По мнению Николая Герасимовича, успеху затеянных против него интриг послужила личная размолвка со Сталиным, произошедшая в 1946 г. по поводу вопроса о разделении Балтийского флота.
Тяжелый авианесущий крейсер «Адмирал флота Советского Союза Кузнецов»
В итоге в 1947 г. Кузнецов был освобожден от руководства флотом и назначен в Ленинград начальником управления военно-морских учебных заведений, а в 1948 г. вместе с тремя адмиралами был обвинен в передаче иностранцам документов, составляющих военную тайну (о парашютной торпеде), и понижен в звании до контр-адмирала. «Позднее, работая в Москве, я услышал от самого Сталина, что «кое-кто» настаивал на том, чтобы «посадить» меня, обещая «важный материал» (о том, что я английский шпион), — вспоминал Н. Г. Кузнецов. — Я некоторое время походил без дела на правах «неприкасаемого» и стал просить использовать меня на какой-нибудь работе. Решил этот вопрос лично Сталин. Он посла л меня в Хабаровск заместителем главкома по Дальнему Востоку к Р. Я. Малиновскому (главнокомандующему войсками Дальнего Востока). Встретивший меня случайно в Кремле Молотов — ведь я оставался членом ЦК (всего более семнадцати лет) — иносказательно произнес, что «придется на некоторое время съездить туда…». После естественных переживаний я успокоился и взялся за работу в Хабаровске. Много ездил от Камчатки до Порт-Артура. Был несколько раз на Сахалине и в Дальнем. Через год был по второму разу назначен командовать Тихоокеанским флотом» (5-м ВМФ на Тихом океане). 27 января 1951 г. он по второму разу получил очередное воинское звание «вице-адмирал» и был награжден орденом Ленина.
В 1951 г. И. Сталин решил восстановить наркомат (теперь — министерство) ВМФ и вернуть Кузнецова к руководству флотом. Кузнецов стал военно-морским министром, ему повторно было присвоено звание адмирала, а затем и адмирала флота. После возвращения в Москву в сентябре 1951 г. Н. Г. Кузнецов представил Сталину обстоятельный доклад о необходимости начала работ по проектированию подводных лодок с атомными энергетическими установками (в США работы начались еще в 1947 г.), форсированию работ по реактивному (по терминологии того времени) вооружению, реализации других неотложных мер по повышению боеспособности флота. Однако добиться принятия по данным вопросам соответствующих постановлений ему не удалось. Сталин не стал ничего решать, ограничившись заслушиванием доклада на заседании членов правительства у себя на даче. «Вместе со своим докладом я был отдан в руки «тройки»: Булганин, Берия, Маленков. — вспоминал Николай Герасимович. — Вот здесь и нужно искать причины моих дальнейших злоключений. Булганин окончательно возненавидел меня. Находясь тогда в тесной дружбе с Хрущевым, он передал ему всю свою ненависть ко мне».
В 1953–1956 гг. Кузнецов был заместителем министра обороны СССР — главнокомандующим ВМС. В 1955 г. Кузнецов перенес инфаркт и просил дать ему работу в соответствии с состоянием здоровья. Руководство просьбу игнорировало. Тогда же, в 1955 г., на рейде в Севастополе по невыясненным до сих пор причинам взорвался линкор «Новороссийск». Комиссия по расследованию катастрофы вины Кузнецова не обнаружила, но поскольку он решительно возражал против линии Н. С. Хрущева на свертывание программы строительства крупных кораблей, его сняли с поста главкома под предлогом неудовлетворительного руководства ВМФ, понизили в звании до вице-адмирала и отправили в отставку.
Немалое значение имели также неприязненные отношения, сложившиеся в тот период у Николая Герасимовича со своим непосредственным начальником — министром обороны СССР Г. К. Жуковым, который не только не возражал, но и способствовал увольнению Н. Г. Кузнецова, включив обвинительные пункты в подготовленную им докладную записку в ЦК КПСС по поводу гибели линкора «Новороссийск».
В частности, там утверждалось: «…Руководство ВМФ находится в неудовлетворительном состоянии. Главком ВМФ адмирал флота Советского Союза Кузнецов Н. Г. неудовлетворительно руководил флотом, неправильно оценивал роль флота в будущей войне, допустил ошибки во взглядах и разработке направлений строительства и развития флота и упустил подготовку руководящих кадров».
«Не отрицаю, — писал в воспоминаниях Николай Герасимович, — недостатки, видимо, были, но законности в снижении меня в звании в 1956 году было еще меньше, чем при Сталине. Просто по указанию Хрущева было вынесено решение без объяснения вины и преступлений. А для того чтобы снизить адмирала флота Советского Союза в звании до вице-адмирала, нужно иметь достаточно оснований, если, конечно, придерживаться законов…