Тем временем она начинает разрабатывать свои собственные идеи и публиковать научные труды, хотя ее новая вера, бесспорно, не способствует ее университетской карьере.
С 1928 по 1931 год она принимает участие во многочисленных конференциях, ее приглашают выступить в Кельне, Фрейбурге, Базеле, Вене, Зальцбурге, Праге, Париже.
Наконец, в 1932 году она получила право свободного преподавания в Мюнстере, в Высшем германском научно-педагогическом институте. Ее студенты писали: "Среди всех преподавателей она была самой последовательной и бескомпромиссной защитницей католического мировоззрения… Ей не было равных по остроте ума, широте культуры, совершенству формы изложения и внутренней убежденности".
Не прошло и года с того времени, как она начала преподавать в Мюнстере, как Гитлер стал рейхсканцлером и запретил евреям занимать любые общественные должности.
25 февраля 1933 года Эдит провела свое последнее занятие.
Это год Искупления, и начинают распространяться известия о том, что фашисты преследуют евреев.
Уже ничто не удерживает ее в мире, и поэтому ей позволено уйти в кармелитский монастырь, где она принимает имя Тереза Бенедетта Креста. В затворничестве она живет смиренно, как и все остальные сестры, ничего не знающие ни о ее славе, ни о ее способностях, и доброжелательно судящие о ней только по тому, сколь непривычен ей ручной труд.
Однако ее духовное начальство считает, что ее способности должны быть оценены по достоинству и предписывает ей продолжать, насколько это возможно при новом, монашеском и молитвенном образе жизни, свою научную деятельность. Она заново переписывает и перерабатывает свой основной философский труд объемом более чем в тысячу триста страниц. Она даже вносит исправления в корректуру, но потом издатель из страха отказывается от публикации. Ее труд называется "Конечное существо и вечное Существо".В 1938 году, когда фашизм уже свирепствует вовсю, ее хотят спасти, переведя в голландский монастырь в городе Эхте, куда она отправляется вместе со своей сестрой Розой, обратившейся под ее влиянием и также готовящейся принести монашеские обеты.
В 1939 году началась вторая мировая война. Духовное начальство Эдит просит ее написать книгу о богословской мысли и духовном опыте св. Иоанна Креста, столетие со дня рождения которого должно было вскоре праздноваться. Она радостно повинуется и дает своему труду заглавие "Scientia Crucis" (Наука Креста).
В 1942 году начинается массовая депортация евреев. Голландский епископат протестует — его уверяют в том, что никто не тронет евреев, обратившихся в католичество. Но для католических епископов этого недостаточно, и в коллективном письме, которое читается во всех церквях 26 июля, они официально осуждают депортацию всех евреев.
В отместку 27 июля комиссар рейха отдает секретное распоряжение: "Поскольку католические епископы вмешались в дела, их лично не затрагивающие, все евреи-католики должны быть депортированы в течение недели. Никакое вмешательство в их защиту не должно приниматься во внимание". Впоследствии, 2 августа, когда депортация уже началась, комиссар рейха публично заявляет: "В некоторых протестантских церквях тоже были прочитаны послания…, однако представители протестантских Церквей сообщили нам, что это не входило в их намерения, но что они по чисто техническим причинам не смогли повсюду воспрепятствовать чтению этих посланий. Если же католическое духовенство не хочет взять на себя труд вести переговоры с нами, мы, со своей стороны, вынуждены считать католиков еврейской крови своими злейшими врагами и, следовательно, как можно быстрее депортировать их на восток".
Тогда еще многим было неизвестно, что депортация на самом деле означает геноцид. В тот же день броневик гестапо подъехал к воротам эхтского монастыря, чтобы забрать "монахиню-еврейку". Ей остается всего несколько минут времени. На столе ее лежит почти готовый труд "Scienua Crucis": она довела повествование до описания смерти св. Иоанна Креста. Последние слова Эдит, обращенные к ее сестре Розе, охваченной ужасом, которые слышат другие монахини: "Пойдем же за наш народ".
От нее еще получают записку на имя настоятельницы монастыря, в которой она убеждает отказаться от попыток установить ее местонахождение и добиться ее освобождения.
Вот эта записка: "…я бы в этой ситуации уже ничего не предпринимала. Я всем довольна. "Науку Креста" можно постичь только тогда, когда чувствуешь бремя креста во всей его полноте. Я была в этом убеждена с самого первого момента и от всего сердца сказала: "Ave crux, spes unica" (Радуйся, о Крест, единая надежда)".