Св. Иоанн превзошел подвигами других братии в обители, творением чудес он привлекал к себе жителей Антиохийской страны, просвещал их светом Богопознания и поучал их исполнению евангельских заповедей. Благодаря своим высоким добродетелям он сделался светилом той страны, больные разными недугами получали от него исцеления: слепые прозревали, хромые ходили, бесноватые освобождались от нечистых духов. Чем более Бог прославлял святого чудесами, тем больше народа стекалось к нему, желая видеть его и принять от него благословение. Слава о нем пошла по всей Сирии, везде восхваляли святого Иоанна за великие чудеса и знамения, которые Господь творил его руками. Так, с умножением у него духовных даров, возрастало и число приходивших к нему людей. Они нарушали беспрестанно его уединение, поэтому преподобный счел нужным выйти из Антиохийской области. Взяв с собой некоторых учеников, он оставил первоначальное место своего жительства и поселился в глубокой пустыне: там он беспрепятственно предался посту, молитве и бдению и ревностно стремился к исполнению заповедей Господних. Оставшись без своего благодетеля, жители Антиохии пытались найти великого Иоанна, однако, несмотря на все их усилия, место, где пребывал святой муж, в продолжение долгого времени оставалось неизвестным. Ученики его пробирались тайком в город, продавали свое рукоделие, на вырученные деньги покупали себе необходимое для жизни и потом тайком же возвращались к отцу своему. Следуя примеру жизни святого Иоанна, ученики его подражали ему в подвигах поста и молитвы, никогда не оставались в праздности. Сообразно словам великого апостола, который сказал: Нуждам моим и нуждам бывших при мне послужили руки мои сии (Деян. 20; 34), из рук не выпускали они рукоделия, в устах имели постоянно молитву, ум возводили к небу.
Но не угодно было Богу оставить в неизвестности верного раба Своего, ибо зажегши свечу, не ставят ее под сосудом, но на подсвечнике, и светит всем в доме (Мф. 15; 5), и Бог явил святого сего мужа всем желавшим найти его и поучиться от него, — клад открылся искавшим обогащения. Великое множество народа стало стекаться отовсюду слушать святого и поучаться от него закону Господню, Больные, приносимые на одре, получали совершенное здравие, расслабленные исцелялись, страждущие успокаивались душой и телом, словом, совершалось руками старца столько чудес, что подробно описать их нет никакой возможности.
Святой Иоанн убегал славы человеческой, а более — мирской суетной жизни, поэтому-то и задумал уйти куда-нибудь, где бы никто не знал его. В скором времени открылось и благоволение Божие на это. Матерь Божия, явившись ему, велела избрать из числа его учеников двенадцать достойных мужей и идти с ними в Иверию, чтобы утвердить в вере недавно основанную Церковь Иверскую. Об этом видении св. Иоанн сообщил своим ученикам и велел им в продолжение десяти дней поститься и молиться.
Когда прошло это время, святой собрал учеников и сказал им: «Дети и возлюбленные мои братья! Я вижу, что вы исполнены благодати Божией и совершенны во всех делах Божиих! Слушайте: я видел Преблагословенную Матерь Господа нашего Иисуса Христа, Которая повелела мне избрать из среды вашей двенадцать и вместе с ними отправиться в дальнюю Иверскую страну, чтобы потрудиться в новой Церкви Христовой. Поэтому я для удобства напишу имена всех вас на отдельных хартиях и положу их на престол, и проведем всю ночь в молитве, чтобы Господь Сам избрал предавшихся Божественной воле Его», Ученики отвечали ему на это: «Отче святый! Как повелел тебе Господь, так и делай, но мы все-таки не оставим тебя и не разлучимся с тобою». Всю ночь провели они, стоя на молитве, В третьем часу утра святой Иоанн велел всем иереям принести Бескровную Жертву, по окончании же Литургии, приобщившись Святых Тайн, велел всем воздеть руки к небу и произносить: «Кириэ элейсон» (*3). Пение это продолжалось около часа, в это самое время Ангел Господень взял с престола на виду всех двенадцать хартий и вложил их в руки св. Иоанну. На этих хартиях были написаны имена отцов Шио, Давида, Антония, Фаддея, Стефана, Исидора, Михаила, Пирра, Зенона, Исе, Иосифа и Авива.