Петр зачислил своего любимца в Преображенский полк в чине бомбардира. Практически сорок лет Александр Данилович будет следовать за царем-реформатором, приобретая практические навыки военной и государственной деятельности.
Боевое крещение будущий светлейший князь получил во время Азовских походов 1695 и 1696 гг. против Турции. На стенах сильнейшей вражеской крепости Азов он проявил исключительные мужество и отвагу. В 1696–1697 гг. А. Д. Меншиков сопровождал царя в Великом посольстве в Западную Европу, вместе с ним учился кораблестроению на верфях Саардама (Заандама), Амстердама и Лондона, осваивал «профессию» дипломата.
К началу Северной войны (1700–1721) «Данилыч» или «мин херц», как нежно называл его государь, уже поручик Преображенского полка. Вместе с царем он покинет лагерь русских войск под Нарвой в ноябре 1700 г. накануне сражения и вместе с ним изопьет всю чашу позора.
Он будет следовать за царем из Нарвы в Новгород, из Новгорода в Москву, Воронеж и Архангельск, выполняя все поручения монарха. Человек незаурядного ума, хотя и абсолютно безграмотный, он будет неукоснительно поддерживать Петра Великого во всех его начинаниях, наживая себе врагов среди старой родовитой аристократии.
При осаде Нотебурга в октябре 1702 г. Меншиков командует резервной колонной, окончательно склонившей успех на сторону русского оружия. За мужество, проявленное в сражении, он был пожалован чином шлиссельбургского коменданта и в том же году получил графский титул. В апреле — мае 1703 г., совместно с генерал-фельдмаршалом Б. П. Шереметевым, руководил осадой крепости Ниеншанц на р. Неве.
Светлейший князь А. Д. Меншиков. Неизвестный художник. Первая четверть XVIII в.
1 мая крепость сдалась и была переименована Петром I в Шлотбург; ее комендантом царь назначил А. Д. Меншикова.
2 мая разведчики доложили царю о появлении в Финском заливе шведской эскадры Нуммерса. 5 мая шведский адмирал выслал на разведку два судна — 8-пушечную шняву «Астрель» и 12-пушечный бот «Гедан», которые вечером вошли в устье Невы и встали там на якорь. Нуммерс, по всей видимости, не располагал сведениями о том, что вся река Нева уже находилась под властью русских, и привел свои корабли на взморье.
Петр I и А. Д. Меншиков быстро собрали 30 небольших ботов и в ночь на 7 мая с наступлением темноты, разместив на них гвардию, решительно атаковали шведов. В упорном бою «Астрель» и «Гедан» были отсечены от эскадры, взяты на абордаж, а их экипажи почти полностью перебиты. Из 79 членов экипажей судов в живых остались лишь 12.
В честь этой победы царь приказал выбить памятную медаль с краткой надписью: «Небываемое бывает»
За проявленный героизм царь и А. Д. Меншиков были пожалованы 6-м и 7-м кавалерами первого (и впоследствии — высшего) российского ордена Св. Андрея Первозванного.
16 мая 1703 г. А. Д. Меншиков участвовал в закладке крепости Санкт-Петербург («Санкт Питер бурх»), ставшей через несколько лет столицей России. Генерал-губернатором возвращенной от шведов Ингерманландии (Ижорской земли) и Санкт-Петербурга стал А. Д. Меншиков.
А. Д. Меншиков мужественно руководил обороной Санкт-Петербурга от шведского флота в мае — июне 1704 г., за что был пожалован генерал-поручиком. В 1704 г. он участвует во второй осаде и штурме Нарвы. Под стенами крепости было разыграно инсценированное сражение между русскими и шведскими войсками — с целью выманить часть гарнизона Нарвы на подмогу «своим». «Шведами» командовал царь, русскими — А. Д. Меншиков. После взятия этой крепости он был назначен генерал-губернатором «нарвских и всех завоеванных земель».
На верного «Данилыча» Петр возложил тяжкую обязанность формирования русской регулярной кавалерии. Меншиков являлся одним из ее отцов-основателей. Если в 1700 г. было только два драгунских полка, то в 1709 г. кавалерия уже состояла из 3 конно-гренадерских и 30 драгунских полков, а также 3 отдельных эскадронов: Меншикова Генеральный эскадрон, Козловский и Домовой фельдмаршала Б. П. Шереметева.
В 1705 г. Петр направил своего ближайшего сподвижника во главе кавалерийского корпуса на помощь союзнику — польскому королю и саксонскому курфюрсту Августу II Сильному. За успешные боевые действия против шведского ставленника Станислава Лещинского А. Д. Меншиков был награжден Августом II высшим польским орденом Белого Орла. В том же году по просьбе Петра I император Священной Римской империи Леопольд I пожаловал А. Д. Меншикова княжеским титулом.