Кардинал Сиснерос был набожным и умным человеком с сильным характером и стальной волей. Он изучал теологию и право в Саламанке и Риме — авторитетнейших в то время университетах Европы. Будучи членом ордена францисканцев и поддерживаемый кардиналом Мендосой, Сиснерос стал духовником и главным советником королевы Изабеллы Кастильской, а затем и архиепископом Толедо. Он был так популярен при кастильском дворе, что после смерти королевы гранды Кастилии предпочли его Фердинанду Арагонскому, мужу Изабеллы, и избрали его регентом королевства. Однако Сиснерос отказался, не желая портить с Фердинандом отношения и считая, что власть в Кастилии по праву должна была принадлежать королю Арагона. За это он получил сан кардинала и в 1507 году был назначен Великим инквизитором.
За год до этого назначения кардиналу Сиснеросу стала известна история о том, как Гонсало Фернандес де Кордова обнаружил в Неаполе таинственную святыню. Эту историю рассказал ему старый солдат Великого Капитана, вступивший по возвращении в Испанию в орден францисканцев. Он не знал, что именно было найдено во дворце, где укрывался Чезаре Борджиа, но, по его словам, видел, как на стене подвала появилось изображение — лицо мужчины с длинными волосами и бородой. Согласно рассказу солдата, все присутствовавшие при этом пали на колени, сочтя видение за лик Иисуса Христа. Фернандес де Кордова, узнав об этом чуде, приказал всем солдатам тотчас покинуть дворец. Затем он в сопровождении лишь своей личной охраны, принадлежавшей к ордену Святого Иакова, спустился в подвалы, чтобы увидеть лик своими глазами. Вскоре после этого рыцари Великого Капитана вынесли из дворца деревянный ящик, и двое из них незамедлительно отправились с таинственной находкой в Испанию.
Этот рассказ чрезвычайно заинтересовал кардинала Сиснероса: он был не только заинтригован, но и подозревал Великого Капитана в вероломстве, поскольку тот не сообщил испанским религиозным властям о своей находке. «Возможно, — подумал Сиснерос, — он поставил об этом в известность короля Фердинанда, но тот предпочел утаить эту находку от церкви. Конечно, со стороны короля это тоже было не слишком похвально, но в любом случае монаршая власть была его надежной защитой от всякого порицания».
Бывший солдат Великого Капитана назвал также имена тех двух рыцарей, которым было поручено перевезти таинственный ящик в Испанию. Кардинал провел расследование, но его людям удалось найти лишь одного из них: сменив шпагу на сутану, он жил в монастырском уединении. О местонахождении другого рыцаря ничего выяснить не удалось. Когда в следующем году Сиснерос был назначен Великим инквизитором, ему представились еще большие возможности для продолжения расследования. Облеченный столь огромной властью, он надеялся, что сможет наконец распутать эту загадочную историю.
В это время отношения между Фердинандом и Великим Капитаном окончательно испортились. Король утратил доверие к одному из вернейших слуг королевства и талантливейшему военачальнику своего времени, из-за чего Фернандес де Кордова лишился титула вице-короля Неаполитанского и вынужден был вернуться в Испанию.
По возвращении ему стало известно, что его верный рыцарь Бартоломе де Сепеда был схвачен инквизицией. Великий Капитан знал, что Бартоломе происходил не из старой христианской семьи, а был потомком обращенных в христианство евреев. Фернандес де Кордова подумал, что, возможно, это и было причиной ареста; практика же судов инквизиции была такова, что предъявляемые человеку обвинения можно было узнать лишь в самый последний момент — во время публичного оглашения аутодафе.
Великий Капитан не мог допустить, чтобы инквизиция расправилась с одним из лучших его рыцарей, не раз проявившим свое бесстрашие и надежность в самых рискованных ситуациях. Поэтому, узнав об аресте Бартоломе, Фернандес де Кордова тотчас отправился в Гранаду. Людей, которых ждал суд инквизиции, держали там в подземелье дворца, служившего также резиденцией Великого инквизитора, когда тот находился в Гранаде.
Инквизиционные процессы были настоящим кошмаром. Человека арестовывали без всякого объяснения причины и бросали в тюрьму, чтобы сломить его дух. Через несколько дней начинались допросы, которые проводил прокурор в присутствии секретаря. Человеку не выдвигали никаких обвинений: он сам должен был признаться в своих «преступлениях».