После смерти Федора царя приходилось избирать, потому что не было законом установленного престолонаследия. По действовавшему обычаю отцу наследовал сын, но у Федора не было детей. В давно прошедших веках, случалось, наследовали и брат брату (сыновья Ивана Калиты), но это была уже ветхая, потерявшая обязательную силу старина, на ней трудно было основать права Ивана. Патриарх Иоаким, Языков с прочим боярством и Нарышкины хотели Петра. Десятилетний здоровый Петр и в самом деле своей личностью представлялся более способным занять престол, чем полумертвый и тоже малолетний Иван (ему было 14 лет). Петр был избран в цари. Но обычаем была в Московском государстве узаконена форма царского избрания — посредством Земского собора. Собором избрали Бориса Годунова и Михаила Федоровича, за отсутствие собора упрекали царя В. И. Шуйского его современники. В данном случае, при избрании Петра, к созыву собора не прибегли. Решили дело патриарх с Боярской думой, после того как толпа народа (московское вече, если уместно это архаическое выражение) криком решила, что желает в цари Петра. Такая форма избрания мало давала гарантий для будущего, тем более что время было очень смутное. Милославские не могли помириться с неудачей, их сторонники открыто кричали на площади в пользу Ивана, а не Петра; не все стрельцы с одинаковой охотой присягали Петру; во дворце боялись резких партийных столкновений, бояре носили кольчуги под одеждой.
Тем не менее Петр стал царем. Опека над ним, по московскому обычаю, принадлежала его матери. Царица Наталья Кирилловна стала центром правительства. Но подле нее не было искренно преданных помощников и руководителей: Матвеев еще не вернулся в Москву из ссылки, братья царицы не отличались необходимыми для правления способностями и опытом. Таким образом, новое правительство было слабо. Этим и воспользовалась сторона Милославских, среди которых было много выдающихся лиц.
Главным представителем этой партии была царевна Софья, ученица Симеона Полоцкого, личность безусловно умная и энергичная, которой душно было в тесной полумонашеской обстановке, окружавшей московских царевен; образование расширило ее умственный кругозор, выработало в ней широкие запросы жизни, а отсутствие стесняющего внешнего авторитета родительской власти позволило Софье искать ответы на эти вопросы вне терема. Она тесной сердечной связью сблизилась с замечательнейшей личностью того времени, князем В. В. Голицыным, и вмешивалась в общественную жизнь. Кровными узами привязанная к дворцовой партии Милославских, Софья прониклась ее интересами. Как сильная и страстная натура, она лучше и сильнее всех чувствовала эти интересы и стала руководительницей этой партии. Противники (т. е. Нарышкины, и более всех Наталья Кирилловна) были ей ненавистны, как обидчики ее и ее родных. В то же время очень развитое честолюбие Софьи показывало ей возможность в случае воцарения Ивана стать во главе государства опекуншей неспособного брата, заменить ему мать, управлять государством. С воцарением Петра место это было занято Натальей Кирилловной, которая видела, конечно, в Софье свою соперницу; отсюда взаимная ненависть мачехи и падчерицы. Кроме Софьи у Милославских был другой способный человек, И. М. Милославский, падкий на интригу, изворотливый и лишенный твердых нравственных понятий. За Иваном Милославским стоял родовитый князь И. А. Хованский, который не столько дружил с Милославскими, сколько не любил их противников. Но Хованский и Голицын не были деятельными участниками той политической интриги, которая была ведена в мае 1682 г. преимущественно Софьей и Милославскими против Нарышкиных.
В последние дни царя Федора и в первые дни царствования Петра московские стрельцы пришли в некоторое движение. Стрелецкое войско было сформировано в полки, носившие название по фамилиям полковников. Жило оно отдельно от прочего населения Москвы, в особых «стрелецких слободах» в разных частях города. И сами стрельцы, и их семьи помимо службы занимались промыслами и мелкой торговлей. Поэтому стрельцы, имея военную организацию, в то же время не были замкнуто живущим военным сословием, а сохраняли живые связи с остальным московским населением. В начале 1682 г. главным начальником стрелецкого войска был князь Юрий Алексеевич Долгорукий, «развалина от старости и паралича», как характеризует его С. М. Соловьев. Он не мог поддержать должной дисциплины. Полковники стрелецкие начали притеснять стрельцов, стрельцы на злоупотребления властью отвечали нарушением порядка. В грубой форме заявляют они протест против притеснений, подавая с ругательствами челобитья на начальников и употребляя силу для освобождения наказанных товарищей. Это движение началось еще при Федоре, а при новом правительстве выразилось довольно резко: сразу от 16 полков подана была во дворец челобитная на полковников с угрозой, если не накажут полковников, расправиться с ними самосудом. Правительство Натальи Кирилловны сделало промах: вместо спокойного расследования дела оно с испуга уступило стрельцам и, уволив полковников, взыскало с них все денежные к ним претензии стрельцов. Уступка разнуздала стрельцов окончательно, дисциплины не стало, самосудом расправлялись они со всеми неприятными им начальниками. Полный беспорядок царил в слободах. С переменой правительства стрельцы почувствовали, что они — сила, которой боятся даже во дворце.