Левый придел был посвящен святителям Афанасию и Кириллу. Иконостас такой же, как и в правом приделе, но что-то в нем дышало глубокой древностью, как-то: иконы в басменном окладе и все очень темные, среди них — больших размеров икона Афанасия и Кирилла в басменном окладе, икона Корсунской Богоматери, Страстной Спаситель, Толгская Божья Матерь и несколько других небольшого размера. В церкви висели три прекрасных паникадила и две пары металлических хоругвей.
С западной стороны храма над папертию была колокольня, на которой висело 11 колоколов: 1. Большой весом 390 пудов 25 фунтов, висел в центре колокольни; 2. Полиелей, 138 пудов, висел в центре западного пролета; 3. Буднишный, 100 пудов, висел в южном пролете; 4. Альт, 30 пудов и так меньше и меньше, всего 8 зазванных.
На папертях находилось помещение для ризницы и крестильня. Храм освещался 26-ю окнами и отоплялся 5-ю печами». Все 11 колоколов отец Павел знал по имени, так как в 20-е годы исполнял в обители послушание звонаря. На обложке одной из батюшкиных тетрадей с внутренней стороны есть стихотворение «Звонарь»:
Жил да был звонарь Пахом –
Бом! Бом! Бом! Бом!
Как пройдет по голосам –
Бам! Бам! Бам! Бам!
Птицы мечутся над ним –
Бим! Бим! Бим! Бим!
Но бывал он и угрюм:
Бумм! Бумм! Бумм! Бумм!
Тут же после этого стихотворения поминает о. Павел родную Мологу, описывая все ее колокола. «Последний раз был звон 3/16 января 1930 года к литургии, а в час дня все колокола поскидали и перебили. Аух».
Второй храм обители — собор Св. Духа, находился рядом с Троицким. «Летний холодный, трехпрестольный, — пишет о. Павел. — Главный престол во имя Сошествия Святаго Духа на Апостолов, правый — во имя Тихвинской Божией Матери, левый посвящен святителю и чудотворцу Николаю. Богатый иконостас, сплошь золоченый высокопробным золотом, золоченые киоты, высокохудожественная роспись, прекрасные хоругви — все это придавало храму неповторимую красоту и благолепие».
В этом храме, чьё строительство начато в 1830 году первой игуменией Афанасьевского женского монастыря Евпраксией и завершено в 1841 г. второй игуменией — Магдалиной, которые обе и были впоследствии похоронены под правым Тихвинским приделом собора, хранилось много монастырских святынь, в том числе часть мощей св. Афанасия, патриарха Александрийского. «Сия святыня была принята в монастырь в 1845 году по словесной резолюции преосвященного Евгения, архиепископа Ярославского и Ростовского, от помещика Московской губернии, села Новоспасского Гавриила Головина», — как записано в монастырских документах. Она находилась в особо устроенном серебряном ковчеге под стеклянным футляром при образе св. Афанасия и Кирилла.
Отец Павел называет также местную икону Сошествия Святаго Духа, больших размеров в дорогостоящей ризе, прекрасные иконы св. великомученика и целителя Пантелеймона, св. преподобного Серафима Саровского и святителя Феодосия, высокохудожественной работы огромную икону Иверской Божией Матери и, кроме того, плащаницу рукоделия сестер обители.
Шитая по малиновому бархату золотом, блестками и серебром, со вставленными в венцы драгоценными камнями и жемчугом, плащаница изображала положение во гроб Иисуса Христа и хранилась в стеклянном футляре за правым клиросом собора.
В иконостасе самым замечательным был местный образ Вседержителя, при нем находилась частица мощей святой великомученицы Варвары; славилась и местного письма Толгская икона Божией Матери в полужемчужной ризе и с серебряным крестом, в который были помещены частички мощей неизвестных святых.
«Из старинных икон в соборе находились Казанская Божья Матерь, святитель Николай, великомученик Димитрий, Федоровская Божия Матерь, Нерукотворный Спаситель, Знамение Божией Матери. Вот чем славился собор, — вспоминает отец Павел. — Под собором было огромное и сухое помещение, где на зиму хранился картофель и другие овощи, а также находился церковный инвентарь, как-то: носилки для икон, чан для водоосвящения и т. д..
На паперти и на хорах собора было четыре помещения, в которых хранились дорогостоящие облачения для священнослужителей, а также прекрасные пелены, ковры, иконы, богослужебные книги и другие принадлежности, а всего этого было огромное количество»
Храм Св. Троицы и Духов собор занимали основное пространство внутри монастыря, а сам монастырь «был обнесён как бы оградой жилыми помещениями, т. е. корпусами» Эти корпуса, расположенные симметрично, представляли собой стройный прямоугольник, где южная и северная сторона имели длину 36 сажен (в сажени — три аршина, т. е. три раза по 0,71 метра), а восточная и западная простирались на 70 сажен.