Можно предположить, что Верховской, ставший в 1890 г. командиром Санкт–Петербургского порта, а в 1896 г. — начальником могущественного Главного управления кораблестроения и снабжений, составлял некоторую протекцию Зиновию Петровичу, поддерживая его продвижение вверх по служебной лестнице. Так или иначе, но им было суждено взаимодействовать. Оба они потом и стали в один ряд главных виновников цусимского погрома: Верховской — как апологет системы мелочной экономии, а Рожественский — как командующий эскадрой, получившей в наследство от управления Верховского «дешевые» снаряды…
В 1887 г., несмотря на поддержку младшего флагмана, записка капитана 2–го ранга Рожественского была оставлена в ГМШ без последствий. Впрочем, последующий опыт самого Зиновия Петровича показал, что в ГМШ начинали думать о войне, когда она была уже на пороге или вламывалась в дверь.
В то же время начальство отметило заслуги З. П. Рожественского — старшего офицера, и 1 января 1888 г. он был пожалован орденом Св. Анны 2–й степени. 4 марта следующего года его назначили старшим офицером полуброненосного фрегата «Герцог Эдинбургский», тоже корабля «не первой молодости», но более крупного (5300 т.) и быстроходного (15 уз.), чем «Кремль». Кампанию 1889 г. фрегат провел в составе Практической эскадры на Балтике, а 1 января 1890 г. З. П. Рожественского наконец назначили командиром клипера «Наездник», на котором ему, однако, не довелось побывать в море. В апреле 1890 г. возникла необходимость замены командира однотипного клипера «Крейсер», находившегося в составе эскадры Тихого океана. Получив назначение (приказ от 9 апреля), Зиновий Петрович коммерческим рейсом направился на Дальний Восток и 21 июня 1890 г. принял клипер от капитана 2–го ранга П. А. Безобразова.
«Крейсер» в это время находился во Владивостоке. Это был сравнительно небольшой (1653 т) железный корабль, известный своей неудачной паровой машиной (1206 л. с,) выделки Ижорских заводов, которая позволяла развивать скорость не более 11,5 уз. Вооружение клипера, спущенного на воду в 1875 г., в 1890 г. составляли два 152–мм. орудия длиной в 28 калибров, четыре 107–мм. орудия обр. 1877 г., шесть 47–мм. и 37–мм. скорострельных пушек Гочкиса, одна десантная пушка Барановского и один минный аппарат.
Экипаж «Крейсера» в 1890 г. состоял из 16 офицеров и им равных и 171 нижних чина.
Итак, первый корабль, на который капитан 2–го ранта З. П. Рожественский вступил в качестве командира, не отличался ни новизной, ни особо мощным вооружением. Зато он, особенно в дальнем плавании, позволял ощутить себя хозяином положения, к тому же прекрасно ходил под парусами. На «Крейсере» вполне проявились стремления Зиновия Петровича к самостоятельности и даже к исследовательской деятельности. Эта последняя оказалась связанной с С. О. Макаровым, который, как уже говорилось в прошлом, достаточно резко критиковал Рожественского по «делу «Весты»». К этому времени, по крайней мере внешне, их отношения нормализовались и вошли в деловое русло. С. О. Макаров был уже контрадмиралом (в 41 год — исключительный случай) и занимался обобщением океанографических исследований, проведенных им вместе со своими офицерами на корвете «Витязь». «Витязь» в 1887–1888 гг. плавал в эскадре Тихого океана, а Макаров одно время был флаг–капитаном штаба ее начальника. Вернувшись в Кронштадт, он выступил в Офицерском собрании с лекцией, где поделился опытом и пропагандировал исследовательскую работу в дальних плаваниях. По просьбе З. П. Рожественского Макаров выслал ему во Владивосток материалы своего сообщения.
Зиновий Петрович ответил письмом Макарову в Кронштадт. «Ваше превосходительство, милостивый государь Степан Осипович, — писал он 11 июля 1890 г. — Покорнейше Вам благодарен за получение сюда отчета о кронштадтской лекции. Воспользовавшись Вашим руководством, я втягиваю офицеров в дело… В скором времени клиперу предстоит обход портов до декабря, к сожалению, в составе эскадры. Постараюсь извлечь какую‑нибудь пользу и при этих не вполне благоприятных обстоятельствах. Старший механик клипера… делает по Вашему рисунку батометр… Прошу принять уверения в глубоком уважении и преданности Вашего покорного слуги».