В этот момент опять был открыт огонь с контрольной башни. Оттуда раздалось несколько выстрелов, и Шауль, продвигаясь к самолету «Эр Франс», снова нейтрализовал башню. Приблизившись к французскому самолету, Омер взобрался по внешнему трапу и посветил внутрь через окна. Самолет показался ему совершенно пустым. Дан Шомрон передал Шаулю приказ от Екутиэля Адама не входить в самолет из-за опасения засады и велел после проверки собраться на месте стоянки самолетов «геркулес» у нового терминала.
В двадцать четыре ноль-ноль по израильскому времени в воздух поднялся первый самолет. Во время эвакуации и взлета самолетов летчики получили сообщение, что к югу от нового терминала, на холме, обнаружен джип с пулеметом. Хотя машина и уничтожена, вполне вероятно, что там же находятся и другие джипы с пулеметами. Ничего конкретного по этому поводу летчики предпринять не могли, оставалось надеяться, что по ним не начнут стрелять. Этот джип с пулеметом был обнаружен во время акции шестью солдатами спецотряда парашютистов. Задачей их было прибыть к новой контрольной башне, захватить ее и оттуда обеспечить безопасность окружающего района. Спустившись из первого самолета и уложив карманные фонарики на земле для обозначения полосы, все шестеро двинулись к холму, на котором стояла башня. На холм пришлось взбираться по крутому откосу с помощью веревки. Оттуда они и заметили пустой джип с пулеметом, в который бросили фосфорную гранату. Башня нового терминала была погружена в темноту и безлюдна.
Третий самолет с бронетранспортерами Уди уже готов был взлететь с главной трассы. А Нати во втором самолете все еще ждал на площадке пару бронетранспортеров Шауля. Он боялся остаться один на аэродроме, не имея возможности спасти людей, если что-то случится с самолетом. Поэтому третий самолет задерживался, дожидаясь, пока и Нати будет готов к вылету. Наконец пара бронетранспортеров Шауля прибыла к новому терминалу и въехала в самолет Нати. Стоя снаружи, Амнон Б. сообщил в последнем рапорте с джипа КП Шомрона, что прерывает связь с самолетом КП. Он сложил антенну джипа, чтобы машина смогла въехать в самолет. Джип Шомрона с последними людьми на нем въехал внутрь.
Теперь, когда все находились внутри, второй самолет покинул стоянку нового терминала и направился к главной взлетной полосе. Снаружи уже было темно, и Нати чуть не въехал в канаву у дорожки. Но ему удалось благополучно добраться до новой полосы и присоединиться к третьему самолету.
Два самолета взлетели один за другим. Было ноль часов сорок минут — прошел час и тридцать девять минут после приземления первого самолета в Энтеббе. Со взлетом последнего самолета все израильские вооруженные силы покинули территорию Уганды.
Тот, кто сейчас смотрел из самолета на землю, мог видеть под собой языки пламени — это горели пораженные «МИГи» — и два ряда карманных фонариков, чьи мигающие огни выдавали наличие погруженного во мрак аэродрома.
В первом самолете, который летел сейчас в Кению, снова сидели солдаты Части и парашютисты. Солдаты знали, что Йони ранен. Но большинство не знало, насколько серьезно его ранение, и никто не знал, что Йони умер.
Сурина положили в центре самолета на носилках, поставленных на двух сиденьях в одном из джипов. Им занимались врач Части и врач парашютистов, стараясь поддержать его дух. Один из врачей рассказал ему об огромном успехе операции и о малом числе пострадавших. Пройдет несколько недель, прежде чем к Сурину вернется речь. Он не мог ответить, но то, что ему говорили, воспринимал, и в сердце его была грусть оттого, что он своим ранением «портит» прекрасную статистику операции.