Уже первые распоряжения М. Н. Муравьева ясно показали всем, что в крае явилась крепкая русская власть, которая не боится никаких повстанцев и которая не может терпеть нарушения мира с оружием в руках.
До приезда М. Н. Муравьева много было взято под стражу лиц, принимавших участие в мятежах. «Ими наполнены были», рассказывает граф Муравьев, «все тюрьмы, но, к сожалению, по большей части их дела не были окончены, даже начаты. О тех же личностях, кои были приговорены военными судами, не было постановлено конфирмации, ибо опасались строгостью раздражить мятежников. Желая, напротив того, показать полякам, что правительство наше их не страшится, я», продолжает далее граф, «немедленно занялся рассмотрением приговоров о более важных преступниках, конфирмовал их и немедленно приказал исполнить приговоры в Вильне на торговой площади, в самый полдень и с оглашением по всему городу с барабанным боем»{56}. Прежде всего казнены были два ксендза, потом несколько видных предводителей банд, как, например, Сераковский, бывший офицер генерального штаба. Подвергались казням и дезертировавшие в леса русские офицеры, жандармы, вешатели и вообще все участники в политических убийствах. «Поляки не верили, что я решусь на это», говорит Муравьев, «но когда увидели исполнение сего на деле, а не на словах, всех их обуял страх»{57}. Действительно (с. 27), многие из руководителей восстания под влиянием страха или бежали, или отказались от своей преступной деятельности.
В первые же дни пребывания М. Н. Муравьева в Вильне приняты были вполне целесообразные меры для очищения края от повстанских шаек. На первом плане, конечно, стояли военные меры. М. Н. Муравьев позаботился о более правильном распределении войск на огромном пространстве ввереннаго ему края, снабдил военных начальников обстоятельными инструкциями и потребовал от них самых быстрых и решительных действий. Так, в одном приказе Муравьев предписывает военным начальникам губерний, «чтобы войска не оставались безвыходно в городах или других пунктах уездов, но беспрестанно производили движения по их району, ограждая жителей от насилий, производимых мятежниками, и водворяя везде спокойствие»{58}; в другом внушает начальникам отрядов, «что они должны решительно действовать для разбития шаек и преследовать их по пятам, неотступно и настойчиво, до совершенного рассеяния и уничтожения»{59}; в третьем приказывает сформировать «мелкие летучие отряды» и т.д. Особенно Муравьев настаивал на быстроте действий. Решительными своими действиями М. Н. Муравьев много ободрил войска, и не только офицеры, но и солдаты с особенным рвением стали разыскивать и преследовать вооруженныя скопища повстанцев. Особенно отличались гвардейцы. «Я в них нашел», говорил Муравьев, «самых деятельных и благоразумных сотрудников. Они с радушием принимали все возложенные на них обязанности как военные, так и гражданские и исполняли их отлично». Но одних военных мер было недостаточно для полного умиротворения края. И до приезда Михаила Николаевича Муравьева в Вильно войска не бездействовали и разбивали повстанцев, но эти поражения не уничтожали мятежа, так как мятеж беспрепятственно находил себе поддержку среди помещиков и ксендзов, и вследствие этого вместо одной разбитой шайки легко формировалась другая. Для усмирения края нужно было достигнуть того, чтобы присутствие в крае сильной русской власти чувствовалось в каждой деревне, каждой околице, чтобы население, верное Государю, всегда могло найти себе защиту от повстанцев, чтобы злоумышленники чувствовали, что за ними зорка следит власть (с. 28). Этой цели М. Н. Муравьев и достиг посредством учреждения строгого военно-полицейского управления. Во главе каждого уезда поставлен был «военный уездный начальник», известный своею деятельностью и распорядительностью. Военным уездным начальникам подчинялись все войска, в их уездах находящиеся и все гражданские власти: исправники, становые пристава, городничие и все вообще чины полиции. Спустя три месяца, уезды разделены были еще на особые участки, во главе которых постановлены «военные становые начальники», а еще через три месяца, т.е. в конце ноября 1863 года, учреждены «уездные жандармские команды». Вместе с тем введены были во многих уездах «военно-следственные комиссии», независимо от таковых во всех губернских городах.
Военно-полицейское управление устроено было на основании «инструкции от 24 мая», данной военным уездным начальникам. Этой инструкцией и тремя к ней дополнениями принят был для умиротворения края целый ряд мер, из которых наиболее важны следующие: 1) Повсюду сформированы были из крестьян сельские караулы; они располагались в селениях, в корчмах, на дорогах и обязаны были наблюдать за всеми проходящими и проезжающими и не давать никому пропуска без вида и билета, а также оказывать содействие войскам в преследовании вооруженных банд. 2) Воспрещалось всем местным жителям, кроме крестьян, отлучаться из места жительства на расстоянии более 30 верст без особых видов. 3) Заведены были по уездам обывательские книги, в которые вносились все помещики, ксендзы, шляхта и вообще все служащие в дворовых управлениях, а также арендаторы имений и ферм; такие же книги заведены были и по городам для городских жителей. 4) Отнято было оружие у всех помещиков, у шляхты, однодворцев, ксендзов и городских жителей, исключая из поименованных выше званий и сословий русских и тех лиц, за благонадежность которых ручалось местное начальство. 5) Воспрещены всякие противоправительственные манифестации и, между прочим, ношение траура и разных революционных знаков (металлические пряжки с соединенным гербом Польши и Литвы, переломленный крест в терновом венке и пр.). 6) Вменено было всем начальникам учебных заведений неупустительно следить за порученными их надзору воспитанниками и о каждом случае своеволия доносить немедленно в губернских городах начальникам губерний, а в уездных и других — местным военным начальникам для принятия надлежащих мер (с. 29) к обузданию виновных. 7) Установлен был строгий надзор за типографиями, литографиями, фотографическими заведениями, за резчиками печатей, за лесной стражей, за евреями, выезжающими за границу, так как «они принимали на себя передачу разных поручений от здешних к заграничным революционерам» и т. д.