Несмотря на все сцены, где фигурируют неизвестные заговорщики, «Секретные материалы» часто намекают на то, что заговор возникает не за пределами закона, а в повседневной деятельности запутанной государственной бюрократии. Доказательства заговора очень часто приходится искать в самих коридорах власти, и фильм не раз концентрирует внимание на изображении и риторике похожей на лабиринт бюрократии в сценах брифингов, презентаций официальных отчетов, встреч и слушаний комиссий на высшем уровне.
В захватывающий момент между четвертым и пятым сезоном во время напряженного дисциплинарного слушания Скалли заявляет, что заговор, «который должен был заставить агента Малдера и меня прекратить работу», был «спланирован и осуществлен кем-то, кто находится в этой комнате».
Разгадку необъяснимого приходится искать даже в сознании и телах агентов. Добиваясь, чтобы ему разрешили пройти опасную процедуру, которая помогла бы вернуть утраченные воспоминания о похищении сестры, Малдер настаивает на том, что «истина здесь, она записана, и у меня есть к ней доступ».
Заговор, похоже, проник даже в тело агента Скалли, когда она обнаруживает зловещий инопланетный чип в своей шее и чужеродный генетический материал в своей ДНК. Когда недавно переживший разочарование Малдер пытается убедить Скалли в том, что разгадки кроются не в рассказах об инопланетянах, а в секретных правительственных экспериментах, он заявляет, что «твой рак, твое выздоровление, все, что происходит с тобой сейчас, — все это указывает на чип. Какую истину ты ищешь? — риторически спрашивает Малдер. — Эта истина заключена в тебе».
Насколько конспирологическая истина «где-то там», как утверждает фирменный слоган фильма, настолько в то же время ее нужно искать «где-то здесь», внутри властных кругов в Вашингтоне, внутри собственного разума и даже внутри собственного тела.
«Секретные материалы» создают аллегорию того, как сам аппарат государственной власти и бюрократии порождает из своих недр, причем почти непроизвольно, проникающую повсюду атмосферу заговора. Но вместе с тем фильм с очевидностью намекает, конечно же, на зловещего и безжалостного кукольника, дергающего за ниточки. Это чувствуется в ряде повторяющихся сцен, указывающих на невидимые руки, управляющие историческими событиями.
Предлагая слишком много претендентов на роль заговорщиков в круге бесконечно обновляющейся власти, «Секретные материалы», однако, медленно подрывают устоявшееся представление об организации, на основе которого строятся традиционные теории заговора.
Цепочка, складывающаяся на протяжении семи сезонов из подхалимства, двуличия и давления, оказывается невероятно длинной. Сначала два высокопоставленных чиновника велят агенту Скалли как ученому наблюдать за агентом Малдером, который занимается расследованием паранормальных явлений (а, может быть, и разоблачить его). Но вскоре Скалли обнаруживает, что сама находится под наблюдением, замечая какое-то зловещее устройство наблюдения в своей ручке.
Поначалу кажется, что помощник директора Скиннер, непосредственный начальник Малдера и Скалли, просто наблюдает за работой агентов, но по мере развития сюжета отношения Скиннера с агентами и его боссами вступают в большее противоречие, что заставляет специальных агентов подозревать, что он сотрудничал с загадочным Курильщиком все время.
Сначала Глубокая Глотка, а потом и более сомнительный Икс передают Малдеру инсайдерскую информацию, имеющую хождение, как кажется, только на самых высших уровнях, но, как вынужден признать Икс, его знания не безграничны.
Похожим образом в комической вариации на тему мифологии, выросшей вокруг Зоны 51, оказывается, что даже начальник объекта, территория которого стала эпицентром активности НЛО, не знает, что происходит на самом деле: они лишь пилотируют НЛО, которые производятся где-то в Юте. Когда Малдер получает неограниченный допуск в это святое святых засекреченной информации, командир базы пользуется возможностью спросить у специального агента ФБР, «существуют пришельцы на самом деле» или нет. В условиях сравнительной эпистемологии, основанной на принципе служебной необходимости, ни у кого нет полной картины происходящего.