Когда прошло уже двадцать лет, после того, как св. Шио вступил в иночество, св. Иоанн имел откровение свыше избрать из числа учеников своих двенадцать и с ними отправиться в страну Иверскую (Грузинскую), чтобы утвердить там в вере обращенных святой равноапостольной Ниной ко Христу грузин. 0б этом видении св. Иоанн рассказал всем своим ученикам. После продолжительных молений он избрал двенадцать исполненных благодати Божией иноков, в числе которых был и блаженный Шио — крепость и утверждение Грузинского царства (*4).
Св. Иоанн отправился в далекий путь со своими богоизбранными учениками. Они достигли города Мцхета и были радушно приняты тогдашним католикосом Евлавием. Преподобный наставник иноков провел в городе Мцхета три года со своими учениками и с ними же затем взошел на гору Зедазен. После их двухлетнего пребывания на горе, в одну ночь явилась св. Иоанну Царица неба и земли, Владычица Богородица Мария с равноапостольной Ниной и повелела ему, чтобы он разослал своих учеников по разным местам страны для проповеди. Проснувшись, он собрал учеников, объявил им приказание Богородицы и св. Нины и затем повелел приготовиться исполнить волю Божию — отправиться туда, куда каждому из ник укажет сам Святой Дух. Тяжко было расставаться чадам со своим возлюбленным отцом, но никто не смел противиться ему, зная, что приказание его есть воля Господня. Прежде всего св. Иоанн представил учеников своих католикосу, испрашивая у него благословения на предлежащий им подвиг. Католикос, благословив их и сотворив о них молитву, повелел каждому взять себе в помощь по одному иноку. Только один св. Шио, любивший пустыню и уединённую жизнь, просил своего учителя благословить его на отшельничество. Св. Иоанн позволил ему это, сказав: «Чадо мое! Ступай, куда поведет тебя Сам Господь. Мне явил Владыка наш Господь Иисус Христос, что ты должен вести уединенную жизнь, а между тем будешь аввой великой лавры. Но прежде явись католикосу, получи его благословение, и да будет Господь с тобой всегда. Он нигде не оставлял меня, смиренного, в борьбе с духом лукавым, Он будет твоим Покровителем и Утешителем и разрушит за тебя всякое коварство и ухищрение дьявольское».
Святой Шио, получив благословение от возлюбленного своего учителя, затем от католикоса Евлавия на пустынножительство, отправился на запад от города Мцхета, в места непроходимые для людей из-за дремучих лесов. Он прибирался ужасными и дикими скалами и вошел наконец в глубокое, безотрадное, глухое, безводное ущелье, полное диких зверей и ядовитых гадов. Когда св. Шио осмотрелся кругом, ему понравилась эта совершенно уединенная пустыня, как бы нарочно защищенная отвесными и необыкновенно крутыми стенами песчаной горы от людских, взоров и от мятежа мирского. Он возвел очи и руки к небу и сказал: «Господи Иисусе Христе, Боже мой! На месте этом да обретет покой смиренный раб Твой. укрепи меня благодатию Твоею молитвами отца моего Иоанна!» На северной стороне, над отвесной скалой крутого берега реки Куры св. Шио нашел тесную пещеру, достаточную, чтобы укрыть тело его. Там поселился он, предав себя воле Божией, не беспокоясь ни о пище, ни о питье, ни о каком либо утешении человеческом. Он провел тут сорок дней в посте и молитве, не вкушая ни куска хлеба, ел только некоторые травы, и то самую малость их, и пил немного воды. Так начал св. Шио свою отшельническую жизнь. Совершенно отрекшись от мира, он предал тело свое изнурению и болезням и, поработив его духу высокими подвигами, ожидая от одного Бога помощи и укрепления в борьбе с диавольскими кознями.