В 1606–1607 гг. часть шляхты во главе с паном Зебржидовским объявила войну (рокош) против короля, что почти на три года задержало вмешательство Сигизмунда в русские дела.
Договор царя Василия со шведами дал Сигизмунду формальный casus belli[34]. Король начал войну, стараясь сделать её своей личной войной. «Польско-литовская интервенция» существовала только в головах советских историков. На самом деле войска польско-литовской шляхты воевали в России уже с 1604 г., а в сентябре 1609 г. началась королевская война.
Радные паны в целом были за войну с Россией, но Сигизмунд не захотел обращаться к сейму за помощью. Польская конституция позволяла королю самостоятельно вести войну, если для этого не требуется вводить в Речи Посполитой дополнительных налогов.
Сигизмунд решил вести войну за счёт королевской казны и субсидий римского папы. Римский папа Павел V благословил Сигизмунда III на поход в Московию и прислал… шпагу, освящённую в праздник Рождества Христова. Сигизмунд шлёт новых и новых послов к папе, требуя денег. В 1611 г. Павел V посылает ему… свои молитвы. И лишь в 1613 г. Сигизмунду удаётся буквально выбить из папы сорок тысяч талеров.
Нехватка средств была одним из важных факторов неудач королевской войны в 1610–1612 гг.
19 сентября 1609 г. коронное войско Льва Сапеги подошло к Смоленску. Через несколько дней туда прибыл и сам король. Всего под Смоленском собралось регулярных польских войск: 5 тысяч пехоты и 12 тысяч конницы. Кроме того, было около 10 тысяч малороссийских казаков и неопределённое число литовских татар.
Перейдя границу, Сигизмунд отправил в Москву складную грамоту, а в Смоленск — универсал, в котором говорилось, что Сигизмунд идёт навести порядок в Русском государстве по просьбе «многих из больших, маленьких и средних людей Московского государства», и что он, Сигизмунд, больше всех радеет о сохранении «православной русской веры». Разумеется, королю не поверили ни в Смоленске, ни в Москве.
Смоленская крепость была построена в 1597–1602 гг. городовым мастером Фёдором Конём. Она являлась одной из сильнейших крепостей в России. Стены крепости достигали высоты 14 м и ширины до 2, 3 м, а длина стены превышала 5 километров. Крепость имела 38 башен. Крепостная артиллерия, насчитывавшая около 300 орудий, была в три яруса размещена в крепостных башнях. Гарнизон Смоленска не превышал 5 тысяч человек. Смоленский воевода Иван Михайлович Шеин был смелым и решительным человеком и отлично знал дело.
Осада с самого начала пошла неудачно. Шесть смоленских смельчаков на лодке среди бела дня переплыли Днепр и пробрались к королевскому лагерю, схватили королевское знамя и благополучно уплыли с ним к крепости.
12 октября 1609 г. король приказал войскам идти на приступ. Полякам удалось взорвать мину у крепостных ворот и разрушить их. В пролом ворвались польские воины. Но уйти обратно удалось лишь немногим. Штурм был отбит с большими потерями. Польское командование поняло, что крепость можно взять только правильной осадой. Но Сигизмунд рассчитывал на лёгкую наживу и даже не взял в поход тяжёлую артиллерию. Теперь пришлось посылать за осадной артиллерией в Ригу. С учётом состояния дорог, времени года и большого веса орудий осадная артиллерия была доставлена под Смоленск лишь летом 1610 г.
Отъезд Марины Мнишек из Тушино послужил сигналом для повального бегства русских тушинцев, которые бежали кто куда, частью в Калугу, а остальные рассеялись по стране мелкими шайками. Последними в первых числах марта 1610 г. ушли поляки Рожинского, спалив за собой «воровскую столицу». Часть именитых русских тушинцев отправилась каяться к Шуйскому, а другие во главе с патриархом Филаретом в обозе Рожинского поехали под Смоленск к Сигизмунду. Поляки Рожинского ехали к королю, так как им некуда было больше деваться.
Из-за весенней распутицы Рожинский на несколько недель остановился в Волоколамске, поселившись в Иосифовом монастыре. Там во время драки с панами он упал на каменные ступени, сильно ударившись простреленным ещё под Москвой боком. Падение оказалось роковым, и гетман умер 4 апреля 1610 г., тридцати пяти лет от роду.