Летом 1899 г. броненосец заканчивал испытания. 4 августа, имея на борту около 320 т угля и запасы на летнюю кампанию, «Генерал–адмирал Апраксин» вышел из Кронштадта. В полдень следующего дня командир броненосца капитан 1–го ранга В. В. Линдестрем благополучно привел его в состав Учебноартиллерийского отряда. За время службы в отряде «Апраксин» пять раз выходил на стрельбу со слушателями офицерского класса и учениками–комендорами, израсходовав 628 патронов для учебных 37–мм. стволов, а также 9 — 254–мм. и 40 —120–мм. снарядов. Стрельбы оказались довольно хлопотными для старшего артиллерийского офицера лейтенанта Ф. В. Римского–Корсакова: на пятый день в кормовой башне разорвало гильзу и приспособление для установки учебного ствола, а на шестой — вышло из строя горизонтальное наведение носовой башни. Эту неисправность в течение суток удалось устрашать на частном заводе «Вигандт», восстановившем сломанные зубцы соединительной муфты перевода с ручного управления на электрическое.
14 августа 1899 г. «Генерал–адмирал Апраксин» вышел в море для перехода в Копенгаген. Свежеющий ветер предвещал штормовое плавание. Новый корабль, по отзыву B. В. Линдестрема, показал «прекрасные мореходные качества» — при встречном волнении на бак залетали только брызги, а при попутном—размахи качки не превышали 10° на борт. Машина работала исправно, обеспечивая сред! пою скорость 11,12 уз. при введа шых в действие двух котлах. Утром 16 мая на горизонте показались низменные зеленые берега Дании, а в 14 часов «Апраксин» уже встал на бочку в гавани Копенгагена, застав там яхту «Царевна», лодку «Грозящий» и корабли–хозяева — «Сюланд» и «Даннеброг».
22 августа в датскую столицу прибыл на быстроходном «Штандарте» Николай II с семейством. Стоянка «Апраксина» в столице дружественной державы ознаменовалась многочисленными приемами и визитами, унтер–офицеров и матросов регулярно увольняли на берег. Офицеров «Апраксина» король Дании по традиции пожаловал кавалерами ордена Даннеброга.
14 сентября, оставив императорские яхты крейсировать по европейским портам, броненосец покинул гостеприимное королевство и через два дня прибыл в Кронштадт. 21 сентября он окончил кампанию, не разоружаясь, с тем чтобы после окончания достроечных работ направиться в Либаву. Туда же собирались «Полтава» и «Севастополь», завершавшие испытания в отдельном отряде контр–адмирала Ф. И. Амосова.
Вторник 12 ноября 1899 г., назначенный для выхода «Апраксина» в море, начался туманом и постепенным усилением северо–восточного ветра. Рассеявшийся около 15 час. туман позволил штурману «Апраксина» лейтенанту П. П. Дурново определить девиацию по створу Кронштадтских огней, а командиру В. В. Линдестрему принять решение следовать по плану. Наблюдая падение барометра, Владимир Владимирович рассчитывал укрыться в Ревеле, но туда еще надо было дойти.
К 20 часам ветер усилился до 6 баллов, а вскоре достиг силы шторма, усугубленного отрицательной температурой воздуха и метелью. Броненосец, покрывавшийся слоем льда, шел вслепую — вне видимости островов и маяков. Механический и ручной лаг из‑за замерзания воды и опасности посылки людей на ют не использовали, скорость определяли по оборотам машин. В 20 час. 45 мин. командир уменьшил ход с 9 до 5,5 уз., собираясь уточнить место путем измерений глубины моря. Не получив таким способом определенных результатов, В. В. Линдестрем и П. П. Дурново посчитали себя снесенными к югу и собрались определиться по маяку на о. Гогланд — самом крупном острове в центре Финского залива. На самом деле «Апраксин» оказался значительно севернее и в 3 час. 30 мин. 13 ноября на скорости около 3 уз. выскочил на отмель у высокого заснеженного юго–восточного берега Готланда.
Удар показался командиру мягким, а положение корабля вначале не безнадежным. Однако попытка сняться с мели полным задним ходом потерпела неудачу, а через час в носовой кочегарке показалась вода, которая быстро прибывала Корабль накренился на 10° на левый борт и на волнении сильно бился днищем о грунт. B. В. Линдестрем, думая о спасении людей, решил свезти команду на берег. Сообщение с островом, на котором собрались местные жители, установили с помощью двух спасательных лееров, поданных с формарса. К 15 часам переправу людей успешно завершили, прекратив перед этим поднятые уже после аварии пары в двух кормовых и во вспомогательном котлах.
Об аварии нового броненосца береговой обороны в С. — Петербурге узнали из телеграммы командира крейсера «Адмирал Нахимов», который на переходе из Кронштадта в Ревель заметил сигналы бедствия, подаваемые «Апраксиным». Управляющий Морским министерством вице–адмирал П. П. Тыртов немедленно распорядился направить к Гогланду из Кронштадта броненосец «Полтава», а из Либавы — «Адмирал Ушаков», снабдив их пластырями и материалами для спасательных работ. Для руководства последними назначался контр–адмирал Ф. И. Амосов, державший флаг на «Полтаве». Кроме боевых кораблей к спасению «Апраксина» привлекли ледокол «Ермак», пароход «Могучий», 2 спасательных парохода частного Ревельского спасательного общества и водолазов кронштадтской школы Морского ведомства «Адмирал Ушаков» до Гогланда не дошел — вернулся в Либаву из‑за поломки рулевого привода.