Сигизмунд III успел поссориться и с запорожскими казаками. На сейме 1590 г. король потребовал ограничить число казаков шестью тысячами человек, подчинить их коронному гетману, воспретить продажу простонародью пороха, свинца и оружия в Киевской земле и т. д.
Ответом стало первое большое казацкое восстание. Его возглавил православный шляхтич Кристоф Косинский. 19 декабря 1591 г. казаки взяли Белоцерковский замок. Вслед за Белой Церковью восставшие заняли Триполье, а немного позднее — Переяслав (на левом берегу Днепра). В июне 1592 г. казаки осадили Киев, но взять его не смогли.
23 января 1593 г. под местечком Пятка вблизи города Чуднова казаки Косинского встретились с польским войском под началом Константина Острожского. Сражение длилось целую неделю и закончилось подписанием мирного соглашения.
Но вскоре боевые действия возобновились. Сейм 1593 г. постановил «считать казаков врагами отечества». В конце лета того же года на мирных переговорах в городе Черкассы Косинский был предательски убит слугой князя Александра Вишневецкого. Тем не менее при заключении мира панам пришлось пойти на уступки казакам.
Но гибель Косинского стала не концом, а началом казацких войн. 5 октября 1594 г. казаки Северина Наливайко вместе с брацлавскими мещанами напали на шляхту, съехавшуюся в Брацлав, и перебили её. История Северина Наливайко сходна с историей Богдана Хмельницкого. Его отец имел хутор в Гусятине недалеко от города Острога. Поляк пан Калиновский решил купить землю у старого Наливайко. Получив отказ, поляк до смерти забил старика. Его сын стал казацким артиллеристом (пушкарём), а затем и атаманом. Надо ли говорить, что Северин помнил отца, и пан Калиновский стал одной из первых жертв восстания.
В ноябре 1594 г. повстанцы взяли города Бар и Винницу. На Волыни повстанческое войско весной 1595 г. разделилось на две части. Одна во главе с Наливайко двинулась на запад, на Луцк, а потом повернула на северо-восток, на Могилёв, а другая часть во главе со старшиной Григорием Лободой пошла на юго-восток в направлении Черкасс.
Летом 1595 г. повстанцы Наливайко контролировали всю Малую Русь, за исключением Минска, где засел гетман Криштоф Радзивилл.
Отряд Лободы действовал довольно вяло. Лобода весной 1595 г. вступил в переговоры с поляками и фактически бездействовал.
Вскоре Радзивилл получил подкрепление и сумел выбить Наливайко из Могилёва. Казаки в полном порядке совершили обратный марш через Рогачев и Туров на Волынь.
В марте 1596 г. отряды Наливайко и Лободы соединились. Вскоре Лобода был отстранён от командования, и его место занял Матвей Шаула. 23 марта гетман Станислав Жолкевский атаковал повстанцев у урочища Красный Камень. Обе стороны понесли тяжёлые потери, Шауле ядром оторвало руку, был ранен и сам Наливайко. Ночью повстанцы отошли к Триполью, а затем к Киеву. Жолкевский из-за больших потерь не решился преследовать их, а отошёл к Белой Церкви. Там гетман написал письмо к сейму, в котором срочно просил помощи, утверждая, что вся земля «оказачилась».
В мае 1596 г. Жолкевский, получив подкрепление, осадил лагерь повстанцев в урочище Солоница, недалеко от Лубен. Казаки с трёх сторон укрепили лагерь возами, поставленными в четыре-пять рядов, обнесли его рвом и высоким валом. С четвёртой стороны к лагерю прилегало непроходимое болото. В нескольких местах лагеря были построены срубы, заполненные землёй, на них казаки поставили около 30 пушек.
Жолкевский, имевший 5 тысяч одних только жолнеров, не считая шляхетских отрядов и магнатских команд, не решился на штурм. Он понимал, что имеет дело с людьми, по его же словам, отважными, принявшими «в своём положении» решение сражаться насмерть. И вместо штурма поляки подкупили нескольких предателей, которые в ночь на 24 мая схватили Наливайку и Шаулу и выдали полякам. Они же и пропустили поляков в лагерь. Началась страшная резня, паны и жолнеры убивали всех, кто попадался под руку. Очевидец И. Бельский писал, что «на протяжении мили или больше труп лежал на трупе, ибо всего в лагере с чернью и с жёнами их было до десяти тысяч».
Наливайко был привезён в Варшаву, где после долгих недель пыток его казнили 11 апреля 1597 г.
Так закончился XVI век. Польша и Литва вступили при Сигизмунде III в новую эпоху. Сигизмунд ухитрился насмерть поссориться со шведами, а через несколько лет он на много столетий, если не навсегда, поссорит поляков с Россией.
Внутри страны король объявил войну православной церкви и казакам. Если раньше между русскими, литовцами и ляхами шли споры за различные привилегии, то теперь вопрос стоял по-другому — быть или не быть православной вере, русскому языку и вообще русским людям. У них оставалось три выхода: погибнуть, ополячиться или сломить шею Речи Посполитой.