Далее Берия предложил Капице на базе Института физических проблем, где Капица был директором, проверить ряд экспериментов Курчатова. Капица отказался, считая, что такая переориентация его института будет означать свертывание работ по теоретической физике. Капица хотел оставить себе институт и заниматься только своими проблемами, тем, чем он хочет, а не нуждами страны, не делать бомбу. Берия же и Сталин хотели использовать ресурсы Института физических проблем для создания бомбы. Отношения накалились. Дошло до того, что Петр Капица прилюдно заявил Лаврентию Павловичу: «Я что-то не читал ваших трудов по ядерной физике!» Затем Капица пожаловался Сталину на то, что Берия руководит работой комитета «как дирижер, который не знает партитуры». Капица написал письмо Сталину: «Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия. Правда, у него в руках дирижерская палочка. Его основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берия слабо… У меня с Берия ничего не получается. Его отношения к ученым мне совсем не по нутру. Стоит только послушать на заседаниях рассуждения о науке некоторых товарищей… Они воображают, что, познав дважды два четыре, они уже постигли все глубины математики и могут делать авторитетные суждения. С тов. Берия мои отношения все хуже и хуже, и он, несомненно, будет доволен моим уходом». И в конце Капица просил Сталина показать это письмо Берии, «ведь это не донос, а полезная критика», и освободить его от членства в этом комитете. По существу, он был прав: Берия не разбирался в физике. Но сейчас ясно, что и Капица раздражал Берию, говоря: «Зачем нам идти по пути американского проекта, повторять то, что делали они?! Нам нужно найти собственный путь, более короткий». Это вполне естественно для Капицы: он всегда работал оригинально, и повторять работу, сделанную другими, ему было совершенно неинтересно.
Но Капица не все знал. У Лаврентия Павловича в кармане лежал чертеж бомбы — точный чертеж, где были указаны все размеры и материалы. С этими данными, полученными еще до испытания американской бомбы, по-настоящему ознакомили только Курчатова. Источник информации был столь законспирирован, что любая утечка считалась недопустимой. Так что Берия знал о бомбе в 1945 году больше Капицы. Партитура у него на самом деле была, но он не мог ее прочесть. И не мог сказать Капице: «У меня в кармане чертеж. И не уводите нас в сторону!»
К этому всему добавлялись еще и временные проблемы с получением жидкого кислорода. Дело в том, что Капица изобрел необыкновенно эффективный метод сжижения кислорода, но с воплощением научных идей в стране всегда было сложно. Этим воспользовались недруги, обвинившие его во вредительстве. Над Капицей нависли серьезные угрозы. И он пошел ва-банк — написал жалобу на Берию. Капица сказал Берии: «Я не читал ваших работ, а вы — моих, но по разным причинам». 30 апреля 1946 года Капица был удостоен звания Героя Соцтруда. Сталин сказал Берии: «Делай с ним, что хочешь, но жизнь сохрани». А уже 17 августа 1946 года Капицу освободили от обязанностей директора Института физических проблем и начальника Главкислорода. Капицу убрали не только из Спецкомитета, но и уволили с поста директора. Его сместили со всех постов, забрали институт и отправили в подмосковную ссылку — как бы под домашний арест. Директором планировали назначить А.П. Александрова.
Не желая быть «штрейкбрехером», Александров попытался избавиться от нежелательного назначения на место П.Л. Капицы. Дело было так: по дороге к Берии, куда его вызвали для получения приказа о назначении директором ИФП, А.П. Александров купил водки, побрызгал себя этим «одеколоном» и хлебнул для храбрости… В кабинете он попытался убедить Берию, что его кандидатура неудачная, т. к. он пьет и не может за себя ручаться. На это Л.П. Берия ему сказал, что ИМ все известно, вплоть до его находчивости, как он полил себя водкой и полоскал ею рот… а потом вручил Александрову приказ за подписью Сталина. Институт стал работать на бомбу. Александров переехал из Ленинграда и вселился в коттедж Капицы. Анатолий Петрович был очень доброжелательный человек и сохранил атмосферу, созданную в институте Капицей. После смещения Капицы в институте воцарился генерал-лейтенант Бабкин. Официально он назывался уполномоченным Совета Министров, фактически был наместником Берии. Бабкин не отсиживался в своем кабинете, посещал все собрания, даже встал на партийный учет в институте. В конце декабря 1949 года Капица уклонился от участия в торжественных заседаниях, посвященных 70-летию Сталина, что было воспринято властями как шаг демонстративный. Его выгнали и из МГУ.