Тарковский решил снимать путешествие через «Зону» в хронологическом порядке, с движения героев непосредственно к зданию полуразрушенной электростанции. Были выбраны точки съемок, начались репетиции. Камера стояла на четырехметровом кране. Актеры шли по краю поляны, продирались через кусты, поднимались вверх по склону вдоль небольшого сливного желоба к каналу, по которому вода когда-то подавалась к электростанции. Они оказывались у решеток и разрушенных запорных щитов, снова спускались к зданию электростанции – уже с другой стороны – и входили в само здание. Внешне все это выглядело как-то несерьезно и напоминало детскую игру. Три взрослых человека бросали гаечки с привязанными бинтиками и потом следовали за ними, стараясь ступать след в след. Их путь сопровождался остановками, всматриваниями в окружающий пейзаж, новым бросанием гаек, прислушиваниями, принюхиваниями и ругательствами Сталкера, после чего они двигались дальше. Иногда Сталкер шипел и рычал на своих спутников, давал им подзатыльники и оплеухи, которые они покорно сносили. Тарковский утвердил маршрут движения актеров и стал активно заниматься организацией и декорированием кадра. Этому он уделял гораздо больше внимания, чем работе с актерами.
Вилли Геллер (директор картины в 1976–1977 годах):
«Когда я приезжал на площадку, я видел: вся группа трудилась, как муравьи. Вырывали травки определенного сорта, отрезали веточки на деревьях, как-то не так торчавшие, пересаживали кустики. У нас с собой было несколько черных телеграфных столбов. Андрей подолгу двигал их в кадре, переставляя с места на место: „Алик, давай чуть правее“. Алик Бойм с постановщиком двигают столб. Тарковский спрашивает: „Ну как?“ Гоша, сидя на операторском кране, смотрит в камеру и отвечает: „Нормально, только вот знаешь, давай к этому кустику еще моток проволоки положим“. Цымбал тащит моток ржавой проволоки. „Чуть левее. Нет, слишком далеко. Вот так. Хорошо“. Тарковский смотрит снизу на это дело и говорит: „Дай-ка теперь я посмотрю в камеру“. Черные столбы – это было ноу-хау Алика Бойма. С их помощью мы могли соединять снятые в разных местах части эпизода в единое кинематографическое пространство. Андрею Арсеньевичу это изобретение пришлось очень по душе»[3].
Погода стояла прибалтийская, переменчивая, было прохладно и пасмурно, то есть именно так, как нужно для съемок. Они начались 20 мая и продолжались безостановочно десять дней до получения первого материала. Тщательно выстроенные эпизоды снимались очень длинными кусками. К концу декады были сняты почти все проходы, и наши персонажи вошли внутрь электростанции.
В один из первых дней Тарковский долго смотрел на Профессора-Гринько. Профессор был в хорошей фетровой шляпе, которая ему очень шла, а-ля Хамфри Богарт. Эту шляпу ему утвердил в Москве сам Тарковский. Но в тот день она ему почему-то не понравилась. Он попросил художницу по костюмам Нэлли Фомину подыскать ему что-нибудь другое: «А то в этой шляпе в нем что-то чайльд-гарольдовское появляется». Костюмерша принесла мешок головных уборов, и Андрей Арсеньевич, перемеряв их все на Гринько, выбрал темно-серую кожаную кепку. Он собственноручно водрузил ее актеру на голову и был вполне удовлетворен. Все, что мы снимали, казалось мне выдержанным в стиле то ли гангстерского фильма, то ли вестерна. В последний день мая снимался эпизод, в котором Сталкер давал оплеуху Профессору, позволившему себе какое-то непослушание. Эпизод длился четыре с лишним минуты. Репетировали его два дня. Снимали вечером, когда нужное состояние света длится 20–25 минут. Первые два дубля не устроили Тарковского. Снимаем третий: Сталкер бьет Профессора, но от удара кепка слетает с головы, падает в дырку в полу и исчезает в подземелье. И тут выясняется, что кепка в единственном экземпляре и найти замену невозможно. Бригадир осветителей направил в дыру мощный прибор. Внизу было три-четыре метра пустого пространства, под которым в черно-йодистую воду медленно погружалась кепка Профессора. Художница по костюмам буквально застонала от ужаса. Не отдавая себе отчета почему, я вдруг скомандовал бригадиру осветителей: «Не убирай света!» – и бросился к каналу, выходившему из-под здания электростанции, стягивая свитер, рубашку и майку одновременно. Сбросив остальное, бухнулся в ледяную воду и поплыл в подземелья, где виднелся свет. Когда я оказался там, кепка уже утонула, и мне пришлось нырять. Крепко зажмурившись, чтобы не обжечь глаза щелочью, нырнул, поймал на ощупь под водой кепку и быстро поплыл, не открывая глаз, назад, на голос художницы по костюмам. Меня вытаскивали звукорежиссер, осветители и механики. Кто-то вылил на голову ведро воды, смывая скверну целлюлозно-бумажных отходов, и, одеваясь на ходу, я побежал обратно в здание электростанции. Нэлли Фомина поправляла на голове актера уже отжатую от воды кепку. «Давайте снимать! – рявкнул Рерберг, – свет уходит!» «Все готовы?» – спросил Тарковский. «Да», – ответили все. «Внимание, мотор!»