Земские соборы были случайным, экстренным органом, помогавшим верховной власти в деле управления. Таким же, но постоянным органом была Боярская дума. Историки этого учреждения отмечают несколько моментов в историческом развитии Боярской думы. В XV и XVI вв., как доказывает В. О. Ключевский, дума стала оплотом политических притязаний, возникших в московском боярстве в то время, когда в это боярство вошла масса удельных князей, перешедших на службу к московскому князю. Эти князья полагали, что в силу своего происхождения и прежних прав самостоятельной власти они могут соправительствовать с московскими государями. Однако эти последние не стояли на такой точке зрения и понимали служилых князей, как своих простых слуг. Вследствие этого между боярством и московскими государями произошел в XVI в. ряд недоразумений, завершившихся казнями Ивана Грозного. Однако и при Грозном боярство составляло строго аристократический класс, наполнявший думу почти исключительно своими членами. Но вследствие гонения Ивана IV и последующего смутного времени княжеское боярство вымерло (Мстиславские, Шуйские, Бельские и др.), частью же обеднело и сошло в низшие слои придворной знати (Хованские, отчасти Голицыны, Ростовские и др.). Вместе с тем стали по личным заслугам и качествам возвышаться и неродовитые люди. В XVII в., таким образом, правящий класс стал более демократическим. И дума Боярская в это время не наполнена только родовитейшими людьми, но состоит, по выражению Ключевского, «из старших членов боярских фамилий и из выслужившихся приказных дельцов». В XVI в. дума была политическим органом притязательного боярства, в XVII в. она стала главным правительственным учреждением, простым советом государя. Этот боярский совет ведал все стороны государственной жизни: вырабатывал законодательные формы, являлся высшей инстанцией судебной и центральным административным учреждением, наконец, ведал все дипломатические сношения. В XVII в. судебная деятельность думы была сосредоточена в особой думской комиссии, которая носила название Расправной палаты и состояла из членов думы. Кроме этой палаты, других постоянных комиссий или департаментов дума не имела, а все дела решала в общих заседаниях. Как ни изменялся сословный состав думы в XVI и XVII вв., ее чиновный состав был неизменен. Члены думы делились на два разряда лиц: более аристократический, или боярство, и более демократический, или думных людей. Боярство делилось на два чина — бояр и окольничьих, думные люди тоже на два — думных дворян и думных дьяков. Эти четыре чина были высшими чинами Московского государства. С таким составом и характером деятельности дума дожила до времени Петра и действовала как главная пружина управления еще в первые годы его царствования.
Думе были подчинены органы центрального управления — приказы. Число их не было постоянным (от 40 до 50), системы в распределении ведомств не соблюдалось, поэтому однородные дела ведались различными приказами, и редкие приказы простирали свою деятельность на все государство. Ведомство каждого приказа создавалось довольно случайно вследствие исторически создавшейся потребности в новом органе. В основании ведомства приказа полагались поэтому разнообразные предметы управления. Одни приказы ведали во всех отношениях известную местность государства (Сибирский приказ, Костромская четь и др.); другие ведали известный разряд лиц (Приказ холопий — холопов, Стрелецкий — стрелецкое войско и т. д.); третьи, наконец, заведовали определенным родом дел (Разбойный — уголовной юстицией, приказ Большой казны — финансами, Разрядный — военными делами, Посольский — дипломатическими сношениями и т. д.). Рядом с крупными приказами (вроде упомянутых) стояли мелкие, вроде Аптекарского — ведавшего придворно-медицинскую часть, Каменного — наблюдавшего за каменными постройками. Наконец, одинаковым устройством с приказами пользовались те дворцовые учреждения, которые носили характер домашних хозяйственных контор государевой семьи (мастерские палаты, панихидный приказ). Вся эта масса разнородных спутанных приказов тяготила уже в XVII в. московское правительство. Оно стремилось упорядочить и упростить свое центральное управление и достигало этого отчасти двумя путями: соединением однородных приказов и подчинением нескольких мелких одному крупному. При этих соединениях отдельные приказы, однако, сохранили свою особую внутреннюю организацию, и соединение имело, таким образом, внешний характер. Организация всех приказов была приблизительно одинакова. Они состояли из присутствия и канцелярии. Присутствие состояло из начальника приказа (часто члена думы) и «товарищей». Они назывались судьями и были подчиненными по отношению к начальнику, поэтому, будучи по форме коллегиальным, приказное присутствие на деле таковым не было: дела решались не большинством присутствующих, а по усмотрению старшего. В мелких приказах не было и коллегиальной формы: дела ведал один начальник, без товарища. Канцелярия состояла из подьячих под начальством дьяков; численность и тех и других зависела от размеров приказной деятельности.