По одной версии, Плантара избрали Великим Магистром вскоре после кончины Жана Кокто, и он оставался на этом посту вплоть до 1984 года.
По другой версии, Приорат Сиона в продолжение двух десятилетий управлялся Генеральным Секретарем, то есть Плантаром, а Великим Магистром он был избран 17 января 1981 года и, собственно, именно в этом качестве давал свои сенсационные интервью авторам супербестселлера «Святая кровь и святой Грааль». Публикация свидетельств Плантара пагубно отразилась на его репутации в Приорате Сиона, причем до такой степени, что он почел за благо добровольно сложить с себя полномочия Великого Магистра, что произошло 11 июля 1984 года — через два года после выхода книги. Сам он официально мотивировал свое решение внезапным ухудшением состояния здоровья.
Судя по всему, его уход мог быть продиктован и соображениями совсем иного рода. Практически вслед за публикацией «Святой крови и святого Грааля» некто под именем Корнелиус выпустил в свет сочинение, носившее название «Скандалы Приората Сиона». В этой книге содержался внушительный перечень финансовых сделок сомнительного свойства, к которым якобы был причастен Приорат Сиона, причем махинации осуществлялись при участии американских банкиров и одного известного итальянского политика. Еще можно упомянуть в связи с этим и о смерти кардинала Жана Даньелу, происшедшей при очень странных обстоятельствах. Причем в дело оказалась замешана юная стриптизерша из ночного клуба, а на теле покойного полицейские обнаружили огромную сумму денег. Даньелу был связан дружескими отношениями с Кокто (он даже перевел на латинский язык шедевр Кокто — драму «Царь Эдип») и хорошо знаком с Плантаром. Корнелиус утверждал в своей книге, что Даньелу тоже был, несомненно, замешан в нечистоплотные финансовые отношения с Приоратом Сиона. Более того, Корнелиус на этом не останавливался, а переходил к новым, еще более тяжким обвинениям, обвиняя Приорат в пособничестве итальянской мафии и масонской ложе «П2». Корнелиус утверждал, что имеет место факт личного знакомства и тесного общения между самим Плантаром и Личо Джелли, магистром ложи «П2»… А потом, сродни эффекту от разорвавшейся бомбы, распространилось известие о том, что книга Корнелиуса — грязная фальшивка и всё, о чем в ней говорится, только пустые и отвратительные измышления. Мартин Ланн, автор книги «Код да Винчи расшифрован», комментирует этот эпизод следующим образом: «…несмотря на то что брошюра, написанная Корнелиусом, была распространена довольно внушительным тиражом, ни одно (!) из упомянутых в ней предположений не нашло документального подтверждения, и ее автора вполне могут привлечь к суду за клевету». Могут, конечно же, если только найдут…
Существует и третья версия, согласно которой Приорат Сиона — это не реальная организация, а фантом, порожденный буйной фантазией Плантара! Сам же Плантар — самозванец, вдобавок имеющий криминальное прошлое (три тюремных срока). Организация с подобным названием уже существовала в истории — речь идет о монашеском ордене, в 1617 году примкнувшем к иезуитам. Плантар впервые заявил о Приорате в 1956 году, но вполне безрезультатно. Через год не нашедшая реальных энтузиастов организация прекратила свое существование. Плантар еще дважды пытался придать Приорату Сиона статус реально существующей организации. Первый раз, когда давал свои интервью авторам «Святой крови и святого Грааля» на исходе восьмидесятых годов двадцатого столетия, а второй — в 1989–1993 годах, причем создав новый список магистров и по ошибке внеся в него персону, находившуюся под следствием, в результате чего привлекли к суду и самого Плантара. В итоге он был предан публичному остракизму и жил в уединении вплоть до своей смерти.
Небезызвестный Саймон Кокс, явно придерживающийся этой версии, в своем нашумевшем расследовании «Взламывая код да Винчи: путеводитель по лабиринтам тайн Дэна Брауна» (2004) заявляет буквально следующее: «Большая часть существующей сегодня информации о Приорате Сиона, скорее всего, была подготовлена под руководством Плантара и просочилась в виде множества самиздатовских бюллетеней, зашифрованных манускриптов и генеалогических таблиц, хранящихся в Национальной библиотеке в Париже, или через интервью с доверенными лицами.