Чин богослужения, порядки келейного жительства, братская трапеза и жилища — все было поведено к улучшению. С открытием весны заведено правильное хлебопашество на земле, прилегающей к монастырю (около восьмидесяти десятин частью болотной, частью наносно — песчаной), для чего была произведена разбивка полей, прорыты канавы для осушки болот и через них болотные воды спущены в Волгу.
В то же время начата перестройка келий, предназначенных епископом для него самого. Он выбрал себе две комнаты просторные, высокие, обращенные окнами на юг, в черный двор, в корпусе келий, названном «больничным», по устройству в нем в восточной оконечности корпуса церкви, примыкающей к ней своей западной стеной. Корпус этот выстроен вертикально к течению реки Волги от запада к востоку, а потому великолепная картина Волги закрыта для обитателя этих келий, ему видны только вершины древних дубов монастырской рощи, примыкающей к черному двору, обстановленному рухольным амбаром, погребом — ледником, баней с прачечной, дровяными сараями и по переднему фасаду корпусом, в котором живут рабочие и помещаются мастерские.
Одновременно с келиями владыки начато капитальное исправление корпуса братских келий и настоятельских. Корпус этот, с одной стороны, обращенной к Волге — двухэтажный, с другой, обращенной внутрь монастыря — одноэтажный, его нашли нужным сшить поперечными железными полосами, так как он от сырости места и от неравномерной осадки значительно истрескался в этом направлении. Гостиница для приезжающих, расположенная у самой ограды монастыря, была вся переделана внутри и по возможности прилично меблирована.
В первый год по прибытии владыки Игнатия на Бабайки посетил его старинный друг М. Чихачев, и это свидание их было последнее в жизни. Обоими признано было, что последнему не надо покидать своего места жительства — Сергиевой пустыни, в которую он положил все свое состояние и пользовался в ней всеобщим уважением братства и теми удобствами, какие необходимы были для него в болезненной старости.
В конце июня 1862 года приехал в Бабаевскую обитель на жительство родной брат владыки Петр Александрович Брянчанинов. Испросив увольнения от службы с должности Ставропольского гражданского губернатора, он поселился в монастыре на правах богомольца.
В мае 1862 года епископ Игнатий посетил преосвященных Платона в Костроме, Нила в Ярославле и Иринея в Толгском монастыре близ Ярославля, после этой поездки уже никуда не выезжал из монастыря, кроме прогулки в экипаже по окрестностям монастыря в хорошую погоду. В семь часов утра он пил чай, который признавал необходимостью как средство, согревающее кровь, и говаривал: «Вот что значит старость: не напившись чаю, и Богу не способна помолиться!» С 9–ти часов принимался за дела, или выходил к литургии, или осматривал производящиеся работы, принимал посетителей, по большей части крестьян больных, пользовавшихся от владыки медикаментами (гомеопатическими).
Таких больных стекалось очень много, один из келейников записывал имена их в книгу, лета и род болезни, а владыка отмечал какое кому дать лекарство, число приемов и диету, если таковая оказывалась нужной. Лечение шло успешно, но через три года было прекращено по причине многолюдного стечения больных, нарушавших уединение святителя. В исходе 12–го часа дня владыка обедал. Стол его был простой, и кушал он очень умеренно. В 3–м часу кушал чай, к которому всегда призывал кого — либо из братии и завершал угощение душеспасительной беседой. После вечерни до 8–ми часов принимал всех, имевших к нему духовную нужду иноков и послушников, а также и посторонних посетителей. С 8–ми часов вечера владыка запирался в своих келиях, он спал обыкновенно не раздеваясь, на ночь надевал валеные сапоги по причине болезни ног, издавна простуженных. Такова была обстановка келейной жизни преосвященного Игнатия на Бабайках.
Июня 29–го 1863 года Бабаевская обитель была осчастливлена посещением его императорского высочества государя нас ледника цесаревича Николая Александровича. Его высочество прибыл из Ярославля на пароходе к одиннадцати часам утра. От пристани он изволил ехать в монастырь с графом Сергеем Григорьевичем Строгановым в монастырском фаэтоне. Владыка в полном облачении со святым крестом в руках и святой водой встретил его на паперти церкви святителя Николая, провел к предназначенному ему месту против чудотворной иконы святителя и тотчас же начал литургию. Богослужение совершалось величественно, в отличном порядке, и крылосные пели удачно. После литургии его высочество почтил преосвященного своим посещением и принял приготовленный ему и свите его в келиях епископа рыбный завтрак.