Когда Иисус сказал ему "Иди и укрепи Церковь Мою ты видишь, вся она рушится", Франциск понял эти слова буквально: он увидел три обветшавшие церквушки (церковь св. Дамиана, св. Петра и Ла Порциункола), сказал "Я хочу принести Богу в дар свой пот", и начал восстанавливать их. Но он поступил так не потому, что ошибочно истолковал слова Христа, как говорят некоторые из его позднейших биографов, но именно потому, что он физически ощущал, что "исполняется великой верой в церквах", где поклоняются Богу, в простых зданиях церквей, ради которых стоило тратить время и силы. Да, Франциск действительно хотел восстановить Церковь, Церковь Христову, принадлежащую Господу, и опирался он на то, что прямо и извечно связывает Христа с Церковью Евхаристию (а также священство) и Священное Писание. Поэтому далее в "Завещании" говорится "И Господь дал и дает мне такую веру в священников, которые живут по уставу Святой Римской Церкви, ради их священства, что если я подвергнусь преследованиям, то хочу прибегнуть к ним. И если бы я даже обладал премудростью Соломоновой и случилось бы мне не поладить со священниками — бедняками мира сего — в тех приходах, где они живут, я не хочу ни в коем случае проповедовать против их воли И их и всех других я хочу бояться, любить и уважать как господ моих и не хочу взирать в них на их грехи, потому что вижу в них Сына Божьего, и они — мои господа, и я поступаю так потому, что в этом мире ничего не вижу телесно от Всевышнего Сына Божьего, кроме Пресвятого Тела и Крови Его, Которые только они освящают и раздают".
В нескольких источниках рассказывается, как Франциск встречает еретиков, которые отвергают Церковь Пользуясь случаем, они приводят его к местному священнику, живущему в сожительстве и являющемуся соблазном для прихожан, и спрашивают "Как же относиться к такому священнику?", а Франциск идет ему навстречу и говорит ему "Грешен ли ты, я не знаю, но знаю, что твои руки касаются Слова Божьего", и преклоняет колена, целуя руки священнику.
Священство и Евхаристия были для него единой любовью, совершенной и неразрывной. В сочинении Томмазо да Челано Vita secunda говорится: "Все его естество, сверх всякой меры охваченное восторгом, пламенело любовью к Таинству Тела Господня. Он хотел, чтобы целовали с великим благоговением руки священника, потому что ему дана божественная власть совершать таинство Евхаристии. Он говаривал: "Если бы мне довелось встретить святого, сошедшего с неба, и бедного священника, я бы сначала приветствовал священника и хотел бы поцеловать ему руки. Я бы сказал: "О, подожди, святой Лаврентий, ибо руки этого человека касаются Слова жизни и наделены сверхчеловеческой властью!"".
Основная богословская идея св. Франциска, высказанная им самим в Послании всем клирикам, была такова: "Ничего от Всевышнего телесно мы в этом мире не имеем и не видим, кроме Тела и Крови, наименований и слов, которыми мы были созданы и искуплены". Именно поэтому далее в его "Завещании" говорится: "Где бы я в недостойных местах ни нашел святейшие имена и слова, я хочу собрать их и прошу их собирать и помещать в подобающих местах. И мы должны почитать и уважать всех богословов и всех, кто возвещает слово Божие, как дарующих нам дух и жизнь".
В сочинении Vita prima говорится: "По-человечески невозможно понять его волнение, когда он произносил имя Божье. Поэтому где бы он ни находил что-нибудь написанное о делах божеских или человеческих, на дороге, в доме или на полу, он собирал все с великим благоговением, слагая в священном или по крайней мере подобающем месте, опасаясь, не написано ли там имя Господне или что-нибудь о Господе. И когда однажды его собрат спросил его, почему он столь заботливо собирает даже сочинения язычников или сочинения, где наверняка нет имени Божьего, он ответил "Сын мой, потому что все буквы могут слагаться в это святое Имя". И еще более удивительно то, что диктуя приветственные послания или увещевания, он никогда не позволял вычеркивать слово или слог, даже если они были лишними или написанными с ошибкой" (п. 82).
Мы часто представляем себе св. Франциска размышляющим о великих вопросах или вынашивающим высокие замыслы или же думающим о вещах простых, добрых и прекрасных, но основная черта его облика, о которой свидетельствует история, — забота и попечение этого человека обо всем, что с наибольшей ясностью и очевидностью напоминало ему о Спасении Тремя вещами Франциск поистине дорожил Это прежде всего Тело Христово. Он очень часто говорил о нем с редким благочестием и жаром.