Шапошников участвовал в разработке предложений Генштаба по осуществлению Смоленского оборонительного сражения (10 июля-10 сентября 1941 г.), контрнаступления под Москвой (декабрь 1941-январь 1942 г.), общего наступления Красной Армии (январь — апрель 1942 г.). Им же был предложен план стратегической обороны советских войск на весну-лето 1942 г., в который, к сожалению, были внесены изменения, касающиеся ряда наступательных операций, окончившихся неудачно. При непосредственном руководстве Шапошникова летом — осенью 1941 г. было оперативно осуществлено подтягивание резервов из глубины страны, уточнение боевого состава войск действующей армии после жестоких ударов врага.
Маршал А. М. Василевский впоследствии констатировал: «Личный авторитет Шапошникова, безусловно, благотворно сказывался на процессе превращения Генерального штаба в надежный рабочий орган Ставки Верховного Главнокомандования. По мере того, как разворачивались события, Сталин все больше стал придерживаться правила — принимать всякое ответственное решение по военному вопросу лишь после предварительного доклада начальника Генштаба». Достаточно сказать, что Шапошников был единственным человеком из окружения Сталина, к кому он всегда обращался по имени-отчеству.
Действительно, Шапошников Б. М. пользовался большим уважением И. Сталина. А. М. Василевский замечал, что только ему одному Верховный разрешал курить в своем рабочем кабинете, а в разговоре с ним никогда не повышал голоса. «Но это чисто внешняя сторона их отношений. Главное же заключается в том, что предложения Шапошникова, всегда глубоко продуманные и глубоко аргументированные, как правило, не встречали особых возражений».
В мае 1942 г. Шапошников, который был болен туберкулезом, попросил об освобождении по состоянию здоровья с поста начальника Генштаба. Просьба была удовлетворена. Но впоследствии Сталин нередко звонил маршалу, приглашал в Ставку и на заседания ГКО, используя его огромные знания и опыт. С мая 1942 по июнь 1943 г. Шапошников заместитель наркома обороны СССР. В июне 1943 — марте 1945 г. являлся начальником Военной академии Генштаба. Приход в академию такого крупнейшего военного специалиста и ученого, обладавшего большими педагогическими и методическими навыками, талантливого организатора, человека большого личного обаяния сразу сказался на всех сторонах ее деятельности. Его руководство, в котором сочетались квалифицированные указания, действенный контроль, внимание и доверие к подчиненным, улучшило работу кафедр, отделов и служб академии, подняло на новую ступень качество учебного процесса.
Советская делегация в Праге. В центре — глава делегации Б. М. Шапошников
На всех постах Шапошников отличался безукоризненной вежливостью, корректностью отношений с подчиненными. Любимое слово, с которого он часто начинал обращение как к подчиненным, так и к равным и вышестоящим по должности: «Голубчик…». Борис Михайлович относился с истинно отеческой теплотой к своим молодым сотрудникам. Если что получалось у них не так, он не бранился, даже не повышал голоса, а лишь спрашивал с укоризной: «Что же это вы, голубчик?». Понимая всю важность «личностного фактора», Шапошников оставался даже в самой тяжелой ситуации человеком большого обаяния, немногословным, сдержанным и, по возможности, далеким от политической сцены.
Адмирал Н. Г. Кузнецов вспоминал о Борисе Михайловиче Шапошникове, что тот обладал удивительной способностью запоминать детали, у собеседника создавалось впечатление, что он знает труд классика военного искусства Карла фон Клаузевица «О войне» — наизусть. Обладая буквально феноменальной памятью, Борис Михайлович мог, не пользуясь записью, провести разбор крупных и сложных учений или без карты заслушать доклад о боевой обстановке.
Его большое трудолюбие и умение работать с людьми оказывали огромное влияние на формирование личностей работников Генерального штаба. Борис Михайлович был доволен тем, что офицеры, выдвинутые им на более высокую должность, почти всегда оправдывали его доверие.
Маршал Советского Союза Шапошников был награжден тремя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденом Суворова 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды, медалями.
Тяжелые военные условия и почти круглосуточная работа подорвали здоровье Шапошникова и 26 марта 1945 г., не дожив до Победы 45 дней, он скончался, отдав всего себя службе Родине.
Маршал Г. К. Жуков впоследствии вполне обоснованно утверждал, что Шапошников «являлся одним из наиболее глубоких военных ученых нашего государства, сочетавшим знание теории военной науки с большим практическим опытом работы по оперативно-стратегическим вопросам».