На следующий день Романовы сумели договориться с Голицыным, Куракиным и Мстиславским и решили собрать 19 мая народ на Красной площади, чтобы выбрать патриарха, а затем провести Земской собор под его руководством. Нетрудно предположить, что патриархом должен был стать Филарет.
Рано утром на Красной площади собралась огромная толпа. Бояре — конкуренты Шуйского — вышли на площадь и предложили избрать патриарха, который должен был стоять во главе временного правления и разослать грамоты для созыва советных людей из городов. Но сторонникам Шуйского удалось перекричать конкурентов. Специально подобранные добрые молодцы горланили, что царь сейчас нужнее патриарха.
Толпа, ведомая сторонниками Шуйских, вошла в Кремль. Откуда-то появился и сам князь Василий. Шуйского ввели в Успенский собор, где митрополит Пафнутий нарёк его на царство. Он отслужил молебен, и князь Василий Иванович стал считаться царём. Злые боярские языки говорили, что Василий Шуйский был не избран, а выкликнут царём.
Итак, царя выбрали без патриарха, но долго ни церковь, ни вся страна не могли обойтись без него. Тем более что в монастыре в Старице томился годуновский патриарх Иов, а в Чудовом монастыре — отрепьевский патриарх Игнатий. Ни тот ни другой ни Шуйским, ни Романовым, ни остальным боярам даром не был нужен. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчилось большинство бояр и высшее духовенство. Голицын, Куракин, Мстиславский и другие бояре горой стояли за митрополита Филарета, в котором видели противовес Шуйским. Их нимало не смущало, что Филарет год назад был простым монахом и никогда не интересовался делами церкви.
Неожиданно царь Василий уступил оппонентам и объявил Филарета патриархом, о чём даже было сообщено польским послам. Но первоначально он должен был съездить в Углич, чтобы обрести «нетленные мощи» царевича Димитрия, которого Шуйский предложил канонизировать. Противники Шуйского объявили его уступку трусостью. На самом деле царь Василий, видимо, не без подачи Пафнутия, задумал хитрый ход. Канонизировав погибшего в Угличе царевича Димитрия и перевезя его мощи в Москву, он достигал сразу нескольких целей: компрометировал династию Годуновых и таким образом снимал с себя обвинения в предательстве царя Бориса; прекращал все слухи о чудесном спасении царевича и, главное, удалял из Москвы опасных ему людей — Филарета, Ивана Михайловича Воротынского, Петра Фёдоровича Шереметева и других.
Филарет уже организовал заговор против Шуйского и хотел иметь алиби на случай провала. Итак, желания царя Василия и Филарета совпадали. Сборы были недолгие, и Филарет с большой помпой отправился в Углич.
Филарет выполнил задачу блестяще. 28 мая 1606 г. при большом стечении народа был вырыт из земли гроб, сняли крышку, и все увидели пятнадцать лет назад похороненного царевича, «яко жива лежащаго всего нетленна, точию некую часть тела своего, яко некий долг отдаде земли». Замечу, что в XX в. на московских кладбищах через 20 лет после погребения в могиле разрешали делать новое захоронение.
Народ, увидев царевича, в единодушном восторге стал славить нетленные мощи, как явное знамение святости Димитрия. Затем последовали новые чудеса: больные, с верой и любовью касаясь мощей, исцелялись. Затем духовенство и бояре под колокольный звон всех церквей Углича вынесли святые мощи из Спасо-Преображенского собора. Процессия направилась прямо по Московской дороге, пролегавшей в то время близ Николосухпродской церкви. Но, не пройдя и ста метров, процессия остановилась, по углическому преданию, вследствие чудесного события: святые мощи нельзя было никакой силой сдвинуть с места.
Надо ли говорить, что чудеса сами по себе не происходят, просто Филарету была какая-то надобность заехать в Ростов. Полупатриарх, полумитрополит ростовский заявил, что мощи желают добраться до Москвы не Московской, а большой Ростовской дорогой. В результате процессия сделала большой крюк через Ростов и Переяславль-Залесский.
3 июня царь Василий и мать царевича инокиня Марфа встретили мощи Димитрия в селе Тайнинском под Москвой. Василий Иванович был несказанно счастлив. Он даже взял в руки фоб и лично пронёс его несколько десятков метров. Напротив, инокиня Марфа остолбенела и не могла произнести ни слова до самой Москвы — в гробу она увидела свежий труп чужого ребёнка.