Наблюдая за исполнением этих требований всеми обывателями данной местности, чины военно-полицейского управления в особенности должны были смотреть за шляхтою и ксендзами, которые больше всего поддерживали мятеж. Они должны были зорко смотреть, чтобы помещики отнюдь не формировали банд, не оказывали бандам помощи и содействия доставлением им съестных припасов, сообщением сведений о движении войск и т. п. За каждое нарушение полицейских правил помещики не только подвергались штрафам, но во многих случаях и уголовной ответственности. Независимо от этого Муравьев признал вполне справедливым возложить на помещиков-поляков возмещение всех убытков, причиненных восстанием казне и сельским обществам, поэтому он обязал их давать в казну десять процентов с получаемого ими дохода от удобных земель и один процент с капитальной стоимости принадлежащих им в городах домов, снабжать войска продовольствием и подводами, пополнять разграбленные сельские магазины и крестьянские мирские капиталы, а в случае личнаго участия помещиков-поляков в восстании, имения их подвергать секвестру, или временному отнятию в казну, и конфискации, или полному обращению в казенную собственность.
Римско-католическое духовенство в глазах М. Н. Муравьева было первым элементом мятежа. Поэтому вскоре по приезде в Вильну он счел нужным написать римско-католическому епископу следующее: «Из дел, представленных ко мне следственными комиссиями, я усматриваю, что по донесениям начальников отрядов, а также по показаниям пленных, самое живое и деятельное участие в возбуждении народа к мятежу принимает здешнее католическое духовенство, объявляя в костелах революционные манифесты, приводя к присяге вербуемых мятежниками сообщников, присоединяясь к шайкам, в которых не раз встречались они с нашими войсками при перестрелках, и, наконец, предводительствуя некоторыми из шаек»{60} (с. 30).
Такое деятельное участие в восстании римско-католическаго духовенства заставило решительного начальника края прибегнуть к самым строгим мерам и подвергнуть, по приговору военного суда, смертной казни двух ксендзов. Но Муравьев «желал искренно», как он сам выражается, «иметь возможность не прибегать к подобным мерам», поэтому просил епископа Красинскаго употребить свое архипастырское содействие к внушению подведомственному ему духовенству, «чтобы оно, помня призвание свое, возложенное на него духовным саном, и святость верноподданнической присяге, оставило свои преступные действия, и чтобы служители алтаря, которые обязаны, не страшась угроз, ни самой смерти, пребывать верными своему долгу, старались проповедью и примером своим, вместо возбуждения народа к преступным действиям, вразумлять тех, которые, забыв долг чести, совести и присягу, увлечены в мятеж или сделались его руководителями»{61}. Но епископ Красинский, «отличавшийся», по словам одного современника, «особенным нерасположением к правительству и полным сочувствием к мятежу»{62}, сказался больным и уклонился от всякаго ответа. Тогда Муравьев выслал его в Вятку и издал целый ряд распоряжений, которыми все действия римско-католического духовенства подчинил строжайшему контролю правительства. Так, для приема в римско-католическую семинарию каждого нового воспитанника требовалось разрешение не только губернатора, но и генерал-губернатора{63}; наблюдение за учением и вообще за порядком в семинарии поручалось двум прелатам местного капитула, которые прежде выпуска предназначенных к рукоположению клириков, должны были сообщать губернатору подробные сведения о их благонадежности{64}; назначения ксендзов на должность деканов, настоятелей приходов, викариев и капелланов не могли состояться без предварительного согласия губернатора{65}; разъезды духовенства вне пределов приходов и деканатов допускались только в случае признанной необходимости по официальным ходатайствам и по билетам уездных исправников на срок не более семи дней{66}; проповеди разрешалось произносить (с. 31) только те, которые будут напечатаны с одобрения духовного начальства, а в случае желания кого-либо из ксендзов говорить проповедь своего сочинения, дозволялось это не иначе, как по предварительном рассмотрении этого сочинения особыми цензорами, назначенными, с разрешения генерал-губернатора, из членов капитула консистории и деканов{67}. Последнее распоряжение вскоре, однако, было отменено. Оказалось, что ксендзы во многих местах произносили проповеди двусмысленного содержания, поэтому для предупреждения подобных злоупотреблений предложено было ксендзам читать проповеди только по книгам Бялобржецкого и Филипецкого, изданным в Вильне в 1838 году и одобренным епископом Клонгевичем{68}. Наконец, для ослабления влияния римско-католического духовенства на население края, упразднены были благотворительные общества (трезвости, винцентинок и др.), которыя под видом благотворительности и улучшения народной нравственности имели целью содействовать восстанию, а также закрыто было до 30 католических монастырей и значительное число филий (приписных костелов) и каплиц.