Игумения Евпраксия предприняла попытку упрочить материальное положение монастыря, обратившись к самому Государю Императору Александру I, когда тот в 1823 году 16 августа был проездом в Мологе. Когда мать Евпраксия представлялась Его Величеству, то попросила вникнуть в нужды обители — в том же году началась переписка по этому поводу между архиереем Ярославским Симеоном и министром духовных дел князем А. Н. Голицыным.
По поручению императора Александра I князь Голицын обратился к Преосвященному с запросом о нуждах монастыря, на что владыка Симеон ответил, что «он входил в рассмотрение этих нужд и нашел положение монастыря крайне недостаточным, так как от Мологской градской Думы 300 рублей в год сумма почти ничего не значит, тем более монастырь не имеет ни земли, ни мельницы, ни рыбной ловли, как другие заштатные монастыри, кроме малой части огородной близ монастыря земли, а за пашенную для посева хлеба и сенокосную каждогодно платит мологским гражданам от 300 до 400 рублей».
Поэтому архиепископ Ярославский и Ростовский Симеон в письме к министру духовных дел князю А. Н. Голицыну просил: 1) Включить Мологский Афанасьевский монастырь в число штатных 3-го класса с отпуском 931 рублей 60 копеек в год; 2) Вместо мельницы и рыбной ловли отпускать из казны 600 рублей в год; 3) Отвести 30 десятин пашенной и сенокосной земли под монастырем в пользу обители.
Ходатайство владыки Симеона осталось без исполнения, тем более что вскоре Александр I скоропостижно скончался.
«Сестры монастыря содержатся главным образом собственными своими трудами, — отмечает исследователь конца XIX века. — Для посеву хлеба и сенокоса они нанимают землю у граждан Мологи».
В восстанавливаемом монастыре 1820–1830-х годов были периоды крайней нужды, так что нечем было даже за дрова заплатить. Тогда на помощь приходила Тихвинская Божия Матерь.
Однажды произошел такой случай. Крестьянин Никита Степанов за неуплату ему долгов от монастыря за дрова хотел везти их в Югскую Дорофееву пустынь. Во сне ему явилась Божия Матерь в том виде, как Она изображена на Тихвинской иконе, и говорит: «Не отвози дрова в Югскую пустынь, там их достаточно. Отдай в Афанасьевский монастырь — когда игумения исправится, то заплатит тебе деньги. Я тебя в том уверяю». Наутро Никита отвез дрова в Афанасьевскую обитель и рассказал свой сон матушке Евпраксии и сестрам. Вскоре дела монастырские поправились, и игумения вернула ему долг за дрова.
Несмотря на всегда достаточно скромное материальное положение Афанасьевского монастыря, в 1830-е годы при игумений Евпраксии было положено основание третьему великолепному храму обители — Собору Святаго Духа. Окончательно устроен и освящен этот храм в 1841-м году трудами второй игумений монастыря Магдалины. Пятиглавый трехпрестольный Духов собор встал в один ряд с храмом Святой Троицы посреди монастыря. Три входа «о 13-ти ступенях» вели в собор, и над каждым из них были устроены фронтоны, поддерживаемые четырьмя колоннами. Четыре столпа держали свод храма — два в алтаре и два посреди церкви. Внутренним и внешним убранством храма служила богатая живопись, которой была украшена даже паперть. Снаружи храм был оштукатурен и отбелен, кровля крыта железом и окрашена медянкою, главы и кресты опаяны английской жестью.
Под этим собором нашли упокоение обе игумений монастыря — и Евпраксия, и Магдалина, о которой известно, что родом она была, из мологских мещан Новотельновых, долгое время служила казначеей в монастыре, а по смерти матушки Евпраксии в 1833 году произведена в игумений и управляла обителью до самой своей кончины 26 декабря 1844 года. При ней «монастырь приведен в цветущее состояние». После игумений Магдалины Афанасьевской обителью пятнадцать лет управляла Августа (Петровская), тоже из бывших монастырских казначей, она умерла 24 августа 1861 года и погребена на монастырском кладбище. Далее, следуя рукописи отца Павла, «порядковый перечень игумений» такой:
4. «Игуменья Феофания, из благородного сословия, управ ляла обителью недолгое время, была переведена в Ярослав ский Казанский монастырь, где и преставилась с миром»
5. «Благоустроительница и украсительница святой обители игуменья Антония. При ней на три корпуса келий надстроен второй этаж, выстроена гостиница для богомольцев, а также прекрасная церковно-приходская школа для деревенских школьников, приобретен в городе Мологе земельный участок, на нем выстроена каменная часовня с жилым домом для обслуживающих инокинь обители, а также приобретен в городе Рыбинске на Стоялой улице земельный участок, на коем и выстроено подворие с часовней и жилыми и хозяйственными постройками, коим управляла монахиня Зинаида. Неумения Антония похоронена на монастырском кладбище с левой стороны алтаря кладбищенской церкви, на могиле ее был воздвигнут величественный черного гранита памятник»