Многие надеялись, что после составления казацкого реестра, положение улучшится, так как будет выплачиваться жалованье и начнется снабжение продовольствием. Но, хотя Хмельницкий и превысил реестр на несколько тысяч человек, основная масса крестьян, принимавших участие в Освободительной войне, в него не вошла. Люди, не попавшие в казацкий реестр, иначе говоря "поспольство", должны были возвратиться под власть панов, несмотря на то, что они на равных с остальными участвовали в борьбе за общую свободу. Точное количество, оказавшихся вне реестровых списков не известно, но, по всей видимости, не менее 80-100 тысяч человек. Всем им гетманским универсалом было предписано явиться в места постоянного проживания и повиноваться своим панам под страхом смертной казни. Одновременно и король своим универсалом, обращенным ко всем жителям Украины, предупредил, что в случае возникновения бунтов, они будут беспощадно подавляться коронным войском вместе с запорожским.
Народные массы, наконец, стали понимать, что гетман не выполнил своих обещаний, а от мирного договора выиграли только те, кто оказался зачисленным в реестр. По всему краю прокатились стихийные бунты, некоторые из панов, возвратившиеся в свои владения, поплатились жизнью. Иные вынуждены были вновь уехать, а более богатые и знатные, наоборот, приводили собственные надворные военные команды и начинали розыск тех, кто участвовал в восстании. Волей-неволей и Хмельницкий вынужден был подавлять народные бунты, вешал и казнил непослушных, что снижало его авторитет как у поспольства , так и в других слоях населения.
В связи с этим недовольство возникло и среди казаков, включенных в реестр. Брацлавский полковник Данила Нечай, пользовавшийся большой популярностью в казацкой среде, прямо говорил в лицо гетману:" Разве ты ослеп? Не видишь, что ляхи обманывают тебя и хотят поссорить с верным народом?". Когда в марте 1650 года в Переяславле собралась генеральная рада, то она с большим трудом приняла решение об утверждении реестра, даже реестровые казаки были недовольны своей исключительностью. Огромный авторитет самого гетмана и тот оказался под угрозой. Когда он вскоре после этой рады поехал к киевскому воеводе Киселю в его замок по приглашению последнего, то огромная толпа вооруженного "поспольства" подошла к замку с намерением расправиться с его владельцем, обвиняя того в измене. Гетману пришлось выйти к народу и лично убедить собравшихся разойтись. В этот раз его послушали, но было ясно, что авторитет Хмельницкого в народе пошатнулся. Сам он после этого с досадой говорил Адаму Киселю, что паны обманули его: " Судите сами : сорок тысяч казаков, а с остальным народом что я буду делать? Они меня убьют, а на поляков все-таки поднимутся ".
Из создавшейся ситуации гетман все-таки частично нашел выход, разрешив записываться в казаки всем желающим, но они в реестр не включались, а числились в "охотниках" или волонтерах. Это решение, пусть и половинчатое, в какой - то степени на время разрядило ситуацию. Одновременно Хмельницкий направил послание королю, напоминая о необходимости поскорее решать проблему с унией, а, кроме того, просил запретить панам, возвращающимся на Украину, брать с собой военные команды.
Несмотря на то, что недовольство условиями Зборовского мира нарастало у обеих сторон, зимой и весной 1650 года никаких враждебных действий ни со стороны польского правительства, ни со стороны казаков не предпринималось. Еще с осени Хмельницкий сосредоточился над составлением реестра казацкого войска. Фактически к казацкому сословию было отнесено довольно большое количество людей, так как казак вписывался в реестр вместе со своей семьей. Каждый вписанный в реестр казак получал в собственность земельный надел, на котором он прежде работал у пана. Гетман преимущественно принимал в реестр крестьян из имений Вишневецкого и Конецпольского, с тем, чтобы не дать возможности представителям этих родов вновь распространиться по Малороссии. Кроме того, у некоторых панов отбирались целые волости, под предлогом того, что они ими были захвачены самовольно из казенных земель. Из этих конфискованных угодий формировался особый фонд ранговых поместий, которые гетманом передавались генеральной и полковой старшине, не забывая и о себе. Помимо отданного ему королем на "булаву" Чигирина, Хмельницкий присоединил к своим владениям и богатое местечко Млиев, которое приносило его бывшему владельцу Конецпольскому до 200 000 талеров дохода. Крупными землевладельцами становились также многие "значные" казаки, не говоря уже о полковниках и казацкой старшине. По существу тем самым зарождался класс будущего пожалованного украинского дворянства. Получая в свою собственность земельный надел, казак освобождался от уплаты каких-либо налогов и сборов, он лишь обязан был за него нести военную службу. Так как обработать этот надел самостоятельно он возможности не имел, в виду постоянного пребывания на службе, то нанимал людей из "поспольства", которые, конечно, предпочитали работать на своих земляков-казаков, чем на пана, о чем справедливо отмечал в своем письме королю Адам Кисель. Если исходить из того, что семья казака в среднем состояла даже из четырех человек, да еще в хозяйстве имелось хотя бы 2-3 слуги, то, по меньшей мере, 300 000 человек, не считая проживавших в местечках и городах мещан, в трех украинных воеводствах были свободны от панской зависимости.
С принятием единого реестра количество казацких полков было сокращено до 16, хотя их численность уменьшилась не намного. Полки и сотни, из которых они состояли, по-прежнему, именовались по местам своей дислокации. Всего насчитывалось 220 сотен различной численности. Полковники и сотники в зоне своей ответственности являлись полноправными начальниками, решающими все вопросы административно-хозяйственной и судебной деятельности не только казаков, но и всего населения. Проще говоря на всей казацкой территории стало действовать административное устройство запорожской Сечи.
Помимо чисто казацких формирований в войсках Хмельницкого было значительное количество валашской ( молдавской и сербской ) конницы, а также отборное подразделение татар, составлявшее личную охрану гетмана.