Семь писем, или посланий, написанных Игнатием, дошли до нас и содержат драгоценные указания на тогдашнее состояние Церкви и церковного учения. Они очень уважались древней Церковью, как написанные учеником апостолов, близким им по времени и по духу. Содержание послания к римлянам мы уже отчасти знаем. В других посланиях: к Ефесянам, магнезийцам, траллийцам, филадельфийцам, к Церкви Смирнской и к Поликарпу, – Игнатий благодарит за оказанную ему любовь, отзывается с великой похвалой о присланных к нему епископах и дает христианам наставления и советы в духе любви и глубокого смирения. «Не приказываю вам, как что-либо значащий, – пишет он между прочим, – ибо хотя я и в узах за имя Христово, но еще не совершен во Христе: теперь только начинаю учиться… Я желаю страдать! Но не знаю, достоин ли я… любовь не позволяет мне молчать». Более всего Игнатий настаивает на необходимости единства веры, на покорности епископам как избранным Христом пастырям Церкви, на соблюдении мира, любви и согласия. В это время широкое распространение получили некоторые ереси. Игнатий старается оградить от них христиан, убедительно опровергает ложное учение докетов, утверждавших, что Христос имел только внешний образ человека, умоляет верующих удаляться еретиков и питаться только чистой пищей евангельского учения. Вместе с тем Игнатий напоминает об обязанности молиться о заблуждающихся. «Непрестанно молитесь о них, – пишет он Ефесянам, – ибо им есть надежда покаяния, чтобы прийти к Богу. Дайте им научиться из дел ваших. Против гнева их будьте кротки; против их велеречия смиренномудры; их злословию противопоставляйте молитву; их заблуждению – твердость в вере; против их грубости будьте тихи». «Все совершенство, – пишет он в другом послании (к смирнянам), – в вере и любви, коих нет ничего выше. Посмотрите же на тех, которые иначе учат о пришедшей к нам благодати Иисуса Христа, – как они противны воле Божией! У них нет попечения о любви, о вдовице, ни о сироте, ни о притесняемом, ни об узнике или освобожденном от уз, ни об алчущем или жаждущем». Эти слова доказывают, как дела милосердия считались обязательными для истинно христианского общества.
Игнатий часто указывает на силу общественной молитвы, совершаемой в духе единства, любви и мира. «Собирайтесь чаще для Евхаристии и славословия Бога. Ибо если вы часто собираетесь вместе, то низлагаются силы сатаны, и единомыслием вашей веры разрушаются гибельные его дела. Нет ничего лучше мира, ибо им уничтожается всякая брань небесных и земных духов» (Письмо к Ефесянам, XIII). О Евхаристии Игнатий учит, что она есть плоть Спасителя нашего Иисуса Христа, та плоть, которая страдала за нас и которую Отец воскресил по Своей благости.
Игнатия тревожило положение Сирской Церкви. Он ее поручал молитвам и любви верующих, но в пути был обрадован вестью, что после его отбытия гонение в Антиохии прекратилось. Он просил Поликарпа и других служителей малоазийских Церквей позаботиться о том, чтобы вновь собралась рассеянная гонением Антиохийская Церковь и были избраны священнослужители. В то время избрание делалось с общего согласия нескольких епископов и других членов Церкви. Св. Игнатий первый ввел в Церковь антифонное пение на два хора; это было вследствие небесного видения.
Но вопреки гонению число верующих возрастало, особенно в Малой Азии. В Вифинии языческие храмы почти опустели, в городах и весях исповедовали Христа. Это сообщает язычник, Плиний Младший, который был губернатором Вифинии. Ему ежедневно доносили на христиан и требовали их казни, но он не знал за ними преступлений. Тогда он решился написать императору и спросить, как поступать: подвергать ли казни христиан за то только, что они христиане, или лишь в том случае, если они окажутся преступниками?