В 1293 году на карельской земле шведы построили могучую крепость – Выборг. Весной 1295 года при впадении реки Вуоксы в Ладожское озеро шведами была построена еще одна крепость – Кексгольм. Новгородцы взяли крепость и разрушили ее. В 1300 году большой шведский флот вошел в Неву и шведы высадились в устье Охты. На мысе была выстроена большая восьмибашенная каменная крепость. Крепость, названная построившим ее зодчим – итальянцем, присланным римским папой, неприступной, получила название Ландскрона. Через год новгородцы в кровопролитных боях взяли «неприступную Ландскрону», разрушив ее до основания и оставив за собой устье Невы, как выход в Балтийское море. В 1310 году новгородское войско совершило большой поход вглубь западной Финляндии.
В 1322 году московский князь Юрий Данилович, старший брат будущего Ивана Калиты, попытался взять Выборг, но неудачно. На следующий на месте, где река Нева вытекает из Ладоги, русские построили крепость Орешек. По Ореховскому русско-шведскому договору 1323 года граница шла по реке Сестре и сворачивала на север, оставляя в руках русских Корелу, всю восточную часть Карельского перешейка и все побережье Ладожского озера. Карелия все-же была разделена между Древнерусским государством и Швецией.
В 1348 году шведский король Магнус Эриксон нарушил Ореховский договор и вторгся в русские земли. Шведские корабли вошли в Неву и взяли Орешек. Водская пятина была разграблена. Подошедшие новгородские дружины уничтожали грабителей, новгородские ладьи Волховом вышли в Ладожское озеро и напали на шведский флот, стоявший у устья Невы. Орешек был освобожден. До 1555 года Швеция больше не предпринимала попыток завоевания Балтийского побережья.
В 1478 году Великий Новгород со всеми окраинами, включая Водскую пятину, окончательно вошел в состав Московского княжества Ивана III Грозного. С этого времени Ладожское озеро и Нева служили главным путем, по которому Россия вела заграничную торговлю – с Турку, Колыванью – Таллином, Данией, Швецией, Ригой, Ганзой, Готландом. В 1492 году против Нарвы была выстроена русская крепость Иван-город. В Финском заливе действовала русская морская стража.
В 1397 году благодаря активности датской королевы Маргариты в городе Кальмаре был заключен союз Дании, Норвегии и Швеции. Общим датско-шведско-норвежским королем был избран племянник Маргариты Датской Эрих XIII Померанский, правивший до 1439 года, Внутреннее устройство и законы в трех странах оставались своими, государства проводили общую внешнюю и военную политику.
Уния Маргариты действовала до середины XV века. В 1450 году была провозглашена вечная датско-норвежская уния. Шведский король Карл Кнутссон в 1452 году начал эпоху датско-шведских войн за господство на Балтике, продолжавшуюся почти триста лет. Войны шли с переменным успехом. В 1519 году датское войско разгромило шведскую армию и устроило «кровавую Стокгольмскую баню», казнив многих сторонников шведской правящей династии Стуре. Восстание против датчан поднял дворянин Густав Ваза, профинансированный купцами ганзейского Любека. В 1523 году шведский ригстаг избрал королем Густава I Вазу, что признал датско-норвежский король Фредрик I.
Открытие морских путей в Индию и Южную и Северную Америку сделали Балтийское море «перекрестком», связавшим Запад и Восток кратчайшим торговым путем. Началась многолетняя торговая борьба за Балтику, в которой участвовали коалиции многих государств.
В 1555 году шведы осадили Орешек, но были отброшены. Начавшаяся в 1558 году война Московского царства с Ливонским орденом за Балтику, привела Россию к столкновению с Польшей, Данией и Швецией.
Войска Ивана IV разгромили владевший Прибалтикой Ливонский орден, но последовавшая за этим война привела к поражению Ивана IV в Ливонской войне и потере Москвой многих западных территорий. Действовавшие в тесном союзе с Речью Посполитой шведы, закончившие в 1570 году Семилетнюю войну с Данией, направили все силы на борьбу с Москвой, к 1582 году захватив все русские крепости в Ижорской земле, оставив России лишь узенькую полоску земли от Стрельны до Лисьего Носа и устья Невы. По Ям-Запольскому перемирью 1582 года Швеция получила Эстляндию, Нарву и почти все юго-восточное побережье Финского залива, включая Ям, Копорье и Иван-город. Русско-шведская война 1590–1593 годов в Ливонии, Финляндии и у Нарвы закончилась Тявзинским мирным договором 1595 года, по которому Москва вернула Карелию и Ингрию, включая Копорье, Корелу, Ям и Иван-город.
Еще в 1592 году Швеция вступила в унию с Речью Посполитой, во главе которой встал Сигизмунд III Польский. В 1604 году уния распалась и шведским королем был избран Карл IX. Воспользовавшись Смутой в Московском царстве шведы предложили царю Василию Шуйскому военную помощь для борьбы с Лжедмитрием II и поляками. Василий Шуйский передал Швеции Карельский уезд. После разгрома войск Василия Шуйского в 1610 году под Клушином, шведы захватили Новгород. Захваты Швеции в смутном Московском царстве были остановлены датчанами и поляками. В 1613 году был подписан датско-шведский мир, в 1614 году – шведско-польское перемирие. С 1610 по 1614 год шведы захватили все побережье Финского залива, взяв Орешек, Копорье, Ям, Иван-город, Гдов, Порхов. Из Новгорода были вывезены все городские архивы – в Стокгольм.