Но чем и когда может быть восстановлена нравственность в массе народа — когда она в ней будет потеряна? А религии — вере Православной — война объявлена открыто литературой и распространителями раскола — его защитниками, как явления политического. Цензура пропустила множество сочинений — изложения учений разных ересиархов — дала повод простому народу верить, что книги эти напечатаны по воле Государя, и раскол усиливается в необъятных размерах. Это явление близко сходством с явлением протестантизма на Западе — разница та, что оно образовывается в одном и том же Государстве. Спаси Господь от тех последствий, которые нам указывают примеры народов отживших или еще хуже — последствий беспримерных! — по беспримерности характера народа».
Известно, что и в Бабайках Святитель Игнатий много и плодотворно трудился, благодаря чему захудалый прежде монастырь превратился в первоклассную обитель. Петр Александрович оказывал ему большую помощь, употребляя на нужды монастыря свою губернаторскую пенсию. Их племянница, А. Н. Купреянова, так описывает Петра Александровича в этот период его жизни: «Величественный с нами, Петр Александрович держался перед братом почтительно… Он жил в Бабайках при брате мирянином… все понимали, что он в душе монах и держит монашеское правило, хотя и не принимает пострижения, быть может, для того, чтобы ему удобнее было хлопотать по поводу сочинений Владыки. Он издавал их на собственный счет и ему приходилось много возиться не из-за одной материальной стороны дела… он ездил объясняться с высокопоставленными лицами, пользуясь своим положением бывшего губернатора».
Труды по изданию сочинений Святителя Игнатия можно считать главным делом последних лет жизни Петра Александровича. «С собою в Петербург, — писал он Н. Н. Муравьеву-Карскому 11 октября 1862 г., — я привез некоторые из сочинений Преосвященного Игнатия и намерен попытаться напечатать их. Удастся ли мне это — не знаю, но приложу старания, сколько смогу, чтоб исполнить. Трудно потому, что Преосвященный поставил условием, что не принимает никакой цензурной поправки, изменяющей или ослабляющей выраженную им мысль». О причине такого беспокойства Святителя Игнатия можно узнать из его собственного письма брату от 14 октября того же года: «Когда я жил в Сергиевой пустыне, тогда не благоволили, чтоб мои сочинения были издаваемы печатно, имея на то свои причины. Может быть, эти причины существуют и доселе. …Сначала мне не указывали прямо: на отказ употребляем был свой прием, именно: так перемарывали рукопись и так изменяли сочинение, что рукопись делалась никуда негодною, а сочинение уже делалось чуждым мне и получало искаженный вид, могущий соблазнить читателя, а автора сделать посмешищем публики… Вообще, писания людей, проводивших аскетическую жизнь, гораздо удобнее печатать по смерти их…» Как известно, многолетние старания Петра Александровича не пропали даром. Можно смело сказать, что именно благодаря им мы имеем сейчас изданными почти все произведения Святителя Игнатия (Брянчанинова).
Размеренная жизнь в монастыре изредка нарушалась неожиданными событиями, об одном из них Петр Александрович сообщает Николаю Николаевичу в письме от 2 сентября 1863 года. Речь идет о встрече Святителя Игнатия с Цесаревичем Николаем Александровичем, старшим сыном Александра II, объявленным Наследником, но умершим 12 апреля 1865 г. (после чего Наследником был объявлен будущий Александр III): «Вы спрашиваете, не был ли я в Нижнем в приезд Государя? — Нет — но видел преданность народа к Царственному Дому в приезд Наследника, который заезжал к нам на Бабайки 29 июня, слушал Литургию, по окончании которой Преосвященный поднес ему икону (копию с чудотворной) Святителя Николая, сказав: «Ваше Императорское Высочество! Святитель Христов Николай, преподававший душеспасительнейшие советы царям, да глаголет сердцу Вашему вся благая о Вас Самих и о Православном Русском народе». — Тысячи народа (простой народ, исключительно крестьяне, и все бывшие помещиков, потому что в нашем кутке и слухом не слыхать Государственных) собрались и с любовию приняли и глядели на Царственного Юношу.