«Я, грешный, родился и вырос под покровом сей святой иконы Богоматери», — пишет о. Павел. С этой исчезнувшей иконой (в январе 1930 г. она была увезена из разгромленного Афанасьевского монастыря в Мологский музей, а оттуда изъята по распоряжению начальника ОГПУ — где она теперь? что с нею? — следы ее отец Павел искал всю свою жизнь) связано много тайн и чудес, начиная с самого ее происхождения.
Исследователи утверждают, что икона написана во горой половине XIII века, когда князь Феодор Черный супругой Анной, дочерью татарского хана, вернулся из золотой Орды. Тихвинскою же называется она только по сходству изображения ликов Богоматери и Спасителя, но никак не могла быть копиею с той Тихвинской, что мнилась над водами Ладожского озера в 1383 году и остановилась в Тихвине, так как в Афанасьевской обители находится с 1370-го (1377) года. По сказанию, сама Тихвинская икона Богородицы написана св. апостолом Лукою, впоследствии перенесена в Иерусалим, а затем во Влахернский храм Константинополя, откуда и скрылась н 1383 году и явилась в России. Можно предположить, что иконописец, написавший Тихвинскую икону по заказу ярославского князя Феодора Черного, был в Царь-граде и видел оригинал, написанный евангелистом Лукою, во Влахернском храме.
Но пока вернёмся к истории Мологского Афанасьевского монастыря, которая начинает отчетливее выступать с середины XVI-гo века. В ризнице монастыря хранились грамоты великих князей, в частности, родного внука великого князя Иоанна Васильевича — Димитрия, который в бытность свою в Углицком княжении «оказывал сей обители особое усердие». По кончине своей в 1509 году князь Димитрий завещал «к Афанасию Святому на Мологу» несколько крестьян из вотчинных деревень. Свою вотчину на лесном угодье пожаловал монастырю и великий князь Василий Иоаннович в 1522 году. Когда в Афанасьевском монастыре случился большой пожар, а было это в 1548-м году, великий князь Юрий Васильевич написал «льготную» грамоту, чтобы податей с монастыря три года не брать в его государеву казну, а отстраивать обитель. Около 1555 года был построен новый деревянный храм во имя Святой Троицы — видимо, на месте старого, сгоревшего. Храм теплый, с трапезою и келарской, с тесовой кровлей, «на церкве шея рублена в осьмерик, на главе крест железный».
В начале XVII века мологские земли подвергались нападениям поляков и литовцев. С 1612 года сохранился на территории монастыря надгробный камень с надписью: «Сего монастыря инок Корнилий Беляницын погребен от сотворения мира 7120 г. (1612 г.) октября 1-го дня». Причем долгие столетия надгробье инока Корнилия было сокрыто под землей, но в конце XIX — начале XX века показался из земли белый камень, который сперва был виден мало, потом начал показываться более и более и, наконец, стал виден весь. Вследствие такого необычного явления он был огорожен перилами и покрыт деревянной кровлею. Позднее здесь была выстроена часовня, о которой отец Павел пишет: «Вторая часовня находилась на территории скотного двора, размером примерно два с половиной метра на три с иконостасом, но иконы были литографические на жести. Пола не было, в центре находилась могила, на ней лежала треснутая каменная плита с надписью, которую никто не мог прочитать, за исключением слов «игумен Корнилий» а остальное не разобрать. На северной и южной стенах висели очень древние иконы: «Знамение Божией Матери» и две — преподобного Корнилия»
Когда патриарх Никон основал Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь на реке Истре в 46-ти верстах от Москвы, сделав точную копию иерусалимского храма Воскресения Господня и назвав все места этого монастыря так же, как в палестинском Иерусалиме (были здесь и Назарет, и гора Элеонская, и гора Фавор, а река Истра была переименована в Иордань) — то к этому знаменитому патриаршему монастырю была приписана и Мологская Афанасьевская обитель, так что все управляющие ею строители и игумены назначались из Нового Иерусалима.