Кронштадтского порта и военный губернатор города, ставшего столицей Российского флота, — должность высокая и почетная. К ней полагались дворец, экипаж и яхта. Но адмирал всегда являл высокий пример честности и бескорыстия. Из его изречений: «Определение морскими призовыми правилами денежного вознаграждения военных чинов за совершаемые военные подвиги не подходят к духу русского воинства. Призовое право занесено нам с запада, но корень его не соответствует почве. Русский воин идет на службу не из-за денег, он смотрит на войну как на исполнение своего священного долга и не хочет денежных наград за свою службу».