Император и наследник на корабле Черноморского флота.
Оправившись от контузии, в апреле 1904 года И. К. Григорович стал Главным командиром Артурского порта, получив чин контр-адмирала. Круг его обязанностей был очень широк: ремонт поврежденных кораблей, организация траления акватории базы и внешнего рейда, постановка минных заграждений на наиболее вероятных путях подхода противника к Порт-Артуру, снабжение эскадры боеприпасами, запчастями и всеми видами довольствия. За период боевых действий в судоремонтных мастерских осажденного Порт-Артура удалось не только вернуть к жизни ряд боевых судов, но и построить подводную лодку. Один из участников обороны писал: «Энергия и распорядительность Ивана Константиновича творят чудеса… Флот существует, и заслуга в том Григоровича бесспорна». За мужество, проявленное при обороне Порт-Артура, Григорович в 1904 году был награжден орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами и мечами к ордену Св. Владимира 3-й степени.
В 1905–1906 годах И. К. Григорович был начальником штаба Черноморского флота и портов Черного моря. 14 мая 1906 года при взрыве брошенной террористами на параде в Севастополе бомбы он был контужен в голову. После убийства командующего флотом адмирала Чухнина он некоторое время командовал флотом.
В декабре 1906 года Иван Константинович был переведен на Балтику, где командовал военным портом в Либаве (Лиепая). Там Григоровичу удалось за короткое время создать мощную судоремонтную базу и сформировать первый в России учебный отряд подводного плавания. За отличную работу в Либаве Григорович в 1908 году был награжден орденом Св. Анны 1-й степени. А с конца 1908 года Григорович – главный командир Кронштадтского порта и военный губернатор Кронштадта.
9 февраля 1909 года он был назначен товарищем (заместителем) морского министра и вскоре был произведен в вице-адмиралы. С новым назначением неизмеримо большей стала и ответственность. Пост заместителя морского министра был не столько почетным, сколько убийственно трудным. В его ведении были кораблестроение и судоремонт, вопросы материально-технического и гидрографического обеспечения флота. И это при том, что после окончания Русско-японской войны ни одно ведомство России не находилось в таком крайнем разорении, в каком оказался Военно-морской флот. За пять лет сменившие друг друга на посту морского министра адмиралы Бирилев, Диков и Воеводский с задачей возрождения флота не справились. Назревала необходимость в коренной реорганизации морского ведомства.
Фото императорской семьи с морскими офицерами на память.
18 марта 1911 года по настоянию Государственной думы морской министр адмирал С. А. Воеводский был отправлен в отставку. На этот пост был назначен И. К. Григорович, а в сентябре того же года ему присваивается звание адмирала.
В последние предвоенные годы И. К. Григорович всецело посвятил себя работе по укреплению Российского Военно-Морского флота. В короткий срок, избавившись от бездельников и интриганов, новый министр организовал работу всех подотчетных ему учреждений, наладил взаимоотношения с Государственной думой и другими высшими органами управления Российской империи, добился почти полного удовлетворения запросов и нужд флота. По воспоминаниям современников, он не был кабинетным руководителем. Его скорее можно было встретить у стапелей верфи, чем в Адмиралтействе. Иван Константинович инспектировал флоты и судостроительные заводы, лично контролировал ход постройки кораблей, подготовку команд и отдельных специалистов. Он осуществил ряд судостроительных программ для Черноморского и Балтийского флотов, учредил совещание по судостроению, которое решало вопросы распределения заказов среди частных предпринимателей и за границей. Накануне Первой мировой войны Россия имела 9 линкоров, 14 крейсеров, 71 эсминец и 23 подлодки.
Шесть лет возглавлял И. К. Григорович Морское министерство России, в том числе и в годы Первой мировой войны. В этой должности его уже нельзя назвать флотоводцем, но, как свидетельствуют факты, администратором он был отменным. Изучив опыт Русско-японской войны, он строил флот на новой основе. Усилиями морского министра в ходе Первой мировой войны флот был усилен еще 9 линкорами, 29 эсминцами, 35 подводными лодками. Были созданы лучшие в мире эсминцы типа «Новик», линкоры типа «Севастополь», первые в мире тральщики, лучшие в мире образцы мин и тралов. В составе флота впервые появились флотилия Северного Ледовитого океана и оперативные соединения-эскадры. Достаточно напомнить, что и через 30 лет, в начале Второй мировой войны основу Советского Военно-Морского флота составляли корабли, построенные еще в бытность Григоровича военным министром, в том числе все линкоры, 40 % крейсеров и треть эсминцев.