Когда монастырь был вновь учрежден, но уже как женский «под управлением игуменьев», икона Тихвинской Богоматери стала именоваться его чудотворной святыней. Настоятельница и прочие насельницы обители при вступлении в монастырь в 1797 году получили словесные сведения об этой иконе от 112-летнего старца воина Лазаря Иванова, который передал им, что «сия икона дана на благословение от святаго благовернаго ярославскаго князя Феодора Ростиславовича сыну его св. благ, князю Давиду Феодоровичу (ок. 1298 г.). Давид же Феодорович благословил ею младшаго сына своего Михаила на удельное княжение в Мологу (ок. 1321 г.), а Михаил благословил сына своего Феодора Михайловича, который ок. 1370 г. и принес сию икону в древний Афанасьевский монастырь»
«Рассказ сей весьма согласен с хронологией, историей и преданием» — отмечает протоиерей Иоанн Троицкий, чьи «Материалы для истории Ярославской епархии» были опубликованы в 1901-м году в газете «Ярославские епархиальные ведомости». «Икона сия древнего письма, — подтверждает он. — Древность ея, кроме живописи, доказывается еще и тем, что задняя сторона доски — старинной, самой простой, грубой и неискусной отделки. Высота иконы 1 аршин 14 вершков, ширина 1 аршин 10 вершков (т. е. 133 х 115 см — Авт.). Письменных документов о ней нет».
Отец Павел приводит в своих дневниковых записях несколько другие размеры Тихвинской иконы Божией Матери: «Высота святой иконы 1 аршин и 14 вершков, ширина 1 аршин и 6,5 вершков» (т. е. 133 х 100 см). Вообще разночтений по истории Мологского монастыря очень много. Нигде не указано также, как производились обмеры иконы — ведь она была в драгоценном окладе, в жемчужной ризе.
Но до чего же интересен восемнадцатый век! После того как чужеземные обычаи прочно укоренились в жизни не только столичной, но и провинциальной, так что не в одном высшем свете повсеместно говорили по-французски и немецки, но весь русский язык переполнился иностранными словами, после этого, казалось бы, победного шествия иноземщины по российским просторам все вдруг кинулись изучать древнюю русскую историю, собирать уцелевшие по монастырским ризницам летописи и сказанья, а сами монастыри — эти на целое столетие упраздненные обители Православия — вдруг начали возрождаться, как грибы после дождя.
16 августа 1795 года «вследствие прошения граждан Мологи» Высочайшим указом Екатерины II был вновь утвержден Афанасьевский женский общежительский монастырь на месте старого мужского. По указу императрицы монастырь не получал ни своих земель, ни денежного содержания. В нем дозволено было проживать «до 30 бедных вдов и престарелых девиц», однако на какие средства — не говорилось ни слова. Поэтому Ярославская духовная консистория (так, на иноземный лад, называлось даже епархиальное управление) долгое время находилась в затруднении: каким образом содержать сию обитель? Только после того, как Мологская Городская Дума обязалась выплачивать ежегодно по 300 рублей на содержание монахинь, был издан Указ Ярославской духовной консистории об учреждении Мологского Афанасьевского женского монастыря 15 апреля 1798 года. Но целых двадцать лет — до 1817-го — Афанасьевская обитель не имела права даже на постриг в монашество в собственных стенах.
Вообще эти первые два десятка лет — очень трудный период и материального, и духовного становления монастыря, и тяжелый этот груз вынесла на своих плечах «возобновителъница и устроительница Афанасьевской женской обители игуменья Евпраксия», — как пишет отец Павел.
Она заложила основу благополучия Мологской Афанасьевской обители, уже в XIX веке ставшей «одним из лучших женских монастырей в Ярославской епархии».
При игумении Евпраксии монастырь был практически отстроен заново. Помимо корпусов, в северо-западном углу монастырской ограды на том месте, где прежде находилась деревянная церковь Успения Богородицы, был построен в 1822–26 годах однопрестольный Успенский храм с входом вне монастыря. Сюда был перенесен из прежней церкви древний пятиярусный иконостас столярной с резьбою работы, вызолочен и украшен святыми иконами, тоже из прежней деревянной церкви. Таким образом, в Мологской Афанасьевской женской обители были восстановлены храмы прежнего мужского монастыря — Троицкий (еще в 1788 г.), каменный, теплый, пятиглавый, с колокольней, и Успенский.