Утром 15 ноября к «Апраксину» прибыл Ф. И. Амосов, который, не разделяя первоначального оптимизма В. В. Линдестрема («при немедленной помощи броненосец будет снят»), нашел положение крайне «опасным» и зависящим от погоды. Борьбу со льдами, к счастью, мог обеспечить «Ермак», а вот телеграф для поддержания связи с С. — Петербургом имелся только в Котке, что затрудняло оперативное руководство работами.
Проблему организации связи удалось решить с помощью выдающегося изобретения конца XIX в. — радио. Докладом МТК от 10 декабря 1899 г. вице–адмирал И. М. Диков и и. о. главного инспектора минного дела контр–адмирал К. С. Остелецкий предложили связать о. Гогланд с материком с помощью «телеграфа без проводов», изобретенного А. С. Поповым. На опытах в кампании 1899 г. на Черном море, удлинив антенну с помощью воздушного змея, удалось добиться 16–мильной дальности связи. Управляющий министерством в тот же день наложил резолюцию: «Попробовать можно, согласен..» На место работе комплектами радиостанций вскоре направились сам А. С. Попов, его помощник П. Н. Рыбкин, капитан 2–го ранга Г. И. Залевский и лейтенант А. А. Реммерт. На Гогланде и на о. Кутсало до Котки начали сооружение мачт для установки антенн.
К тому времени выяснилось, что «Апраксин», по меткому выражению Ф. И. Амосова, буквально «влез в груду каменьев». Вершина огромного камня и 8–тонный гранитный валун застряли в корпусе броненосца, образовав левее вертикального киля в районе 12–23–го шпангоутов пробоину площадью около 27 м2. Через нее водой заполнялись носовой патронный погреб пушек Барановского, минный погреб, подбашенное отделение, крюйт–камера и бомбовой погреб 254–мм. башни, весь носовой отсек до броневой палубы. Три других камня произвели меньшие по размерам разрушения днища. Всего корабль принял более 700 т. воды, которые нельзя было откачать без заделки пробоин. Застрявшие в днище камни мешали сдвинуть «Апраксин» с места. Авария получила широкий общественный резонанс и вызвала целый поток предложений по спасению броненосца, хлынувший в Морское министерство.
Все спасательные работы проводились под общим руководством и контролем самого управляющего министерством адмирала П. П. Тыртова, который привлек к этому важнейшему делу известных адмиралов И. М. Дикова, В. П. Верховского и С. О. Макарова, главных инспекторов из МТК Н. Е. Кутейникова, А. С. Кроткова, Н. Г. Нозикова. Непосредственное участие в спасательных работах под руководством Ф. И. Амосова приняли командир броненосца В. В. Линдестрем, младшие помощники судостроителя П. П. Белянкин и Е. С. Политовский, представитель Ревельского спасательного общества фон Франкен и указатель Нового Адмиралтейства Олимпиев, хорошо знавший корабль. Водолазами, работавшими в ледяной воде, руководили лейтенанты М. Ф. Шульц и А. К. Небольсин. Было решено удалить верхнюю часть большого камня с помощью взрывов, разгрузить броненосец, имевший к моменту аварии водоизмещение 4515 т., по возможности заделать пробоину, откачать воду и, используя понтоны, стащить броненосец с мели.
Попытки стащить «Апраксин» с мели по приказанию контр–адмирала Амосова предпринимались дважды: 26 ноября (ледокол «Ермак» плюс полный задний ход «Апраксина») и 9 декабря (то же плюс пароходы «Метеор» и «Гелиос»). После тщательного обследования корпуса и большого камня водолазам стало ясно, что эти попытки заранее обречены на провал.
Затянувшаяся до ледостава борьба с камнями при неудаче попыток сдвинуть «Апраксин» с места буксирами привели П. П. Тыртова к решению отложить его снятие с мели до весны будущего года. Ф. И. Амосова с «Полтавой» и большинством экипажа аварийного корабля отозвали в Кронштадт. Для обеспечения работ были оставлены 36 матросов с боцманом Иваном Сафоновым Опасности разрушения «Апраксина» нагромождением льдов удалось избежать с помощью «Ермака» и укреплением ледяных полей вокруг броненосца. 25 января 1900 г. председатель МТК вице–адмирал И. М. Диков прочел срочную телеграмму из Котки: «Получена Готланда телеграмма без проводов телефоном камень передний удален». Доложив ее П. П. Тыртову, Иван Михайлович получил указание сообщить содержание в редакции «Нового времени» и «Правительственного вестника»: это была первая в истории радиограмма, преданная на расстояние более 40 верст.