Св. Иоанн сказал присутствующим: «Не дивитесь, братия! Знаите, что действие огня безопасно для истинно верующих. Огонь, возжженный в Вавилоне для трех отроков, устыдился невинных, когда халдеи бросили их в горящую печь. Сошел к юношам Ангел и сохранил их неврежденными от пламени, так что и волосы их остались неопаленными но пострадали одни лишь возжигатели огня». Потом св. Иоанн посмотрел на святителя Исе и сказал: «Отче и пастырю словесных овец, просим твоего благословения в память о тебе».
Св. Исе, исполненный Святого Духа, встал с места, поднял руки свои к небу, долго молился безмолвно, потом пал на землю, оросил ее теплыми слезами и, обратившись к св. Иоанну, просил его молитв. Затем, пригласив Иоанна и других следовать за ним, пошел к реке Ксани. Прийдя к реке, св. Исе снова стал на молитву. «Святая и Преблагословенная Царица, — говорил он, — Твоею благодатью да покорится мне вода эта, и да последует она мне». Окончив молитву, святитель протянул жезл свой к реке и сказал: «Именем Господа нашего Иисуса Христа говорю тебе, река Ксань, последуй за жезлом моим». О чудо! Отделилась часть реки и потекла вслед за святым Исе, она как бы тянулась за жезлом. Земля же углублялась там, где блаженный влачил жезл свой и показывал воде дорогу. Таким образом святые приблизились к церкви Божией Матери в Цилкани, а святитель все еще вел за собой воду. Дойдя до упомянутой церкви, св. Исе оставил воду, и она нашла себе дорогу дальше, вода эта и доныне течет у самой крепостной стены церкви Божией Матери во славу Господа Иисуса Христа и в свидетельство о святости Исе. Очевидцами этого чуда были святые отцы Иоанн, Шио, Илия-диакон, Евагрий и другие братья обители св. Шио, а также и жители великого города Мцхета и ближайших селений, жители Цилкани, которые славили и благодарили Бога, подавшего святым Своим столь великую силу чудотворения.
Увидев духовное совершенство своих учеников, св. Иоанн с диаконом Илией возвратился назад в свою пещеру на гору Зедазен. За ним последовали и остальные ученики его — Шио, Исе и другие. Проведя у св. Иоанна три дня в духовной радости, каждый из них возвратился к себе.
Гора, на которой жил св. Иоанн, была вначале совершенно безводна. В поте лица трудился ученик преподобного св. Илия. Он носил воду из реки Арагвы, текущей у подножия высочайшей горы Зедазен. Сжалился над ним св. Иоанн, видя столь великие труды его, стал со слезами просить Бога подать им на той высочайшей горе источник воды, которая и ло сего времени течет там во славу Бога и раба его Иоанна.
Народ, узнав об этом новом чуде, стал стекаться с разных мест, принося с собой больных разными недугами, одержимых духами нечистыми. Святой, благословляя их, подавал им пить воду из источника, дарованного Богом по его молитве и слезам, и больные немедленно получали душевное и телесное исцеление. И теперь всякий, принимающий с верой воду эту, обретает сугубую пользу молитвами святого отца нашего Иоанна. Однажды ученик святого, диакон Илия, пошел к источнику за водой. Черпая воду, он взглянул и увидел против себя медведя необыкновенной величины, идущего на источник. Илия очень сильно испугался, оставил водонос и в ужасе пустился бежать к святому схимнику, великому Иоанну, сообщил ему о виденном звере и сказал: «Пойдем, отче, я укажу тебе этого медведя у самого источника». Св. Иоанн последовал за учеником своим и увидел медведя, пьющего воду. Иоанн с кротостью сказал: «Пей, если жаждешь, и иди отсюда, но, говорю тебе, чтоб ты и твой род отныне на этой горе не смели никому и никогда причинять какого-либо вреда».
Услышав слова святого, медведь, опустив голову, как раб покорный, немедленно удалился от источника. Так давал заповедь даже и бессловесным зверям благой наставник этот, св. Иоанн. И с тех пор все дикие звери, которых на эгой горе огромное множество, так твердо сохраняют эту заповедь святого, что при всякой встрече с людьми немедленно бегут в обратную сторону, исполняя веление св. Иоанна. и не причиняют никому никакого вреда.
Принесли однажды к чудотворцу одного больного, расслабленного всеми членами и совершенно уже разрушающегося, на которого нельзя было смотреть без глубочайшей жалости, положили его вместе с носилками перед св. Иоанном и просили блаженного, говоря: «Помилуй расслабленного этого, о святый отче! Ибо веруем, что молитвами твоими можешь сделать все, как исполнитель воли Господа и верный раб Владыки нашего Иисуса Христа». Обратился к нему и сам расслабленный тихим голосом, так что едва можно было слышать его: «Помилуй меня, раб Милосердного Владыки и Бога, и моли Его за меня. почти мертвого и обреченного быть в могиле, да уврачует меня Господь молитвами твоими».