Патриарх Никон, поссорившись с царем Алексеем Михайловичем, в начале 1660-х годов на несколько лет уединился в своем любимом Воскресенском монастыре Новый Иерусалим. На соборе 1666 года Никон был лишен патриаршего сана и затем отправлен в ссылку на Белоозеро. Путь его пролегал через Мологский монастырь. Ученик патриарха Никона Сергий Прокофьев в то время как раз был настоятелем Афанасьевского монастыря и, как пишет о. Павел, он и братия «воздали честь опальному патриарху, за что были избиты стрельцами и выгнаны из обители». Этот случай подтверждается и хронологически. Хотя в приходский храм впавшая в опалу обитель была обращена не сразу. Сюда еще назначаются игумены, есть и монашествующие. Ссылка патриарха Никона продолжалась пятнадцать лет, и только в 1681 году уже не царь Алексей Михайлович, а его сын Федор позволил Никону вернуться в родной монастырь Новый Иерусалим. Но этому не суждено было сбыться. Опальный патриарх тяжело занемог в дороге и в Ярославле скончался. А Мологская Афанасьевская обитель, потрясенная всеми этими событиями и начавшейся церковной смутой, запустела.
Епископ Ростовский Георгий 13 марта 1723 года представил в Священный Синод ведомость, в которой пишет: «В Афанасьевском монастыре две церкви: зимняя во имя Живоначальной Троицы и летняя во имя Успения Пресвятой Богородицы, при чем число причта показано: белый поп и диакон». Это значит, что ни одного монаха в начале XVIII-гo века в Мологской Афанасьевской обители уже не было. Официально монастырь упразднен в 1729 году.
Через 35 лет «по ея Императорского Величества высочайшему указу» в Мологской обители производится опись имущества. «За неимением в оном монастыре настоятеля и монашествующих» бумага писана рукою «белого приходского попа Алексея Афанасьева» а засвидетельствована «Бутырского пехотного полку порутчиком Евдокимом Петиным». Монастырь за долгие годы своего запустения не растерял ни одного из своих образов, не остался совсем и без вотчинных земель, к которым по ревизии 1744 года относилась и Кулига со всеми своими деревнями. Правда, священник Алексей Афанасьев жалуется, что «в том приписном Афанасьевском монастыре против древнего установления надлежит быть игумен; ныне на лицо никого монашествующих не имеется, а имеется один белый приходской священник (т. е. он сам. — Авт.), которому оного монастыря от вотчинных крестьян никакого, как денежнаго, так и хлебнаго жалования, в дачу не производится».
С составителем описи 1764-го года священником Алексеем Афанасьевым придется встретиться в документах через несколько лет по достаточно неожиданному поводу — дело касается той самой древней иконы Тихвинской Божией Матери «от рода ярославских князей Феодора Ростиславовича», которая в 1770-м году прославилась как чудотворная. В то время свирепствовала в Москве и других городах моровая язва, пришла она и в посад Мо-логу. Тогда мологжане обратились к заступлению сей иконы: из Успенской церкви монастыря (тогда приходской) Тихвинская Богоматерь была перенесена крестным ходом в соборный храм Мологи, и язва прекратилась. С тех пор образ Тихвинской Божией Матери почитается как чудотворный, а в память об избавлении Мологи от моровой язвы был учрежден ежегодный крестный ход с иконой, которую переносили в Воскресенский собор города на три недели с 30-го сентября. По просьбе жителей святыня была принимаема и в домах граждан.
Такое почтение к иконе Афанасьевского монастыря вызвало недоброжелательство клирошан церкви соседнего села Веретен: ими был послан донос архиепископу Ростовскому и Ярославскому Самуилу, в котором указывалось, что даже «молебствия тому образу от разного звания людей совершаются от прочих святых икон отлично». 16 мая 1780 года в Мологский городской магистрат пришло послание владыки Самуила, который требовал «от всех оного города Мологи обывателей, купцов и мещан взять известие», т. е. допросить, давно ли Тихвинская Богоматерь находится в упраздненном Афанасьевском монастыре и почему ей оказывают «отличное против протчего святых божия матере икон почтение и молебствия». И вот начался «розыск по делу». В первую очередь призвали к ответу священника Алексея Афанасьева и весь клир бывшего монастыря, допросили купечество и мещан города Мологи, крестьян сел Боронишино, Шумово, Станово, Феодорицкого. Все они «в сущую правду согласно показали», что икона Тихвинской Богоматери «издавних лет» находилась в монастыре, а как она там появилась, «того они сказать не могут», а почитают ее за «первообразную». Упорствовали лишь крестьяне и церковнослужители села Веретен, откуда был послан донос, и по-прежнему отстаивали свое обвинение. Дело, тем не менее, было закрыто «за отсутствием состава преступления».