В итоге складывается парадоксальная ситуация: чем больше «Секретные материалы» обещают разоблачить традиционный гуманистический заговор, целью которого является вертикальный контроль, тем больше кажется, что фильм рисует децентрализованную власть в духе Фуко, которая распространена по всей системе, но ни имеет конкретного местонахождения. Показывая нарастающее отчаяние и разочарование от невозможности когда-нибудь добраться до сути вещей, Малдер заявляет на встрече уфологов, что «в основе правительственной программы» лежит «заговор, завернутый в заговор».
Даже устрашающе запутанные связи в сюжете «Секретных материалов», пожалуй, на самом деле не то, чем они кажутся. На протяжении семи сезонов зрителей медленно, но верно заставляют предполагать, что в конспирологических эпизодах более или менее все — и даже изрядная доля в эпизодах про паранормальные явления — связано.
Похищение сестры Малдера связано с секретными медицинскими экспериментами, в которых после войны участвовал его отец, которые связаны с операцией «Скрепка», проводившейся нацистскими учеными, которая имела какое-то отношение к опытам по клонированию, которые связаны с похищениями инопланетянами, которые являются частью экспериментов с ДНК, которые имеют отношение к зловещему раку, заволакивающему глаза черной масляной пленкой, который является важной частью планов по инопланетной колонизации, и так до бесконечности.
Проведя собственное расследование, Скиннер в эпизоде «Возвращение II» выясняет, что проникшему в ФБР кроту, начальнику отдела Блевинсу платила какая-то имеющая отношение к биотехнологиям компания, которая «как-то связана со всем этим». Точно так же, когда Скалли обнаруживает, что в крови мальчика, гениально играющего в шахматы и одаренного ясновидением, содержится тот же вирус, найденный в ее крови, Малдер спрашивает у нее, что это значит. «Не знаю, — отвечает она, — не знаю. Но думаю, мы наткнулись на что-то огромное. На какую-то связь». На что Малдер невозмутимо замечает: «Ну так сделай ставку и подними выше».
В том же эпизоде Скалли обнаруживает, что ДНК из ногтя таинственного и кровожадного создания совпадает с ДНК того, кого Малдер считает пришельцем, а его ДНК, в свою очередь, совпадает с мутировавшей ДНК самой Скалли и т. д.
«Секретные материалы» постоянно дразнят зрителей обещанием, что в конце концов все раскроется и станет ясен масштаб взаимосвязанного заговора. Но как никогда не будет обнаружен источник истинной власти, точно так же никогда не будет полностью явлена окончательная правда о темном прошлом и зловещем будущем.
По мере развития сюжета зрителям демонстрируют соблазнительные доказательства, которые, как кажется, подтверждают существование и пришельцев, и паранормальных явлений. Но эти разоблачения неизменно ставят больше вопросов, чем дают ответов. Так, когда Малдер охотится, как ему кажется, за захваченным телом разбившегося инопланетного пилота в эпизоде «В. Б. С.» в первом сезоне, перед ним не раз мелькают неопровержимые доказательства, однако, все время ускользающие от него.
Он начинает подозревать, что большая часть событий (например, то, что кажется впечатляющей операцией по спасению захваченного пилота, организованной кем-то сверху) была подстроена специально, чтобы сбить его со следа и не дать узнать, как все обстоит на самом деле.
Докладывая о подстроенной смерти своего напарника (который на самом деле не погиб) в эпизоде «Гефсиманский сад», Скалли сообщает комиссии, что при расследовании обстоятельств, связанных с найденным в толще льда трупом инопланетянина, Малдер «был введен в заблуждение научным трюком, рассчитанным на то, чтобы навсегда сохранить ложные истины», а именно — «еще большую ложь». С учетом бесконечно множащихся ложных улик, в «В. Б. С.» Малдер признается: «Я вот думаю, в какую ложь верить».
Хотя и продолжая удивляться каждый раз, мы начинаем ждать нового сюжетного поворота в конце каждого эпизода: в результате этого финта важное доказательство наверняка либо исчезнет, либо окажется не тем, чем казалось сначала. Любой несомненный факт в конце концов подвергается сомнению, а решающее доказательство все время ускользает.
Так, в конце второго сезона Малдер получает зашифрованный компьютерный файл, добытый каким-то хакером. В этом файле, судя по всему, содержится информация обо всех делах министерства обороны с пришельцами с момента крушения в Росуэлле. Но когда Малдер так соблазнительно близко подбирается к документам MJ-12, этому Святому Граалю уфологии, его отца убивают, да и ему самому едва удается уцелеть. Магнитную ленту с информацией отбирают у Скиннера, а распечатку файлов, хранившуюся у Скалли, крадут, когда ее машину останавливают военные.