В ряду учебных заведений обращали на себя особенное внимание М. Н. Муравьева низшие училища, стоящие в ближайших отношениях к народу. Города Северо-Западнаго края всегда служили центрами, из которых распространялась по уездам польская пропаганда. Поэтому распространение в городах русской грамотности и образования в русском духе было делом первой необходимости и, по мысли М. Н. Муравьева, приходские училища в городах в 1864 г. были преобразованы, при чем в губерниях Виленской, Гродненской и Минской значительно увеличены штаты училищ и оклады содержания наставников, и на эти должности определены нарочно вызванные из внутренних губерний воспитанники православных семинарий.
В Вильне вместо бывших трех приходских училищ с весьма малым числом учеников (52 в конце 1863 г.) открыто шесть приходских училищ, на ежегодное содержание которых к прежде отпускавшимся 4059 руб. добавлено 6411 руб. На подобныя же училища в губернских городах Минске, Гродне и Ковне и в уездных городах и местечках Виленской, Минской и Гродненской губерний добавлено на годовое содержание 15 516 руб. В 1864 г. добавочные суммы на содержание училищ отпущены из денег, имевшихся в распоряжении М. Н. Муравьева; обязанность содержать эти училища возложена на городское управление.
Количество народных школ увеличивалось очень быстро. К 1 января 1863 г. их считалось 101; к 1 января 1865 г. в ведении Управления округа в губерниях Виленской, Гродненской и Минской было 329 народных с 14 384 учащихся. Чтобы облегчить крестьянам устройство помещений для этих училищ, М. Н. Муравьев по соглашению с министром Государственных Имуществ разрешил 16 октября 1863 г. даровой отпуск строевого леса из казенных дач по 360 корней и 62 жерди на каждое училище. Чтобы облегчить крестьянам тяжесть расходов по устройству училищ, заботливый генерал-губернатор 2 декабря 1863 г. отпустил в распоряжение попечителя округа 25 000 руб. В 1864 г. М. Н. Муравьев разослал более миллиона крестиков для безвозмездной раздачи (с. 54) православным крестьянам и более 70 000 икон и картин священного содержания для раздачи народу и учащимся. А чтобы упрочить положение училищ в денежном отношении без обременения крестьян и на будущее время, он в конце 1864 г. предложил начальникам губерний распорядиться, чтобы мировые посредники, каждый в своем участке, внушали крестьянам-собственникам постановлять приговоры об ежегодном взносе на содержание училищ по 1-2 коп. с каждой десятины удобной земли.
Для новых училищ нужны были добросовестные, благонадежные в русском смысле наставники. Таких наставников новых школ дал в возможном числе приснопамятный митрополит Иосиф в лице членов церковных причтов, а остальные места заняли приглашенные из внутренней России воспитанники духовных семинарий. А чтобы училища на будущее время не чувствовали недостатка в хорошо подготовленных учителях, 3 ноября 1864 г. открыта в м. Молодечне учительская семинария.
Всячески содействуя умножению народных училищ, М. Н. Муравьев с особенной энергией добивался того, чтобы народ получал образование непременно в русском духе. В этом отношении особенно замечателен его циркуляр 1 января 1864 г. Он поручает начальникам шести губерний края «предписать немедленно всем уездным начальникам, а также уездным и городским полициям и в особенности мировым посредникам зорко наблюдать, дабы, кроме православного духовенства, никто не занимался обучением крестьян без предварительного получения на то дозволения от училищного начальства; равным образом, чтобы ни под каким видом и ни в каких сельских училищах не был преподаваем польский язык, а в тех местностях, где находятся православные крестьяне, отнюдь они не были бы обучаемы польскому катехизису. Всем поименованным выше властям поставить в непременную обязанность, чтобы они не допускали распространения между сельским населением польских букварей и иных учебных книг на польском языке, издаваемых большею частию в духе и с цслию возбудить народ против правительства, и если окажется, что помещик, его уполномоченный, или его дворовое управление снабжают крестьян польскими учебниками и распространяют между православными польские катехизисы, то таковых помещиков облагать штрафом от 200 до 600 руб., смотря по величине имения; учителей же подвергать штрафу (с. 55) в 100 руб. и затем брать их под арест для дальнейших распоряжений. Равным образом, если окажется, что католические ксендзы будут заниматься распространением польской грамотности между крестьянами, то таких ксендзов облагать удвоенным штрафом против установленного для учителей, а с тех ксендзов, которые будут обучать православных крестьян польскому катехизису, взыскивать штраф в 300 руб. и, подвергая их аресту, доносить мне о них для дальнейшего распоряжения».