Слово «вода» в 5 стихе обычно толкуют как указание на водное крещение, в котором вода как бы символизирует очищающий элемент, приготовляющий сердце человека к жизни духа. О водном крещении св. Писание действительно ясно учит в целом ряде мест, но относится ли к этим местам данный стих? (Характерно, что данное «Евангелие духовное» вообще не говорит о внешних установлениях, о внешней стороне крещения и Евхаристии, раскрывая лишь их внутреннюю сущность.) Если бы рождение свыше безусловно зависело от крещения водою, то как объяснить спасение разбойника на кресте или случай с Корнилием, получившим дар св. Духа до крещения? (Д. Ап. 10, 44-48.) «Дух дышит, где хочет» (8) и ни от каких внешних действий человека не зависит. Беседа с Никодимом говорит не о крещении, а о возрождении, существенные условия которого со стороны человека чисто духовны. 3, 16.21: 1, 12, 13: 7,37: 10, 9: Мф. 9, 13: Мр. 1, 5. 15: Иак. 1, 18: 1 Пет. 1, 23-25: 3, 21: 1 Иоан. 1, 9: 5, 1: 1 Кор. 4, 15: Гал. 3, 26: Еф. 1, 13: Евр. 4, 3: 11, 6. Конечно, эти духовные условия не упраздняют крещения, как их выражения, как послушания и исповедания веры.
Некоторые считают, что стих 5 говорит о воде крещения Иоаннова, являющейся символом покаяния. При всяком толковании ст. 5 ясно, что процесс возрождения имеет две стороны: а) отрицательную — очищение от старой греховной природы через покаяние и б) положительную — возрождение от Духа в новую жизнь через принятие верою Христа (3, 16). О символическом, прообразном значении воды, как Слова Божия, см. Еф. 5, 26. Мы видим также, что евангелие от Иоанна говорит о «воде живой» (гл. 4).
7. Учение о возрождении предуказано в Ветхом Завете, как сущность грядущего Нового Завета (Иер. 31, 81-34: Иез. 36, 26-27: Евр. 8, 7-13). Этим объясняется упрек, поставленный «учителю Израилеву» (10). Не относится ли он и к нам. поскольку мы хотим быть «учителями» нашего Народа, его солью, его интеллигенциею?
8. Обратим внимание на основательность Евангелия, откровения которого покоятся не на предположениях, но на непосредственном видении и знании действительности. 1 Иоан. 1, 1-3: Лк. 1, 1-4. Люди сомневающиеся спрашивают: «Разве приходил кто-либо с того света, с неба, и сказал, что там происходит?» На это недоумение отвечает стих 13.
В ст. 12 под «земным» разумеется новое рождение, которое должно быть пережито на земле; под «небесным» — потусторонняя тайна Сына Божия и Божественного плана спасения, тайна искупления.
В ст. 14 Христос приоткрывает тайну Своих крестных страданий, которым должно, согласно Божественному усмотрению, совершиться.
Впоследствии крестная смерть Христа утвердила Никодима в вере. (19, 39.)
События Ветхого Завета были прообразами жизни Христа. Числ. 21, 4-9.