Руководителем аппарата президента в это время был Чубайс. То ли он, то ли кто-то из его окружения на обращении, подписанном наиболее авторитетными учеными страны, наложил такую резолюцию: «Что это за программа? Я о ней ничего не знаю. Не вижу необходимости докладывать Борису Николаевичу». Вот так принимались «судьбоносные» решения в команде Чубайса. А вскоре Чубайс, под видом сокращения аппарата президента, ликвидировал и сам Совет по научно-технической политике, хотя он работал на общественных началах и не имел никакого отношения к аппарату. Вскоре с программы был снят и статус президентской. Так была обрублена и без того тонкая нить связи между президентом РФ и наукой.
Этот факт мало кому известен, но он характеризует личность Чубайса. Приватизация и ваучеризация по Чубайсу вместе с «шоковой» терапией Гайдара создали в значительной мере тот экономический кризис, который переживает Россия по сей день. А здесь он прямо и непосредственно приложил свою руку к ликвидации в аппарате президента направлений, связанных с технологическим развитием. Президент был лишен информации в этой сфере и контактов с учеными страны. Между тем президент США, как и другие руководители развитых и развивающихся стран, ставят эти проблемы на первое место. Информация по вопросам технологического развития и возможных технологических прорывов обладает наивысшим приоритетом и непрерывно докладывается высшим руководителям государства. Только при В. В. Путине был воссоздан, правда, в другом составе и с большим процентом чиновничества, Совет при президенте по научно-технической политике.
Второй удар по программе был подготовлен со стороны Минэкономики. За подписью заместителя министра Свинаренко был представлен список программ, которые предполагали к закрытию. В этом списке была и наша программа. Мотивировалось это тем, что федеральных целевых программ слишком много, а так как наша программа, в первую очередь «благодаря» тому же Минэкономики и Минфину, имела небольшое финансирование, то ее и предполагалось закрыть. Только вмешательство заместителя министра обороны по вооружениям Н. В. Михайлова спасло нашу программу.
Минэкономики регулярно стремилось уничтожить программу. Правда, после очередного обращения научной общественности и депутатов Госдумы министр Шаповальянц дал обещание профинансировать программу в объеме 300 млн рублей в год, но уже при назначении министром Уринсона (также из команды Чубайса) это обещание не было выполнено.
Только после ухода в отставку Б. Н. Ельцина и назначения министром промышленности, науки и технологий А. Н. Дундукова финансирование программы в корне изменилось. Это произошло благодаря назначению первым замом А. Н. Дундукова моего первого зама Бориса Сергеевича Алешина, который был достаточно информирован о наших мытарствах, так как тоже участвовал в создании программы «Национальная технологическая база». Он нашел общий язык с министром финансов Кудриным и премьер-министром Касьяновым. Они решили поддержать программу, включив в ряд ее разделов ведомственные федеральные программы, такие, как «Электронная Россия», «Верфи России» и другие.
Нам предложили заново оформить программу и переутвердить ее в правительстве. Эта работа заняла около года, но в конце концов программа была утверждена до 2006 года с необходимым финансированием порядка миллиарда рублей в год. Очень большую работу по формированию новой программы проделали мой заместитель А. М. Жеребин и начальник лаборатории Б.Н. Топоров. Руководителем Экспертного Совета был назначен Нобелевский лауреат академик Жорес Иванович Алферов, я стал его заместителем. Теперь мы наконец могли ставить более масштабную задачу - создание пилотных технологических линий.
Правда, при смене руководителя Минпромнауки и назначении министром И. И. Клебанова подняли голову чиновники, которые, прикрываясь условиями проведения конкурса по тому или иному технологическому проекту, очень активно лоббировали свои интересы. Рекомендации экспертного совета не всегда принимались во внимание. Но это обратная сторона медали: крупное финансирование не могли отдать в руки ученых, аппарат крепко держал финансовые вожжи.