Через день, 5 апреля, опять же по настоянию Берии, Игнатьева отстранили от должности секретаря ЦК, а 6 апреля было объявлено, что он «лично виновен в создании дела врачей». 24 апреля Игнатьева вывели из состава ЦК, правда, пока еще не привлекая к юридической ответственности.
Берия осознанно и последовательно подводил мину под Хрущева. О.В. Хлевнюк пишет: «гласное и даже демонстративное прекращение «дела врачей» не только позволяло рассчитывать на сочувствие интеллигенции, но было и хорошим поводом для кадровой чистки МВД от «чужих людей». Автоматически под удар попадал Хрущев, сторонники которого занимали ключевые посты в МГБ» в период расследования дела врачей. Не случайно Хрущев сделал все возможное для оправдания прежнего министра Госбезопасности С.Д. Игнатьева».
Добавим, что Берия брал на прицел этих людей не только как сторонников «бешеного Никиты», он копал глубже. Он загонял в угол самого Хрущева. За арестом бывшего министра могло последовать обвинение в осуществлении Хрущевым и Игнатьевым убийства Сталина. И такой ход стопроцентно гарантировал Берии высший пост в государстве! 25 июня в записке Маленкову Берия предложил арестовать Игнатьева, но он не успел…
Загоняемый в угол, остро чувствовавший угрозу разоблачения Хрущев не просто озлобился, он был в панике, и он пошел на отчаянный ход. Ему уже нечего было терять. На следующий день, 26 июня, был арестован сам Берия. Хрущев больше не мог откладывать в долгий ящик возможность разделаться с опасным соперником, способным указать на него пальцем как на убийцу и заговорщика.
О том, что арест и убийство Берии нельзя рассматривать вне отрыва от обстоятельств дела врачей и смерти Сталина, говорит тот факт, что уже спустя двенадцать дней после устранения Берии все изменилось — до обратного.
Уже 7 июля 1953 года Хрущев восстановил Игнатьева в качестве члена Центрального Комитета, а 6 августа освободили и полностью реабилитировали Огольцова. Правда, ему не предоставили работу, зачислив в распоряжение отдела кадров МВД СССР»
Конечно, идея либерализации была лишь частью общего плана Берии. Осуществляя его, он становился хозяином положения. Однако своим поспешным предложением по аресту Игнатьева Берия предопределил неизбежность своего устранения. Угроза разоблачения заставила Хрущева проявить отчаянную активность. Нависшая опасность и острая способность к самосохранению не оставляла ему иного выбора, кроме как физического уничтожения опасного свидетеля его преступлений.
Мысль об опасности, исходившей от Берии, которую Хрущев высказал Булганину еще в период дежурства у постели умиравшего Вождя: «это будет начало нашего конца… Надо что-то сделать, иначе будет катастрофа», угнетала его. И в этом «что-то сделать» Хрущев оперся на Булганина, ставшего министром обороны.
История физического устранения Берии до сих пор не прояснена до конца, хотя существовало немало исполнителей этой акции. По одной версии, 26 июня 1953 года, объединившись с Булганиным и Жуковым, Хрущев организовал арест министра внутренних дел на заседании Политбюро, обвинив его в намерении захватить власть. Сторонники ее утверждают, что после полугодового следствия он был осужден специальным судебным присутствием Верховного суда СССР.
Публикация от 17 декабря 1953 года сообщала, что Берия «сколотил враждебную Советскому государству изменническую группу заговорщиков, которая ставила своей целью… поставить МВД над партией и правительством для захвата власти, ликвидации советского строя, реставрации капитализма и восстановления господства буржуазии». Утверждалось, что свои расчеты заговорщики строили на поддержке «реакционными силами из-за рубежа, установлении связи с иностранными разведками». Существует «Акт» приведения в исполнение приговора от 23 декабря, подписанный генерал-полковником Батицким, генеральным прокурором Руденко и генералом армии Москаленко, но без положенного свидетельства врача.
Сын Берии, Серго, отвергает эти версии и со ссылками на известные ему факты свидетельствует, что его отец «был убит 26 июня 1953 года без суда и следствия в городе Москве» в особняке, где жил с семьей, на Малой Никитской улице, неподалеку от площади Восстания. При перестрелке погибли два охранника министра внутренних дел».
Но, пожалуй, наиболее убедительна версия В. Соколова: «Лаврентия Павловича застрелили в бункере штаба Московского округа в конце августа или начале сентября 1953 года без какого-либо приговора суда». По распоряжению Хрущева это сделал генерал Батицкий.