Первые университеты не имели никакой собственности. Магистры снимали для занятий помещения у горожан, арендовали монастырские залы, читали лекции в церковных притворах. В XIV, и особенно в XV вв., появляются солидные здания коллегий, земельные угодья, пожалованные королями для оплаты стипендий. Это помогало обучению, но делало университеты более зависимыми от властей — «сецессия» была теперь трудно осуществима.
Основная проблема, стоявшая в XIII в. перед университетской наукой, заключалась в усвоении наследия Аристотеля, в его согласовании с христианством. Из трудов Аристотеля и его арабских комментаторов, особенно Ибн Рушда (Аверроэса), философы университета делали выводы, пугавшие церковные власти. В трудах преподавателей "свободных искусств" Сигера Брабантского и Боэция Дакийского содержалось учение о двойственной истине: есть истина религиозная, которая по определению не может быть понятна человеку и не является предметом изучения, и истина философская, зависимая не от божественных, но от природных законов, которую должны изучать философы. Эти идеи с энтузиазмом принимались студенческой средой. Среди тезисов, осужденных в 1270 и 1277 гг. епископом Парижа, были и такие: "философы — истинные мудрецы мира", "мир — вечен, никогда не существовало первого человека", "индивидуальная душа смертна" и др.
В ХШ в. церковь уже по-иному смотрела на слишком смелое проникновение логиков в вопросы веры. Это был век крестовых походов против еретиков-альбигойцев, создания инквизиции. Против злоупотребления разумом вновь выступили мистики. Ученики святого Франциска Ассизского, такие как Бонавентура, настаивали на мистическом истолковании богословия. Особенно сильны были позиции францисканцев в Оксфорде. Францисканец Роджер Бэкон едко критиковал схоластов, главное место в познании отводя созерцанию природы, опытному наблюдению, что позволило сделать ему ряд открытий, обогнавших свое время.
В начале XIII в. по инициативе папства новые книги Аристотеля были временно запрещены в университетах. Одна за другой создавались комиссии богословов, призванные отделить зерна от плевел в учении философа. Обойтись без его философии не представлялось возможным, но ряд его выводов никак не согласовывался с догматами христианства. Для такого согласования требовались всесторонние знания, владение логикой, а богословы более сильны были в вопросах морали.
Только мыслителям — доминиканцам Альберту Великому, и особенно Фоме Аквинскому, удалось осуществить эту задачу. В трактатах "Сумма теологии" и "Сумма против язычников" Фома не только боролся против аверроистского прочтения Аристотеля или мистического отрицания "рациональной теологии", но и давал систематическое, рациональное видение мира. Это был апогей схоластики, сравнимый с апогеем готического стиля в архитектуре и наблюдаемый в середине XIII в.
Логическое познание для Фомы не противоречит истинам веры, но лишь укрепляет их. Теология венчает здание всех наук, придает ему единство. Логика играет важную, но все же служебную роль. Познание у Фомы охватывает все стороны жизни, двигаясь от созерцания единичных вещей к логическому обобщению. Каждый вид, каждый человек считался несущим на себе, при всей своей оригинальности, отпечаток общего, связывался с единой идеей. Единство и разнообразие — такова тема рассуждений и архитекторов готического собора, и схоластов. Это период универсальных «сумм». Фома пишет о законах общества, о справедливой цене на товары, Альберт Великий — о минералах, растениях и движении звезд. Доминиканец Винцент из Бове в своем «Зерцале» охватывает всю вселенную, его свод состоит из десяти тысяч глав. Образцом такой «суммы» — собора была "Божественная комедия" Данте. Он, бывавший в молодости в парижских школах, помещает Сигера Брабантского и Фому Аквинского в Рай.
И хотя некоторые тезисы Фомы вместе с тезисами аверроистов были осуждены в 1277 г. в Париже и чуть позже — в Оксфорде, томизм как учение быстро очистилось от подозрений и стало господствующей доктриной на факультетах теологии в большинстве университетов. Сам Фома был причислен к лику святых.