В короткое время без лекарств обновилось здоровье старца. Желая более уединенной и безмолвной жизни, он объявляет желание свое настоятелю и братии. Они устраивают ему келью в лесу в двух верстах от обители, в коей начинает жительствовать Феодор вместе с добродетельным иеросхимонахом Клеопою; в скором времени присоединился к ним отец Леонид, сложивший с себя достоинство строителя. Но не может укрыться град, стоящий на вершине горы: скоро слава о великих достоинствах схимонаха Феодора разнеслась повсюду, беспрестанно толпились при дверях его кельи многочисленные посетители и нарушали безмолвие пустынножителей. Феодор и сотрудники его, утомленные молвою, обнажают пред Богом затруднительность своего положения и молят Его, дабы устроил их дела по Своей святой воле, в скором времени является в них сердечное чувство, понуждающее переселиться в северные пределы государства Российского. Три года постоянно продолжалось сие влечение, и три года не могли они его исполнить делом. Провидение определило Феодору прежде товарищей своих оставить Белые берега. Любитель нестяжания, он взял с собою на дорогу только тридцать копеек — подарок Свенского игумена. Зная презрение праведника к деньгам, рожденное крепким упованием на Бога, один из его приверженных, схимонах Афанасий, вложил ему тайком пятирублевую ассигнацию; прошед шестьдесят верст от Белых берегов, он встречает престарелую нищую и отдает ей ассигнацию. Феодор направил стопы свои к Новоезерскому монастырю, лежащему в восточной части губернии Новгородской, коего начальником был тогда знаменитый Феофан. Принятый им любовно, приглашенный возобновить пустыню Нила Сорского и жить в оной с своими единомудренными, Феодор получает от него письмо касательно сего предмета к митрополиту Амвросию. Амвросий не согласился на предложение Феофана и послал Феодора в Палеостровскую пустыню, тогда возобновляемую и лежащую на острове Онежского озера, в северной части оного.
Здесь судило провидение сему святому мужу вступить в огнь жестоких искушений, здесь его добродетели, испытанные искушениями, воссияли еще светлейшими лучами. Настоятелем обители Палеостровской был некто Белоусов, происхождением купец, купивший сперва дворянство, потом монашество и вместе с оным достоинство строителя. Никогда не знавший послушания, никогда не соображавшийся с заповедями истинного христианства и иночества, Белоусов зарождается завистию к Феодору, начинает притеснять его. Но злобоупотреблением одной строительской власти не мог он насытить своей злобы. Белоусов сшивает различные клеветы на непорочного схимонаха и с оными является пред митрополитом.
Возвращается строитель в монастырь с приказом от преосвященнейшего, в коем между прочим сказано было следующее: «Схимонаха Феодора никуда не пускать, и ни в какие монастырские распоряжения не входить. Если ж сделает что непристойное, противное своему чину, то лишенный чина, послан будет в светскую команду». Сие прочитано было в трапезе, причем Белоусов запретил добродетельному старцу входить в кельи к другим инокам, впускать их в свою келью и разговаривать со странниками. «Все сие, — сказал смиренномудрый Феодор, — случилось за тяжкие грехи мои, за мою гордость и за невоздержный мой язык. Слава тебе милосердому Создателю моему и Богу, что не оставляешь меня многогрешного и скверного, но посещаешь и наказуешь за мои беззакония Своим милосердием и благоутробием отеческим».
Чрез несколько времени Феодор просил позволения подать просьбу в Валаамский монастырь, но получил отказ. «Видно, — сказал он, — так угодно милосердому Богу: Буди имя Господне благословенно отныне и до века.
Прошло несколько времени и присылается новый указ, в коем было написано: «Феодора схимника из ворот монастырских никуда не выпускать и не допускать ни в какие советы». — «Милосердый Господь мой и Создатель мой, — сказал Феодор, — дай мне и что впредь может случится за мои грехи претерпеть со благодарением и благодушием. Без Твоей помощи не могу сделать ничего доброго, дай мне, по крайней мере, отныне положить начало к житию по Твоей святой воле и к люблению Тебя, милосердого Бога моего, Создателя и Искупителя».