Существенные различия в характере растительного покрова страны проявляются в зависимости от зон и районов, где на него влияют не только климатические, но и почвенные условия. В этом плане можно выделить три основные зоны страны. В горах севера распространены главным образом горнолесные подзолистые почвы; в центральном и южном районах преобладают бурые и коричневые почвы, вдоль побережья много заболоченных земель, местами встречаются солончаковые почвы.
Наиболее распространённым деревом Северной Португалии является приморская сосна и её разновидность— пиния. Боры на песчаных побережьях, примыкающих к ним низменностях и холмах простираются на юге до реки Саду, разделяющей две метеорологические области. Южнее Саду сосна не растёт из-за чрезмерной сухости климата.
В холмистых районах и на нижних склонах гор преобладают леса из вечнозелёного дуба. На восточных склонах гор Северной Португалии— Эштрела, Монтемоур — климат значительно суше. В узкой долине верхнего течения Дору, где дожди менее обильны, чем в Порту, повышение сухости климата влечёт за собой изменения в растительном покрове (исчезает приморская сосна, дубы с опадающей листвой сменяются дубами с листвой постоянной), который становится все более похожим на растительный покров сухих областей к югу от Тежу.
Для лесов указанных зон характерен пышный подлесок из кустарников ладанника, древовидных вересков, папоротников и т. д.
Следует отметить, что леса в прошлом были сильно истреблены. В последние десятилетия в результате посадок их площадь значительно расширилась и составляет в настоящее время 36% территории страны. Около половины песопокрытий занимают насаждения приморской сосны на песчаных почвах прибрежной эоны. Значительные пространства занимают посадки эвкалиптов.
Растительность южной части страны значительно отличается от растительности северной части. Она носит преимущественно средиземноморский характер. Вблизи южного побережья местами встречается галофитно-луговая разновидность, характерная для солончаков.
На бурых почвах центральных и южных районов произрастают многие разновидности дуба. Особенно характерен для этой зоны пробковый дуб. Здесь он занимает площадь примерно 800 тыс. га. Его роль в экономике страны огромна. Португалия является крупнейшим в мире производителем пробки.
По берегам рек растут ивы и тополя, местами встречаются заросли самшита и бетского рододендрона.
Для южной части характерно наличие ряда растений, свойственных Канарским и Азорским островам. Среди них можно назвать папоротники, азорский восковник, заросли маквиса на склонах Серра-Аррабиды, земляничника, филлирей, вечнозелёной крушины и калины, дикой фисташки и т. д.
В южной провинции Алгарви наряду с другими представителями вечнозелёной флоры важное место занимает рожковое дерево; его плоды идут на изготовление патоки, спирта и на корм скоту.
Красноземы южной части страны заняты, как правило, субтропическими культурами. Культурная флора Португалии очень разнообразна. Главное место в ней принадлежит виноградникам и оливковым плантациям. Значительные площади заняты под цитрусовыми, которые распространены повсеместно. На острове Мадейра можно встретить плантации с тропическими культурами (бананы, ананасы, сахарный тростник).
Наряду с лесами для Португалии весьма характерны дикие кустарниковые заросли, получившие широкое распространение на низменностях, холмах, а также более сухих и каменистых горных склонах. Виды кустарников зависят от зональных почвенно-климатических и других условий. Например, для северной части характерны более влаголюбивые атлантические виды, в центральной же части страны широкое распространение получили древовидные верески. Ладанники наиболее типичны для Южной Португалии.
Вечнозелёные кустарники — маквисы представляют собой важный и очень характерный ландшафтный элемент в растительном покрове страны. Густо, словно ковром, покрывая порой огромные пространства, они придают местности неповторимый вид. В состав маквиса входят разнообразные, часто декоративные, а также колючие растения. Заросли, достигающие иногда высоты в два метра, бывают образованы одним или несколькими видами. Среди наиболее известных и типичных для маквисов видов — благородный лавр, мирта, земляничное и фисташковое деревья, древовидный вереск, олеандр, ладанник. Небольшие кусты ладанника с блестящими беловато-зелёными листьями особенно красивы во время цветения. Их крупные белые, розовые или пурпурные цветы, похожие на розы, оживляют окрестности. Многие из ладанников выделяют душистую смолу, известную под названием ладана. В зарослях маквиса встречаются олеандр, многочисленные виды можжевельника и отдельные виды вечнозелёных кустарниковых (ползучих) дубов — каменного и пробкового, а также дикие маслины в виде кустов или небольших кряжистых деревьев.