На острове развернулось крупное строительство военного флота. Рыцарские корабли стали совершать регулярные рейды к берегам Сирии и Египта. Перед флотом была поставлена первостепенная боевая задача – охранять на средиземноморских морских путях христианские суда от нападений пиратов и мусульманских военных кораблей. Успехи иоаннитов на этом поприще не только снискали им благодарность и уважение киприотов, но и усилили поддержку и покровительство Святого престола.
Впрочем, кипрский период деятельности Ордена все же не был особенно ярким. Отношения Великого магистра с кипрским королем не устраивали гордого рыцарского главу, и он все чаще задумывался над поиском нового места для себя и своих подопечных. В 1305 году на смену Гийому де Вилларэ пришел его племянник Фульк де Вилларэ. Он еще настойчивее стал искать варианты более достойного и удобного базирования Ордена. И вскоре после избрания не побрезговал вступить в тайный сговор с генуэзским пиратом Виньоло Виньоли. Целью этого сомнительного союза был захват Родоса – довольно крупного острова, площадью 540 квадратных миль, который манил своей близостью к юго-западным турецким берегам в теплом Эгейском море. То обстоятельство, что он принадлежал христианской Византии, не смутило новоиспеченного главу госпитальеров. Вполне оправдательным он считал тот факт, что вера у греков не католическая, а православная, а сами они схизматики, значит, Риму – враги.
Летом 1308 года, после затяжной осады, иоанниты захватили остров, и Фульк де Вилларэ объявил Родос владением Ордена. Туда передислоцировались не только монастырь и госпиталь. Остров стал настоящей военно-морской базой госпитальеров, откуда они совершали набеги на турецкие города и селения. Турки-османы, что обосновались в Малой Азии, со своей стороны тоже ускоренно развернули свои военные эскадры и стали угрожать с моря европейским государствам. И тот факт, что на пути агрессоров часто вставала морская армада госпитальеров, придавало Ордену вес в глазах европейцев. Кстати, это же во многом помогло иоаннитам избежать печальной и страшной участи тамплиеров, но не спасло от отставки самого Великого магистра, погрязшего в материальных затруднениях.
Создание флота, двухлетняя осада Родоса и проснувшаяся у Фулька де Вилларэ неуемная страсть к личной роскоши изрядно опустошили орденский кошелек. Недовольные рыцари сместили магистра, но сводить концы с концами им было все трудней. И уже не впервые неожиданная поддержка пришла от Святого престола. Как и его предшественники, папа Климент V питал слабость к воинственному ордену. В 1312 году он объявил госпитальеров наследниками имущества прекратившего существование Ордена тамплиеров. От жирного пирога, правда, успели откусить изрядные куски европейские государи, уже заполучив немалую часть тамплиерского добра. Но и госпитальерам не только удалось избежать неминуемого финансового краха, но и вернуться к обеспеченной, сытой жизни. С их материальным благополучием в первой половине XIV века не могла сравниться даже казна французского короля. Арагонская же ветвь Ордена, благодаря папскому дару, заметно пополнила ряды местных крупнейших землевладельцев.
Если Иерусалим был материнской колыбелью, то Родос более чем на два века (с 1309 по 1522 год) стал второй родиной госпитальеров. Здесь впервые иоанниты заложили абсолютно независимое и самостоятельное орденское государство, к которому стал применяться такой термин международного права, как суверенитет. И все эти два с лишним столетия они не прекращали тяжелую борьбу с турками. Орден, который ранее располагал, в основном, сухопутным войском, превратился в одну из самых мощных морских держав. Бесчинствующим в Средиземноморье пиратам-берберийцам пришлось на себе испытать, что он столь же грозен на море, как и на суше. В тот период, практически, все морские сражения христианских государств с турками не обходились без участия орденских кораблей.
Даже в обыденной, повседневной жизни Родосских рыцарей действовали принципы железной дисциплины и безоговорочного послушания. До сих пор бытует легенда о рыцаре Теодоре, который в жестоком бою победил дракона, разорявшего села местных жителей. Но «в награду» великий магистр постановил изгнать воина с острова. Провинность состояла в том, что рыцарь не попросил у него разрешения вступить в схватку с чудовищем. Только челобитные благодарных островитян заставили главу Ордена сменить гнев на милость и оставить Теодора в товариществе. Вообще во всем незамысловатом организационном устройстве Ордена госпитальеров фигура Великого магистра являлась самой могущественной и непререкаемо авторитетной. Следует, правда, признать, что именно его умение быстро принимать правильные решения, как простые бытовые, так и тактические военные или стратегические политические, напрямую было связано с материальным благополучием Ордена и прочностью его позиций в мире.