«Штабная работа должна помогать командиру организовывать бой; штаб — первейший орган, с помощью которого командир проводит в жизнь свои решения…
В современных условиях без четко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками». - не раз говорил Шапошников.
Шапошников — один из немногих, кому удалось не только избежать сталинских репрессий, но и — с конца 30-х годов — стать доверенным помощником Сталина по военным вопросам и пользоваться большим уважением вождя. Все это говорит о личности яркой и незаурядной, сложившейся в непростых условиях бурного времени.
Постоянно, целеустремленно и весьма успешно Шапошников работал над вопросами развития военной теории. В 1923 г. издал книгу «Конница», где обобщил опыт боевого применения этого рода войск в Первой мировой и Гражданской войнах. В 1924 г. вышло его военно-историческое исследование о советско-польской кампании 1920 года «На Висле». Участвовал в комиссии по разработке уставов. В 1927–1929 гг. опубликовал фундаментальный труд «Мозг армии» в трех книгах, который был переведен на иностранные языки. Исследование построено на обобщении опыта Первой мировой войны. В нем рассмотрены структура и основные функции Генштаба, его место и задачи в системе Вооруженных сил как в мирное время, так и, главным образом, в условиях войны. Исследован с позиции военной науки вопрос о характере современной войны. Великая Отечественная война 1941–1945 гг. подтвердила правильность основных идей, положений и выводов, сформулированных в труде «Мозг армии».
Постепенно и далеко не сразу Генеральный штаб — важнейший орган управления — обрел присущую ему роль, став рабочим (а по сути — интеллектуальным) органом Ставки.
Под руководством Бориса Михайловича было разработано положение, которым регламентировалась работа фронтовых управлений и управлений Генштаба, что в значительной степени обеспечило надежное выполнение задач Ставки. Шапошников уделял первостепенное внимание совершенствованию стратегического руководства войсками, налаживанию бесперебойного управления во всех звеньях РККА.
Разумеется, не все в судьбе маршала было таким уж безоблачным. Например, план ведения кампании с Финляндией, подготовленный Генеральным штабом и предполагавший использование в предстоящей войне не только войск Ленинградского военного округа, но и дополнительных резервов, подвергся резкой критике Сталина как переоценивающий возможности финской армии. Начавшаяся вскоре война с финнами показала, что Генеральный штаб был прав. С августа 1940 г. Шапошников стал заместителем наркома обороны СССР, передав должность начальника Генштаба генералу армии К. А. Мерецкову. На новом посту Шапошников курировал вопросы строительства укрепленных районов в 1940–1941 гг.
С началом войны по указанию Сталина из центрального аппарата Генерального штаба в помощь командующим фронтами была направлена группа ответственных работников, включая начальника Генерального штаба генерала армии Жукова, а также маршала Шапошникова. На второй день войны, 23 июня 1941 г., Шапошников был включен в состав организованного при Ставке Главного Командования института постоянных советников. С июля 1941 г. Шапошников — начальник штаба Западного направления, а 30 июля 1941 г. вновь назначен на пост начальника Генштаба РККА, став членом Ставки. Борис Михайлович Шапошников возглавлял Генеральный штаб Красной Армии в самый тяжелый период Великой Отечественной войны, с 29 июля 1941 г. по 11 мая 1942 г. Генштаб под его руководством становится центром оперативно-стратегического планирования, подлинным организатором военных действий армии и флота. Важнейшие вопросы стратегического планирования теперь предварительно обсуждаются в Ставке в узком кругу лиц — Сталин, Шапошников, Жуков, Василевский, адмирал Кузнецов.
«Основная тяжесть руководства Генштабом лежала на плечах Бориса Михайловича Шапошникова. Несмотря на тяжелую болезнь, он успевал выполнять всю необходимую работу в Генштабе и к тому же не малую роль играл в Ставке. Сердце сжималось всякий раз, когда мы видели своего начальника: он непривычно сутулился, покашливал, но никогда не жаловался. А его умение сохранять выдержку, обходительность просто поражали». - вспоминал генерал армии С. М. Штеменко.