Тот факт, что энергичные протоны, вторгающиеся в верхнюю атмосферу и являющиеся причиной протонных (водородных) полярных сияний, часть своего пути двигаются как нейтральные атомы водорода, влияет на расположение тех областей, где видны протонные сияния. Свободные от влияния магнитного поля Земли ядра водорода, имея относительно большие скорости протонов, способны проникнуть в те области, куда протоны, нанизанные на силовые линии, не могли бы проникнуть. Это значит, что мы не вправе соединять области свечения вдоль геомагнитных силовых линий с областями магнитосферы, откуда должны поступать заряженные частицы, вызывающие сияния. Это можно делать в случае электронных сияний, так как электроны движутся все время вдоль силовых линий. Протоны же благодаря своему периодическому превращению в атомы водорода на время освобождаются от влияния магнитного поля Земли. Вследствие этого области, где наблюдаются протонные полярные сияния, очень протяженны.
В дополуночное время обычно интенсивные водородные эмиссии наблюдаются в более низких широтах, чем электронные полярные сияния. Области водородной эмиссии не отображают мест первоначального вторжения протонов: они создаются разлетающимися во все стороны нейтральными атомами водорода после первой же перезарядки вторгающихся протонов.
Эмиссия водорода более интенсивна в низкоширотной области, чем в высокоширотной. Этот факт можно объяснить тем, что большинство протонов движутся под большими углами к геомагнитным силовым линиям, т. е. под большими питч-углами. В этом случае из-за наклона геомагнитной силовой линии относительно вертикали наибольшее число атомов водорода поглотятся в низкоширотной области. Атомы же водорода, разлетающиеся в сторону высоких широт, будут убегать из атмосферы в околоземное пространство.
Водородная эмиссия не появляется в областях наиболее интенсивных электронных полярных сияний с подвижными лучистыми образованиями. Как правило, интенсивная водородная эмиссия отмечается в зоне полярных сияний во время спокойных геомагнитных условий. Нет оснований считать, что она является предшественницей геомагнитных бурь и суббурь. Однако в области более низких широт водородная эмиссия наблюдается только во время магнитных бурь, хотя ее интенсивность и не бывает там столь большой, как в зоне полярных сияний.
Самая обычная форма протонных полярных сияний — довольно широкая дуга, вытянутая в направлении с востока на запад. Протонная дуга очень широка в направлении с севера на юг (от 3 до 10° или от 300 до 1000 км). Интенсивные линии водорода часто видны в диффузных пятнах, но отсутствуют в более или менее дискретных формах.
Взаимосвязь между протонными и электронными сияниями весьма сложна. В некоторых случаях сияния представляют собой чисто протонную дугу. В других случаях они, по-видимому, являются результатом совместных протонных и электронных вторжений. Происходит уменьшение интенсивности линии водорода, когда полярное сияние становится активным. По наблюдениям в Антарктиде (70° S геомагнитной широты) излучение линии Нα всегда предшествует излучению полос первой положительной системы в фазе распада.
Мы описывали овал полярных сияний, который был построен по данным об электронных сияниях. Делались попытки получить такой же овал по данным о протонных полярных сияниях. При этом выяснилось, что появление и интенсивность линий водорода связаны с ориентированной на Солнце геомагнитной системой координат. Однако построить такой овал оказалось трудно из-за недостаточности однородного наблюдательного материала. Была получена овальная водородная зона с центром приблизительно в 25° от геомагнитного полюса на дневной стороне, сильно смещенная к полюсу на ночной стороне. Данные измерений на спутниках потоков протонов находятся в приемлемом согласии с этим построением. Вместе с тем они свидетельствуют о двойном пике на дневной стороне, указывающем на то, что две части овала, расположенные на вечерней и утренней сторонах, не пересекаются или что овал расщепляется. Результаты наземных измерений в Антарктиде на ночной стороне также согласуются с этой картиной.
Изучение спектрограммы линий Нα за период 1964—1965 гг. показало, что центр овала протонного сияния находится на несколько градусов ближе к экватору по сравнению с электронным овалом (отдельные сияния) до полуночи, и они пересекаются несколько ближе к полюсу после 1 ч местного геомагнитного времени.