Рачковский тут же привел в действие свою агентуру в Петербурге, которая была внедрена в боевую группу эсеров. Член эсеровской боевой организации Степан Балмашов чисто выполнил задание, а потом и сам взошел на эшафот.
Балмашов явился в здание государственного Совета в офицерском мундире, держа в руке пакет для Сипягина. Он встретил Дмитрия Сергеевича, когда последний вошел в здание, передал ему пакет и тут же выстрелил четыре раза. Два выстрела оказались смертельными. Через час, 2 апреля 1902 года Сипягин скончался. Балмашова тут же арестовали, засекретили его признание, все сведения о его связях и соучастниках, а потом и вовсе изъяли последние из дела.
Когда после Сипягина министром внутренних дел стал Вячеслав Константинович Плеве, то уже он создал новую комиссию по изучению дел Рачковского, которая подтвердила то, что Рачковский играл двойную игру. Французы ему платили неимоверно большие деньги. Рачковский с помощью своих покровителей добился того, что по распоряжению Николая Второго дело его было прекращено. Плеве все же смог освободить его от должности, чем нажил себе кровного врага.
Рачковский вызвал большого мастера провокаций Эвно Азефа к себе в Варшаву, так как в этот период ему было запрещено проживать в Петербурге. Азеф с самого сначала работал на Рачковского, за ним уже числилось множество подготовленных и осуществленных покушений на царских чиновников. Именно Азефу поручил Рачковский убить Плеве. Он вместе с боевой группой эсеров подготовил террористический акт. 15 июля 1904 года, когда Плеве направлялся в Царское Село к Императору, в его карету, которую сопровождала охрана на велосипедах, Сазонов бросил мощную бомбу. Вячеслав Плеве скончался на месте.
После смерти Плеве из его личного сейфа исчезли материалы о деятельности Рачковского, изученные комиссией. Существовала и копия дела, но ее тоже нигде не было видно.
Всех, кто воспрепятствовал темным и грязным делам Рачковского, уничтожили или отстранили от работы. Несмотря на то, что после своего освобождения с должности, Рачковский поселился в Варшаве, он не прекращал своих активных действий. Он все же сумел встретиться со своим близкимдругом и агентом, и в то же время, соучастником и соумышленником – Манасевичем-Мануиловым, который являлся близкимчеловеком генерала Трепова. Агенерал Трепов в свою очередьпользовался большим влиянием при Императорском дворе.
Спустя шесть месяцев после убийства Плеве, именно с помощью Трепова Рачковский был лично принят Николаем Вторым. Послеэтой встречи Рачковский был назначен заместителем начальникадепартамента полиции, к тому же ему было доверено самое важное дело – политический сыск. Заручившись такой поддержкой императора, он практически распоряжался всем департаментом.
Петр Иванович Дурново тогда был товарищем министра и препятствовал назначению Рачковского, но так ничего и не добился. Это было следствием их давнишней вражды. Когда Дурново был еще шефом департамента полиции, то решил вместо Рачковского назначить в Париже другого представителя, но он не только не смог сделать этого, наоборот, сам лишился должности. Рачковский подстроил ему серьезный скандал, который вызвал гнев императора, после чего он отстранил его от работы. А все произошло так. У Дурново была любовница, одна петербургская красавица, которую он очень любил и содержал. Эта женщина оказалась любовницей и бразильского посла, с которым у нее кроме интимных отношений была и любовная переписка. Когда Рачковский узнал, что его преследовал Дурново, то сумел сделать так, чтобы Дурново узнал о ее измене с бразильским послом. Дурново впал в бешенство. Он устроил тайный обыск на квартире посла и там обнаружил письма женщины. Разгневанный он ворвался в дом женщины, бросил ей в лицо письма и изрядно избил ее. После чего покинул дом, но письма забыл захватить с собой. Избитая женщина отправила письмо своему второму любовнику. Оскорбленный посол написал письмо Императору. Люди Рачковского еще больше раздули эту историю, и разъяренный Александр III написал на письме посла: «Убрать эту свинью в 24 часа.» Но тогда по просьбе министра его оставили сенатором, Дурново чудомизбежал смерти.